가. 원고는 2019. 2. 3. 피고와 사이에 원고 소유의 충주시 C 공장용지 및 각 지상 건물, 기계설비 일체에 관하여 매매대금 1,450,000,000원의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하고, 2019. 3. 29. 피고에게 위 각 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳐주었다.

나. 이 사건 매매계약 당시 원고와 피고는 공장용지 및 각 지상 건물에 관한 매매대금을 1,000,000,000원, 기계설비 일체에 관한 매매대금을 450,000,000원으로 각 정하였고, 이에 관한 세금계산서는 발행하지 않기로 하였다.

다. 원고는 이 사건 매매계약 이후 피고에 대하여 세금 감면 등을 이유로 세금계산서의 발행을 요청하였고, 2019. 3. 29. 각 지상 건물에 관하여 “공급자: 원고, 공급받는 자: 피고, 합계 가액: 693,974,600원(= 공급가액 630,886,000원 세액 63,088,600원)의 세금계산서를, 2019. 5. 14. 기계설비 일체에 관하여 “공급자: 원고, 공급받는 자: 피고, 합계 가액: 495,000,000원(= 공급가액 450,000,000원 세액 45,000,000원)의 세금계산서를 각 발행하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 6호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지 이 사건 매매계약 이후 원고와 피고는, 원고가 피고에게 각 지상 건물 및 기계설비 일체에 관한 세금계산서를 발행하여 주면, 피고가 원고에게 이에 관한 부가가치세를 반환해주기로 약정하였으므로, 피고는 원고에게 각 지상 건물 및 기계설비 일체에 관한 세금계산서상의 부가가치세 합계 108,088,600원(= 각 지상 건물 63,088,600원 45,000,000원) 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

3. 판단

가. 청구원인에 대한 판단 ⑴ 원고가 이 사건 매매계약 이후 피고에 대하여 세금 감면 등을 이유로...