2. 나머지 심판청구는 기각한다.

가.청구법인은 2009.7.27. OOOOO OOO OOO 282-329 토지 195㎡및 주거용 건축물 117.84㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한데대하여「지방세법」(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의것, 이하같다) 제288조제2항에서 규정하고 있는 사회단체 등이 그 고유업무에직접 사용하기 위한 부동산의 취득으로 하여 처분청으로부터 취득세등을 과세면제 받았다.

나.처분청은 이 건 부동산에 대한 사용현황을 확인한 결과 청구법인이이 건 부동산의 1층은 OOOO 관리인 사택으로 사용하고 있고,지하층은 임차인이 거주하고 있는 사실을 확인한 후, 과세전적부심사결정에 따라 청구법인을「지방세법」제288조제2항에서 규정하고 있는 사회단체 등이 아닌 같은 법 제107조 및 제127조에서 규정하고 있는종교 및 제사를 목적으로 하는 단체에 해당하는 것으로 보고, 청구법인이 이 건 부동산을 제사 등의 목적사업에 직접 사용하지 아니하는것으로 보아 이 건부동산의 주택가격 311,000,000원을과세표준으로 하고 같은 법 제112조제1항 및 제131조 제1항 제2호 세율에제138조 제1항에서 규정하고 있는등록세 중과세율을적용하여산출한취득세 7,549,830원, 농어촌특별세 754,980원,등록세9,059,800원, 지방교육세 1,662,680원, 합계 19,027,290원(가산세 포함)을2010.10.11. 청구법인에게 부과고지 하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2010.11.10.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은OO OOO 선생님과 OO OOO 선생님의 제사를연 2회 지속하여 지내왔으며, 1982년도에 OOO이 국립공원으로 지정되어 이를 정비하는 과정에서 OO OO는 공원 안에 유지되었으나 OO 관리집은 공원 안에 유지할 수 없어 철거됨에 따라 받은 그 보상금으로 이 건부동산을 취득하여 제사에 필요한 제기, 관복,도포 및 신발 등을 보관하고 제수용 음식을 만들어 봉향하는 등서원을유지하기 위하여 사용하였을 뿐 추호도 다른 목적에사용하지 아니하였음에도 이 건 부동산을다른 목적에 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)종교단체 등이 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의비과세 대상이 되는 것은 그 목적에 직접 사용하는 부동산에 한하는것이라 할 것이고, 특히 비영리단체가 구외에 소재하는 주거용부동산을 취득하는 경우에는 일반인과의 조세형평을 고려하여 목적사업에중추적인 역할을 수행하는 자가 사용하며 불가피한 사유로 인하여당해 사업장 외에 숙박시설 등을 설치하는 경우에 한하여 극히 한정적으로 비과세대상으로 인정하여야 할 것이다.

(2)청구법인의 경우, 2009.7.29. 이 건 부동산을 증여로 취득하여취득세 등을 감면받았고, OOOOO OOO OOO 512 소재 부동산은 서원으로 사용하고 있으나 주거용 단독주택인 이 건 부동산은서원으로부터 멀리 떨어져 있고 그 사용용도를 보면 지하층은임대를주었고 1층은 관리인이 사용하고있으며 관리인은 청구법인의목적사업을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적 존재라 할 수없어청구법인이이 건부동산을 그 사업에 직접 사용한다고볼 수 없다하겠으므로 처분청이 청구법인에게 취득세 등을 부과고지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 부동산이제사 등을 목적으로 하는 비영리사업자가 목적사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의것)

제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제288조(사회단체 등에 대한 감면) ② 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 「민법」 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·장학단체·기술진흥단체·문화예술단체·체육진흥단체·청소년단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제(기술진흥단체와 체육진흥단체가 사용하는 부동산에 대하여는 공동시설세를 과세한다)한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2)지방세법 시행령(2010.1.1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의것)

제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

제94조(비영리사업자의 범위 등) ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은2009.7.8. 「민법」 제32조 및 「문화체육관광부및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」 제4조에근거하여 설립되었고, 2009.7.16. 법인 설립등기를 하였으며, 2009.7.27.이 건 부동산을 OOOO으로부터 증여취득하여 처분청으로부터 「지방세법」 제288조 제2항의 규정에 의거취득세 등을 감면받았다.

