소송비용은 원고가 부담한다.

1. 부과처분의 경위

가. 원고는 서울 ○○구 ○○동 ○○에서 귀금속 · 지금 · 지은 등의 도소매업을 영위하는 업체인바, 2004년도 1기분 부가가치세를 신고할 당시 주식회사○○ 인터 내셔날(이하 '○○인터 내셔날' 이라고 한다) 으로 부터 별지(1) 거래 내역 표 기재와 같이 2004. 1. 5.부터 2004. 5. 11.까지 48회에 걸쳐 총 56kg의 지금(○○, gold bar)을 매입하고 공급가액 835,038,000원(세금계산서상의 공급가액 합계는 835,039,800원이나 부가가치세 신고 시 835,038,000원으로 신고하였다. 이하 신고한 공급가액을 기준으로 한다)의 매입 세금계산서(이하'이 사건 세금계산서'라고 한다)를 교부받은 것으로 하여 매입처별세금계산서합계표를 작성하고, 이 사건 세금계산서 상의 매입세액 83,503,800원을 매출세액에서 공제 하였다.

나. 그런데 피고는 2004. 11. 23. ○○서부지방 검찰청으로부터 위 ○○인터내셔날이 실물거래 없이 가공세금계산서를 발행 · 수취하는 이른바 "자료상"이므로 고발하라는 통보를 받았고, 2004. 11. 24. ○○인터내셔날을 위 검찰청에 조세범처벌법위반으로 고발하였다.

다. 피고는 ○○인터내셔날이 원고에게 교부한 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 교부된 것으로 보아 2005. 8. 1. 원고에게 2004년 제1기분 부가가치세를 신고하면서 공제하였던 이 사건 세금계산서상의 매입세액 835,038,000원을 공제하지 않고 계산한 납부세액 89,365,333원에 가산세 26,019,784원을 가산하고, 원고가 이미 납부한 부가가치세 5,861,532원을 공제한 부가가치세 109,523,580원(십 원 미만 버림)을 납부하라는 내용의 부가가치세 경정고지를 하고, 또 이 사건 세금계산서 상당 금액에 대하여 적법한 증빙서류를 수취하지 아니하였다는 이유로 2004년도 법인세의 일부인 증빙불비 가산세 18,370,830원을 부과(위 부가가치세 및 가산세 부과처분을 합하여 이 사건 처분이라 한다)하였다.

라. 원고는 2005. 10. 28. 이 사건 부과처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 2006. 4. 20. 기각결정을 받았다.

인정근거다툼이 없는 사실을 제1 재지 4호 증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 ○○에서 금 도 · 소매업을 실제로 영위하고 있는 업체로서, ○○인터내셔날의 실제 운영자 조○○에게 그 때 그 때 영업에 필요한 만큼의 지금 매입을 요청하면 조○○의 직원인 이○○이 지금을 직접 가져다주었고, 그 대금을 인터넷뱅킹으로 송금한 뒤 세금계산서를 교부받았을 뿐이다. 따라서 원고가 ○○인터내셔날과 실물 거래 없이 이 사건 세금계산서만을 교부받은 것으로 본 이 사건 부과처분은 사실과 다른 것으로 위법하다.

나. 관계법령

이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법 제16조 세금계산서

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서" 라 한다.)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 년 월 일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 납부세액

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조 결정 및 경정

① 사업장 관할세무서장 · 사업장관할지방 국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정 신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정 신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

○ 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조 가산세

⑤ 납세지 관할 세무서서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

○ 법인세법 제116조 지출증빙서류의 수취 및 보관

① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다.

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각 호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 부가가치세법 제16조의 규정에 의한 세금계산서.

다. 인정사실

(1) 원고가 ○○인터내셔날로 부터 이 사건 세금계산서를 교부받을 2004년 제1기 당시 ○○인터내셔날의 법인등기부상 대표이사는 조○○ 였는데, ○○인터내셔날을 실제 운영한 자는 소외 조○○였다.

(2) 피고는 2004. 11. 24. ○○인터내셔날의 본점 및 지점, 조○○, 조○○를 조세범처벌법위반 혐의로 ○○서부지방 검찰청에 고발하였는 바, 고발한 내용은 ○○인터내셔날이 2004년 제1기(2004.1.5.부터 2004.5.31.까지)에 주식회사○○ 및 주식회사 ○○로부터 실물거래 없이 총163회에 걸쳐 공급가액 59,994,953,000원 상당의 허위매입세금계산서를 교부받아 부가가치세 5,999,492,000원을 부당하게 공제받고, 또한 원고 및 주식회사○○ 등에게 실물 거래 없이 총 1,448회에 걸쳐 허위매출세금계산서(이 사건 세금계산서 포함)를 발행하여 거래상대방으로 하여금 부가가치세 6,007,898,000원을 부당하게 공제받게 하였다는 것이었다.

