2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 역삼세무서장은 성남시 ○○구 소재 ○○○펠리스 신축공사(이하 '이 사건 공사'라 한다)와 관련하여 ○진중기 주식회사(이하에서 반복되는 주식회사의 명칭은 '주식회사' 부분을 제외하고 특정한다)와 ○운중기 주식회사 및 ○진중기 주식회사의 지입차주 김○숙, 송○희, 홍○심, 장○숙, 홍○복이 2001년 2기 과세기간에 ○주개발(대표자 표○숙)에 발행한 세금계산서 15매 공급가액 합계 157,970,000원(이하 '이 사건 1 세금계산서'라 한다)에 해당하는 용역을 실제 공급한 사업자가 사업자등록상 명의자가 아닌 원고임을 이유로 피고에게 원고에 대한 종합소득세 과세자료를 통보하였다.

나. 역삼세무서장은 2004. 3.경 주식회사 ○호건설기계와 ○덕건설기계 주식회사에 대한 자료상 조사결과 위 두 법인의 실제 운영자가 원고이고, 원고가 허위의 세금계산서를 발행한 자료상에 해당한다는 이유로 원고를 조세범처벌법 위반 혐의로 고발하고, 그 과세자료를 동수원세무서에 통보하였다. 동수원세무서장은 2004. 8.경 ○주개발이 이 사건 공사와 관련하여 2001년 2기 과세기간 동안 ○호건설기계 및 ○덕건설기계로부터 수취한 공급가액 26,800,000원 및 28,500,000원의 세금계산서 2매(이하 '이 사건 2 세금계산서'라 한다)를 위장세금계산서로 판단하여 이를 원고의 매출누락 자료로 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 역삼세무서장 및 동수원세무서장으로부터 통보받은 이 사건 1, 2 세금계산서 관련 과세자료에 따라 주문 제1항 기재와 같이 원고에게 2001년 귀속 종합소득세를 경정ㆍ고지하였다(이하 2005. 4. 1.자 처분을 이 사건 1 처분이라 하고, 2006. 12. 1.자 처분을 '이 사건 2 처분'이라 한다).

[인정근거] 갑 1호증의 1, 2, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 1, 2 세금계산서는 ○주개발의 실질적 대표인 김○배(표○숙의 남편)로부터 가공 세금계산서를 발행해 달라는 부탁을 받고 원고가 관리하던 회사 및 지입차주명의로 허위의 이 사건 1, 2 세금계산서를 발행하고, 그 대가로 부가가치세액에 해당하는 약속어음을 수령한 것뿐임에도, 원고가 이 사건 1, 2 세금계산서의 공급가액에 해당하는 실제 용역을 ○주개발에 제공하였음을 전제로 한 이 사건 1, 2 처분은 위법하다.

나. 인정사실

1) 송파세무서장이 2003. 1.경 작성한 ○진중기에 대한 자료상혐의자 조사종결 복명서에 의하면, ○진중기는 원고가 1999. 10.경부터 2002. 3.경까지 실지 운영하였던 회사로, ○진중기의 지입차주 34명 중 23명이 실제 차량을 보유하지 않는 등 실제로 중기 대여용역의 제공 없이 가공으로 매출세금계산서를 발행하거나 자료상으로부터 매입세금계산서를 수취하였다는 내용으로 조사되었다. 이에 따라 송파세무서장은 원고를 자료상으로 경찰에 고발하였다.

2) 역삼세무서장이 2003. 2.경 작성한 ○운중기에 대한 자료상혐의자 조사종결 복명서에 의하면, ○운중기는 ○진중기의 자회사로 원고가 실제 운영하고, 직접 소유한 건설기계는 없으며, 재화의 공급 없이 허위로 매출세금계산서를 발행한 자료상에 해당한다고 조사되었다.

3) 역삼세무서장이 2004. 3.경 또는 2004. 4.경 작성한 ○호건설기계 및 ○덕건설기계에 대한 자료상혐의자 조사종결 복명서에 의하면, 위 두 법인의 실제 대표자는 원고이고, ○건설기계의 경우 실제 등록된 건설기계 8대 중 6대가 허위이며, 2001년 2기 과세기간에 발행한 매출세금계산서 2,833,447,000원 중 82.6%가 가공 세금계산서로 조사되었고, ○덕건설기계의 경우 실제 매출이 불가능한 회사로 가공의 매출세금계산서를 교부하는 자료상에 해당한다고 조사되었다.

4) ○진중기의 지입차주 14명은 ○진중기 및 서○수(원고는 2002. 10.경 송파세무서에서 조사받을 당시 서○수를 직원으로 채용하였다고 진술함)를 상대로 서울북부지방법원 2003가합4000호로 사업자지위 부존재확인을 구하는 소를 제기하였고, 위 법원은 2003. 10. 31. 위 지입차주 14명이 ○진중기에 차량 등의 지입 없이 형식상 명의만 대여하고 있었고 실제 사업자는 서기수임을 이유로 원고들 승소판결을 하였다.

5) 원고가 김○배에 대하여 약속어음을 돌려주지 않는다는 이유로 고소한 사건과 관련하여 화성경찰서 사법경찰관이 2004. 12. 24. 작성한 ○주개발 실제 대표자 김○배에 대한 피의자신문조서에 의하면, 김○배는 자신이 1999년부터 2001년까지 원고로부터 총 30매가량의 허위 세금계산서를 제공받고, 그 대가로 원고에게 액면금 63,250,000원의 약속어음(발행번호 자가094○○○○, 발행일 2001. 12. 8. 지급일 2002. 5. 31.)을 지급하였으나, 원고로부터 허위세금계산서를 수취한 사업자들이 세무조사를 받는다는 말을 듣고, 혹시 부가가치세를 추징당하게 되면 이중부담이 될 것을 염려하여 2002. 6. 7. 원고에게 다시 재발행 주겠다고 하면서 위 어음을 돌려받았다고 진술하였다.

