2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1997. 11. 12.경 설립되어 김해시 생림면 나전리 000-4 공장용지 2,445㎡ (이하 이 사건 공장용지라 한다) 상의 철골 및 철근 콘크리트조 판넬지붕 2층 공장(1층 1,018.10㎡, 2층 478,10㎡, 이하 이 사건 공장건물이라 한다)에서 자동차부품 제조업을 영위하여온 회사인데, 2009. 11. 24.경 주식회사 ○○시스템(이하 '소외회사'라 한다)에게 이 사건 공장용지 및 공장건물과 그 공장에 있는 수변전설비, 크레인, 호이스트, 집진기 등(이하 이 사건 기계장치라 한다)을 대금 1,110,000,000원에 매도하고(이하 '이 사건 매매'라 한다), 그 무렵 소외 회사에게 이 사건 매매에 따른 이 사건 공장건물의 공급가액을 180,000,000원으로 하여 세금계산서를 교부한데 이어 피고에게 2010. 제1기 부가가치세 예정신고를 함에 있어 그 과세표준에 이 사건 매매에 따른 이 사건 공장건물의 공급가액으로 위 금액을 포함시켜 신고하였다.

나. 피고는 2010. 5.경 원고에 대하여 현지확인조사를 실시하여 이 사건 매매시 이 사건 공장용지 및 공장건물의 가액이 불분명한데다 그 매매대금에 이 사건 기계장치의 대가가 포함되어 있는 것으로 보아 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 단서에 따라 이 사건 공장용지 및 공장건물과 이 사건 기계장치의 각 감정가액을 기준으로 안분계산하여 이 사건 공장건물 및 기계장치의 공급가액을 434,671,403원으로 재계산한 끝에, 2010. 6. 1. 원고에게 2010. 제1기 귀속 부가가치세를 91,044,430원으로 경정ㆍ고지하였다가 2010. 9. 14. 원고의 이의신청에 대한 부산지방국세청장의 결정에 따라 이 사건 공장건물 신축공사비 관련 매입세액 52,309,091원을 공제하여 위 부가가치세를 32,939,500원으로 감액경정ㆍ고지하였다(이하 이와 같이 감액경정되고 남은 부분을 이 사건 처분이라 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 11. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2011. 4. 5. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 매도시에 양수인인 소외 회사의 요구에 따라 이 사건 공장건물의 매매가를 180,000,000원으로 정하였던 점, 이 사건 매도 당시 이 사건 공장건물에 관한 재산세의 과세표준이 237,700,000원인 점, 양수인인 소외 회사의 입장에서도 이 사건 공장 건물의 공급가액을 높게 하더라도 세금계산서의 교부시점과 부가가치세 신고시점 사이에 간격이 길지 않아 부가가치세를 단기간에 환급받을 수 있는데다 감가상각비 한도액이 증가하여 법인세 부담이 줄어들게 되므로 굳이 그 공급가액을 낮게 할 이유가 없는 점 등을 종합하면, 원고가 신고한 이 사건 공장건물의 공급가액은 실지거래가액으로서 적정하다.

또 이 사건 매매시 이 사건 기계장치는 해체비용, 운반비용, 재설치비용 등을 고려하여 그 대가는 매매대금에 포함시키지 않았다.

그럼에도 불구하고 피고가 이 사건 매매시 이 사건 공장용지 및 공장건물의 가액이 불분명한데다 그 매매대금에 이 사건 기계장치의 대가가 포함되어 있다고 보고 이를 전제로 이 사건 처분을 하였으니 이는 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 매매의 내용 등

가) 원고와 소외 회사가 이 사건 매매에 관하여 2009. 11. 24.자로 작성한 매매계약서(이하 '이 사건 매매계약서'라 한다)에는 매매대금이 1,110,000,000원으로 기재 되어 있고(부가가치세에 관하여 별도로 표시되어 있지 않다), 다음과 같은 내용의 특약 사항(이는 뒤에서 보듯이 나중에 수정보완된 것이다)이 기재되어 있다.

- 분체도장 부스와 공장 입구에 있는 콘테이너박스는 원고가 이전한다.

- 그 외 시설물(옥상컨테이너, 크레인 및 집진기 등)은 현재의 상태로 두고 소외 회사에게 인계한다.

- 이 사건 공장건물 가액 : 180,000,000원

- 이 사건 공장용지 가액 : 930,000,000원

나) 원고는 이 사건 매매에 따라 2010. 1. 29. 이 사건 공장용지 및 공장건물에 관하여 소외 회사 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다. 이어 소외 회사는 같은 날 이 사건 공장용지 및 공장건물에 관하여 채권최고액 1,080,000,000원, 채무자 소외 회사, 근저당권자 한국외환은행(사상지점)으로 한 근저당권을 설정하여 주었다. 소외 회사는 이 사건 공장용지 및 공장건물과 함께 이 사건 기계장치 등도 인계받아 그대로 사용하면서 원고와 마찬가지로 자동차부품 제조업을 영위하고 있다.