(3) 조○○는 서울서부지방 검찰청에서 조사를 받을 당시 ○○인터내셔날이 2004. 1. 5.부터 2004. 5. 13. 까지 전혀 실물거래 없이 허위의 매출세금계산서만을 발행하였다고 진술하였으나, 그 후 위 고발사실로 검찰조사를 받고, ○○서부지방 법원에서 재판받을 때에는 ○○인터내셔날이 수수한 매입 · 매출세금계산서 중 일부는 실물거래이나 다만 이를 특정하기 어려우니 양형조건으로만 참작하여 달라고 진술하였고, ○○서부지방 법원은 2005.1.6. 조○○에 대하여 위 허위세금계산서 발급사실 전부에 대하여 모두 유죄판결을 선고하여 위 판결이 그대로 확정되었고(2004고단2746호), 2005.12.15. 조○○에 대하여도 공소사실 전부에 대하여 유죄판결을 선고｛2004고합000, 2005고합0(병합), 00(병합), 00(병합)호｝하였다.

(4) 그러나 조○○는 이후 항소심인 ○○고등법원에서 보석으로 석방된 뒤 법정에서, ○○인터내셔날이 수수한 세금계산서 중 매입거래처가 주식회사○○ , ○○주식회사인 것, 매출거래처가 주식회사○○, 주식회사○○, 주식회사○○, 주식회사○○인 것은 실제로 거래를 하고 매입 · 매출세금계산서를 주고받은 것이라고 특정하여 진술하였고, 이에 ○○고등법원은 2006. 10.18. 조○○에 대한 조세범처벌법위반의 범죄사실 중 위 부분에 대하여 무죄를 선고하여 ｛서울고등법원 2006노00(분리)호｝, 위 판결이 그대로 확정되었다.(대법원 2007. 2. 15. 선고 2006도0000호).

(5) 조○○가 2003. 8. 1. 설립한 ○○(주) 와 2004. 2. 경 설립한 주식회사○○에서 경리직원으로 근무하였던 홍○○은 세무조사 당시 원고가 실물거래 없이 인터넷뱅킹 등으로 송금을 받은 뒤 매출세금계산서를 발행하여 주고 송금 받은 금원에서 수수료를 공제한 금원을 현찰로 되돌려 주는 형태로 거래한 업체 중 하나라고 진술 하였다.

(6) 원고가 이 사건 세금계산서상의 지금을 운반하여 주었다고 주장하는 이○○은 조○○의 여동생 조○○의 남편으로서, 조○○이 대표이사로 있는 ○○의 직원으로 근무하던 자이다. 한편 조○○ 역시 위 2004고합000, 2005고합0(병합), 00(병합), 00(병합)호 사건에서 ○○를 이용하여 자료상 행위를 하였던 사실로 조세범처벌법위반죄의 유죄판결을 받았고, 위 부분 판결은 그대로 확정되었다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 48, 을 제5 내지 8호증, 을 제9호증의 1, 2, 을 제10호증의 1 내지 4, 을 제11호증, 을 제12호증의 1, 2, 을 제13호증의 1 내지 4, 을 제14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

위에서 본 바와 같이 ○○인터내셔날의 명의상 대표이사 조○○, 실제 운영자 조○○가 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 원고에게 발행하였다는 이유로 조세범처벌법위반의 유죄 확정판결을 받은 점, 조○○는 보석으로 석방된 후 충분한 시간을 가지고 여러 업체들을 실물 거래업체로 기억하여 진술하였는데 원고는 그 업체 중에 포함되어 있지 않고, 거래 횟수 및 금액이 상당히 많은(6개월에 48회, 총 918,543,780원 상당)점에 비추어 볼 때 원고와 실물거래를 하였음에도 이를 기억하지 못하였다고는 보기 어려운 점, 조○○의 직원인 홍○○은 원고를 수수료를 받고 세금계산서만을 발행하여 주었던 업체로 기억하고 있고, 이○○은 ○○인터내셔날이 아닌 조○○가 운영한 다른 업체인 ○○의 직원인 점, ○○ 역시 실물거래 없이 세금계산서만을 발행한 자료상으로 인정되어 그 명의상 대표이사 조○○, 조○○가 이로 인한 유죄판결을 받았던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서는 ○○인터내셔널과의 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서인 것으로 판단되고, 위 인정사실에 반하는 갑 제6호증의 기재, 증인 이○○의 증언은 믿기 어려우며, 갑 제4호증의 1 내지 455, 갑 제5호증의 1 내지 321, 갑 제7호 증, 갑 제8호증의 1내지 4, 갑 제9호증의 1 내지 58의 각 기재만으로는 위 인정에 방해가 되지 아니한다.

3. 결 론

결국 피고의 이 사건 처분은 적법하고 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지((1)＜거래내역표＞ : 생략