가. 원고는 2004. 10. 15.부터 김해시 B에서 고철업을 영위하는 법인이다.

나. 원고는 2011년 제2기부터 2013년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 중, 아래 표 기재와 같이 C 외 5개 거래처로부터 합계 1,944,431,350원 상당의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 교부받아 매출세액에서 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.

거래처명 원고가 수취한 세금계산서 (단위:원) 상호(대표자) 2011년 2기 2012년 1기 2012년 2기 2013년 1기 합계 C (D) 5,232,500 12,667,700 33,119,850 51,020,050 E (F) 189,349,000 189,349,000 G (H) 101,873,000 101,873,000 I (J) 481,082,300 481,082,300 K (L) 1,079,658,000 1,079,658,000 M (N) 41,449,000 41,449,000 총합계 1,944,431,350

다. 피고는 원고의 위 각 거래처와의 거래(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)가 실물거래 없이 이루어진 것이고, 위 각 거래처가 발행한 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 매입세액 공제를 부인하고, 2014. 8. 1. 원고에게 아래와 같이 부가가치세 및 법인세 경정 결정고지를 하였다

(이하 위 부가가치세와 법인세 경정 결정고지 처분을 ‘이 사건 부과처분’으로 통칭한다). (단위 : 원, 세액합계 금액의 10원 미만은 국세징수사무처리규정 제10조에 따라 버림) 순번 귀속연도 및 세목 불공제 매입세액 (본세) 부당 과소신고 가산세 (40%) 납부 불성실 가산세 세금계산서 불성실 가산세 세액 합계 1 2011년제2기 부가가치세 29,645,630 11,858,252 8,155,512 5,929,126 55,588,520 2 2012년 제1기 부가가치세 49,375,000 19,750,000 10,916,812 9,875,000 89,916,810 3 2012년제2기 부가가치세 111,277,785 44,511,114 18,460,984 22,255,557 196,505,440 4 2013년 제1기 부가가치세 4,144,960 1,657,984 462,577 828,992 7,094,510 5 2011년 법인세 6,522,030 6...