다) 원고는 이 사건 매매와 관련하여 소외 회사에게 세금계산서를 교부함에 있어 처음에는 2010. 1. 29.경 이 사건 공장용지 및 공장건물의 시세 등을 감안하여 이 사건 공장건물의 공급가액을 538,017,000원으로 한 세금계산서를 교부하였으나, 이후 당초의 매매계약서의 특약사항을 수정보완하여 앞서 본 바와 같이 기재한 후 이 사건 공장건물의 공급가액을 180,000,000원으로 한 세금계산서를 다시 교부하였다.

라) 소외 회사가 김해시청에 제출한 이 사건 매매에 관한 검인계약서(을 제5호증)에는 매매대금이 이 사건 공장용지 및 공장건물 별로 구분없이 일괄하여 1,110,000,000 원으로 기재되어 있다.

2)이 사건 공장용지 와 공장건물의 가액

가) 2010. 1. 29.경 적용되는 이 사건 공장용지에 대한 소득세법에 따른 기준 시가는 511,005,000원(= 2009. 기준시가 209,000원1㎡ x 2,445㎡), 이 사건 공장건물에 대한 소득세법에 따른 기준시가는 418,650,800원이다.

나) (주)△△평가법인의 감정평가액

- 평가의뢰인 : ◇◇은행 사상지점장

- 평가목적 : 담보

- 가격 시 점 2009. 12. 3.

- 이 사건 공장건물 평가액 : 398,562,000원

- 이 사건 공장용지 평가액 : 609,290,000원

- 이 사건 기계장치 평가액 : 20,582,000원

다) 원고의 2009. 대차대조표상 이 사건 공장용지ㆍ공장건물 가액, 2009. 12. 3.을 기준으로 한 이 사건 공장용지, 공장건물 및 기계장치의 감정가액, 2010. 1. 29.경 이 사건 공장용지 및 공장건물의 기준시가, 이 사건 매매계약서상의 이 사건 공장용지ㆍ공장건물의 매매대금과 그 비율을 비교하면 아래 표와 같다.

- 장부가액 : 공장용지 5억9,290만원, 공장건물 6억9,426만원

- 기준시가 : 공장용지 5억1,100만원, 공장건물 4억1,865만원

- 감정가액 : 공장용지 6억 929만원, 공장건물 3억9856만원, 기계장치 2,058만원

- 매매대금 : 공장용지 9억3,000만원, 공장건물 1억8,000만원

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 6호증, 을 제2 내지 6호증의 각 기재(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 본문은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의하도록 정하고, 단서에서는 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 '부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법'에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산하거나(제1호 단서), 기준시가에 따라 안분 계산하는 등의 방법을 규정하고 있다. 위 단서 규정은 부가가치세 과세대상인 건물의 공급 가액과 비과세대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정으로서, 세법에 의한 장부나 그 밖의 증빙 서류에 건물의 공급가액이 토지의 가액과 구분기장되어 있는 경우에는, 그 기재에 허위 또는 누락이었다고 인정되는 경우에만 적용되어야 한다(대법원 1989. 12. 26. 선고 89누169 판결 등 참조).

2) 이 사안의 경우, 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 매매계약서에 기재된 매매목적물 및 가액은 원고와 소외 회사가 실제 거래가격과는 다르게 임의로 기재한 것이라고 보기에 충분하다. 오히려 이 사건 매매대금 중 이 사건 공장용지 및 공장건물의 각 해당분이 불분명한데다 그 매매대금에는 이 사건 기계장치의 대가가 포함되어 있다고 볼 것이고, 더 나아가 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항 제1호에서 정한 감정평가가액에 해당하는 위 (주)△△평가법인의 감정평가액에 따라 그 가액에 비례하여 안분계산하면 이 사건 공장건물 및 기계장치의 공급가액은 합계 434,671,403원{≒ 1,110,000,000 x 419,144,000÷(419,144,000 x 1.1 + 609,290,000)}으로 볼 것이다.

① 앞서 본 이 사건 공장용지 및 공장건물의 장부가액, 당시 기준시가 및 감정평가 금액에 비추어 볼 때, 이 사건 매매계약서에 기재된 전체 매매대금은 적정하다고 하더라도, 그 중 이 사건 공장건물 해당분은 지나치게 낮게 기재되어 있다.

② 원고 스스로 인정하는 바와 같이 원고는 소외 회사에게 이 사건 공장건물에 관한 세금계산서를 교부함에 있어 이 사건 공장건물의 공급가액을 그 시세에 맞게 538,017,000원으로 기재하여 교부하였다가 이후 180,000,000원으로 기재하여 다시 교부하였다.

③ 소외 회사는 원고로부터 이 사건 공장용지 및 공장건물과 함께 이 사건 기계장치도 인계받아 그대로 사용하면서 원고와 마찬가지로 자동차부품 제조업을 영위하고 있다.

3) 그러므로 이와 같은 전제에서 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.