(나)처분청 세무담당공무원은 2010.6.1.이 건부동산의 사용현황조사를 하여 이 건 부동산이 OOOO 관리인 사택 등으로 사용되고있는 사실을 확인하였고, 처분청은 이 건 부동산의 1층에는 OOO(서원 관리인)이 지층에는 OOO(세입자)가 각각 거주하고 있는 사진을제출하고 있다.

(다)처분청은 2010.7.30. 청구법인에게 이 건 취득세 등의 과세예고를 하자 청구법인은 2010.8.20. OOOOOO에게 이에 대한 과세전적부심사청구를 하였고, 2010.9.16. 과세전적부심사결정에서청구법인이 이 건 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 볼 수없겠으나, 청구법인은 「지방세법 시행령」제79조의 종교및 제사를 목적으로 하는 단체에 해당하므로 등록세 부과시 세율적용에 있어 1000분의 8을적용하지 아니하고 1000분의 15를 적용한 것은 잘못이라는 결정을 하였다.

(라)이 건 부동산 거주자 주민등록 전출입사항을 보면, OOO은1991.4.12. 이 건 부동산으로 전입하여 심판청구일 현재까지 주민등록이 되어 있고, OOO는 2005.5.17. 이 건 부동산으로 전입하였다가 2010.8.15. 전출하였으며, 2005.5.16. OOO과 OOO간에 이 건부동산 지하층에 대한 임대차계약을 체결하였다.

(마)한편, 이 건 부동산과 약 1.4㎞ 떨어진OOOOOOOOOOO 512 토지에 OOOO(OOOOO OOO OOOO)이 소재하고있고, 동 토지의 토지이용계획 확인서상의 지역·지구는 도시지역,자연녹지지역, 개발제한구역 및 국립공원 구역 등이며,OOOO 내에는제사를 지내는 OO건물 43.74㎡가 있고, 서원에는OO 외에 별도의물품보관 장소나 관리시설은 없는 것으로 확인되고있고, 1980.1.20.부터1980.3.31.까지의 기간 중에 처분청에서 시행한 OOO 자연공원 보상업무추진계획에 따라 당시 OOOO과 연접한같은 동 511-3 대지350㎡에 소재한 관리사택이 멸실된 사실을OOO자연공원 보상업무추진계획서 및 관련공문,OOOOOO이 발급한 항공사진 및 OOO의 주민등록자료 등에 의하여 미루어 알 수 있다.

(2) 「지방세법」 제107조 및 제127조 제1항에서 제사·종교·자선·학술·기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등록에 대하여는취득세 및 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.

(3)이 건 부동산 중 지하층 부분은 OOO이 OOO에2010.8.15.까지임대하여 수익사업에 사용되었으므로 취득세 등의 추징대상에 해당한다고 보이나,국립공원 구역 내에 위치한OOOO에는 단순히 제사만을 지내는 OO만 있어제기 및 의복 등을 보관하고 서원을 유지·관리하는 시설이 필요한 것으로보이는 점,당초, OOOO과 연접한 곳에 관리사택이 있다가OOO 자연공원 정비사업으로 인하여 수용됨에 따라 OOOO이 불가피하게 이 건 부동산을대체취득 한 것으로 보이는 점, 이 건 부동산에 서원관리인이 거주하면서외부에는 청구법인의 현판을 걸고, 내부에는 제기, 의류 및 서적등을보관하면서 OOOO 관리기능을 수행하는 것으로 보이는 점등을 종합하여보면 이 건 부동산 중 임대부분을 제외한 부분은 고유 목적에직접 사용하는 부동산에 해당한다고 보는 것이 합리적이라고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세 기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및제3호에의하여 주문과 같이 결정한다.