6) 원고가 2005. 7. 9. 김○배와 통화한 내용의 녹취록에 의하면, 원고가 ○주개발과 2000년과 2001년 사이에 실제 거래 없이 세금계산서만 발행하였다는 점에 관하여 확인을 구하는 원고의 질문에 김○배가 소극적으로 긍정하는 내용이 기재되어 있다.

7) 동수원세무서장은 2003. 4. 8. 표○숙에 대하여 이 사건 1 세금계산서가 자료상인 이○권이 실재 거래사실이 없이 발행한 가공의 세금계산서라는 이유로 이를 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 경정ㆍ고지하였는데, 이에 대하여 국세심판원은 2004. 8. 10. ○주개발에서 작성한 자금지출내역 및 지출결의서에 의하면 표○숙이 원고에게 이 사건 공사와 관련하여 중기용역대금으로 앞에서 본 어음 외에도 지급기일이 2001. 7. 24.인 액면금 51,590,000원의 약속어음, 지급기일이 2001. 10. 24.인 액면금 83,600,000원의 약속어음, 지급기일이 2002. 4. 30.인 액면금 63,250,000원의 약속어음을 지급한 것으로 나타나고 있다는 점 등을 들어, 이 사건 1 세금계산서가 가공 세금계산서라기보다는 실제 원고로부터 중기용역을 제공받고 대금지급 후 수취한 세금계산서로 보이나, 세금계산서의 공급자가 사실과 다르다는 이유로 표○숙의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. 위 심판청구결정에 따라 피고는 이 사건 1, 2 세금계산서에 따른 실제 중기용역의 제공이 있었음을 이유로 원고에게 이 사건 1, 2, 처분을 한 것이다.

8) 원고가 ○진중기의 대표이사로서 2001. 10. 17. 김○배에게 제출한 각서(을 8호증)는 원고가 김○배와 거래를 함에 있어 부가가치세 신고업무를 착오 없이 실행하며 이의 위반시 모든 책임을 ○진중기와 원고가 부담한다'는 내용으로 되어 있다.

[인정근거] 갑 2, 3, 4호증, 을 3 내지 9호증(이상 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

이 사건에서 원고에 대하여 종합소득세를 부과한 이 사건 1, 2 처분이 적법하기 위하여는 국세기본법 제14조의 실질과세의 원칙에 비추어, 원고가 이 사건 1, 2, 세금계산서에 해당하는 중기용역을 ○주개발에 제공하였음이 인정되어야 할 것이다. 그런데 이에 부합하는 증거로 우선 원고와 ○주개발 사이의 계약서(을 8호증의 1)와 ○주개발에서 원고에게 지급하였다는 앞에서 본 약속어음들이 있다. 그러나 한편 앞에서 인정한 사실에 나타난 다음과 같은 사정들, ① ○주개발의 실질적 대표 김○배는 경찰에서 원고로부터 30매가량의 허위 세금계산서를 제공받고, 이에 대한 대가로 원고에게 약속어음을 지급하였다고 진술하였고, 원고와의 통화에서도 원고와 사이에 실제 거래없이 세금계산서만을 수취한 사실을 긍정하고 있어 ○개발에서 작성한 약속어음 지출내역 및 지출결의서만을 근거로 그에 해당하는 원고와 ○주개발 사이에 실지 거래가 있었다고 단정하기 어려운 점, ② 송파, 역삼세무서장이 작성한 ○진중기, ○운중기, ○호건설기계, ○덕건설기계에 대한 자료상혐의자 조사종결 복명서에 의하면, 위 회사들의 실제 운영자는 원고이고, 위 각 회사의 매출세금계산서는 대부분 실제 거래 없이 발행된 허위의 세금계산서로 조사되었던 점, ③ 동수원세무서장도 위 조사종결 복명서의 조사결과에 따라 ○진중기, ○운중기 등이 ○주개발의 대표자 표○숙에게 발행한 이 사건 1 세금계산서가 실물거래 없는 허위의 세금계산서임을 전제로 표○숙에게 이 사건 1 세금계산서에 해당하는 부분에 대하여 부가가치세를 경정ㆍ고지하였으나, 이에 불복하여 표○숙이 제기한 국세심판청구에서 원고와 표○숙 사이에 실제 거래가 있었다는 취지로 판단되자 이 사건 1, 2 처분을 하게 된 점, ④ 원고가 2001. 10. 17. 김○배에게 제출한 각서(을 8호증)는 부가가치세 신고 업무에 위반이 있을 경우 그 책임을 진다는 것으로 일반적인 공사차량 임대 및 운반용역 제공 관련 거래당사자 사이에서 체결하는 각서의 내용으로 보기 어렵고, 오히려 허위의 세금계산서를 거래하는 당사자 사이에서 체결할 수 있는 각서의 내용에 가까운 점 등을 종합하면, 피고가 제출한 위 증거들만으로는 원고와 ○주개발 사이에 이 사건 1, 2 세금계산서에 해당하는 실제 거래가 있었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 이 사건 1, 2 세금계산서의 공급가액에 해당하는 거래가 실제로 있었음을 전제로 하는 피고의 이 사건 1, 2 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문