가. 원고는 주택건설 및 토목건축공사업 등을 주된 사업목적으로 하여 설립된 회사로서 B 아파트 등을 신축하기 위하여 2005. 12. 9.경부터 2010. 5. 14.까지 고양시 일산동구 C 외 581필지 529,248.34㎡ 및 건물 1,766.22㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 매수하여 그 무렵 피고에게 그 매수대금 299,250,005,675원을 취득가액으로 하여 취득세 등을 신고납부하였다.

나. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 원고가 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 지급한 차입금에 대한 금융비용 14,088,712,259원(이하 ‘이 사건 건설자금이자’라 한다) 및 처분신탁보수료 등을 과세표준에서 누락한 사실을 확인하고, 2010. 12. 14. 원고에게 그 누락가액 합계 14,990,489,985원을 과세표준으로 하여 취득세 485,861,270원, 농어촌특별세 36,941,510원, 등록세 447,519,260원, 지방교육세 89,502,600원(각 가산세 포함)을 각 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 1) 지방자치단체는 취득세와 등록세의 부과에 있어 행정자치부의 일관된 유권해석의 내용에 따라 건설자금이자와 관련하여 법인장부상으로 기업회계기준에 따라 자산계정으로 회계처리된 경우에는 취득세와 등록세의 과세표준에 산입하는 반면, 비용(지급이자 계정으로 회계처리된 경우에는 취득세와 등록세의 과세표준에 산입하지 않은 관행이 형성되어 왔고 이에 기업회계상 비용처리된 건설자금이자에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 않아 왔다.

따라서 건설자금이자를 비용계정으로 회계처리하는 원고에 대하여 취득세를 산정할 때 건설자금이자는 그 과세표준으로...