가. 원고는 부동산임대업을 하기 위하여 2006. 3. 16. 한신산업 주식회사로부터 서울 강서구 B 소재 토지와 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 대금 340억 원에 매수하고, 2006. 6. 23. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2008. 4. 30. C 주식회사(이하 ‘C’이라 한다)에 이 사건 부동산을 대금 700억 원에 매도하는 계약을 체결하고(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다), 매매잔금을 받지 않은 상태에서 2008. 6. 19. C 앞으로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

다. 원고는 2009. 3. 31. 이 사건 매매계약 대금 700억 원과 이 사건 부동산의 장부가액 41,338,247,988원의 차액 28,661,752,012원을 익금(유형자산 처분이익)에 산입하고, 고유목적사업비 20,326,168,372원, 고유목적사업준비금 1,212,613,200원을 손금에 산입하여 2008 사업연도 법인세로 278,124,958원을 신고하였다. 라.

피고는 ① 원고가 수익사업에 사용된 차입금에 대한 지급이자 명목으로 2007 사업연도의 손금에 산입한 지급이자 중 1,417,285,109원과 2008 사업연도 손금에 산입한 지급이자 중 1,083,876,362원 합계 2,501,161,471원은 수익사업 아닌 용도로 사용된 차입금에 대한 지급이자라고 보아 손금 부인하고, ② 2008 사업연도 손금에 산입한 고유목적사업비 20,326,168,372원과 고유목적사업준비금 1,212,613,200원은 원고가 주무관청에 등록되지 않아 고유목적사업준비금 설정대상 법인이 아니라는 이유로 손금 부인하여, 2013. 7. 1. 원고에게 2008 사업연도 귀속 법인세 11,200,398,590원(가산세 포함)을 추가로 경정고지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2013. 10. 4. 이의신청을 하였고, 피고는 2013. 10. 30. 취득세 등 1,797,784,000원을 추가로 손금에 산입하라는 결정에...