2. 소송비용은 피고가 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 12호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 이를 인정할 수 있다.

가. 원고와 주식회사 PPP의 관계

원고는 알루미늄 제품의 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사이고, 주식회사 PPP(이하 'PPP'이라 한다)은 원고와 특수관계에 있는 계열사(사실상 원고가 전적인 지배권을 보유하고 있다)로 알루미늄 제품의 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사이다.

나. 자산양수도계약의 체결 등

(1) 원고는 2011. 12. 1. PPP과 사이에, 원고의 제2공장에 있는 알루미늄 피막및 도장 설비(이하 '이 사건 설비'라 한다)를 대금 OOOO원(부가가치세 별도)에 매도하는 내용의 자산양수도계약(이하 '이 사건 약정'이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.

제3조(양수도 기준일)

① 자산양도 기준일은 2011. 12. 30.로 한다.

② 원고는 PPP에 대하여 본 계약의 이행과 관련하여 필요한 계약을 체결하고 자산을 이전하여야 하며, 이를 이행하는 데 필요하거나 제3자의 동의, 승낙이 필요한 경우에는 그러한 명의 변경이나 동의, 승낙에 필요한 기타 관련 서류를 작성하고 인도하여야 한다.

제4조(양도가액의 결정 및 대금 지급 조건)

③ 대금지불은 PPP이 원고에게 본 계약 체결 이후 2011. 12. 30.까지 양도대금의 50%(OOOO원)를 현금으로 지급하기로 하고, 잔액 50%(OOOO원)는 2012. 2. 28. 현금으로 지급하기로 한다.

제5조(자산의 소유권 이전)

① 원고는 제4조의 양도대금의 50%를 수령한 2011. 12. 30. 기준으로 양도 자산의 소유권을 양수인에게 이전하기로 합의하고, 양수인은 2011. 12. 16.부터 피막 및 도장 관련 업무를 진행하고 원고에게 임가공비를 청구하기로 한다.

② 피막 및 도장 외주생산에 대한 원고와 PPP의 제반 거래계약은 별도의 거래계약서에 의거, 수행하기로 한다.

제6조(비용 및 세금의 부담) 각 당사자는 본 계약의 체결 및 이행과 관련하여 발생하는 비용을 각자 부담하며, 본 계약의 이행과 관련하여 부과되는 각종 세금은 관련 법령상 같은 세금을 납부하여야 하는 당사자가 부담한다.

(2) 이 사건 약정은 기본적으로 유체동산의 매매로서 그 소유권의 이전을 위하여는당해 매매계약의 목적물인 이 사건 설비의 점유를 PPP에게 이전하는 것이 필요한데, 원고와 PPP은 이와 관련하여서는 물리적인 점유의 이전을 하지 않고 관념적인 또는 법률적인 점유의 이전만으로 계약(약정)의 이행을 마치기로 하였다. 즉, PPP은 위 약정 제5조에서 정한 바에 따라, 이 사건 설비를 원고의 제2공장에 그대로 둔채, 원고와 아래 '다.항'에서 보는 것과 같은 임가공계약을 체결하고 그에 따른 임가공료를 받기로 한 다음 2011. 12. 15.경부터는 이 사건 설비를 사용하여 제품을 생산(가공)하기 시작하였다.

(3) 한편, PPP은 이 사건 약정에서 정한 대금 지급기일 하루 전날인 2011. 12. 29. 원고에게 그 약정에서 정한 대로 이 사건 설비 매매대금의 50% 상당인 OOOO원(= 위 약정 대금 OOOO원 + 부가가치세 OOOO원)을 송금하여 지급하였다.

그런데 원고는 이튿날인 2011. 12. 30.자로 PPP에게 공급가액을 OOOO원(이는 부가가치세를 포함하지 않은 이 사건 약정상 매매대금 전액이다)으로 한 세금계산서를 발행하여 주면서 이 사건 설비에 대한 위 매매대금 OOOO원과 장부상 가액 OOOO원의 차액 OOOO원은 유형자산 처분이익으로 회계처리 하였다.

(4) 이후 PPP은 이 사건 약정에서 정한 잔금 지급일 다음날인 2012. 2. 29.자로

원고에게 나머지 50% 상당액인 OOOO원을 송금하였고, 자신의 거래처원장에는 '물품대 지급' 명목으로 차변에 위 금액을 기입하였다.

다. 임가공(賃加工)계약의 체결

(1) 원고는 2011. 12. 10. 이 사건 약정 제5조 제2항에서 정한 바에 따라 PPP과 사이에, PPP이 2011. 12. 15.부터 2012. 12. 14.까지 이 사건 설비를 이용하여 원고가 의뢰하는 알루미늄 제품을 제작해서 원고에게 납품하기로 내용의 도장, 피막 임가공계약(이하 '이 사건 임가공계약'이라 한다)을 체결하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다.

제1조(계약물품) 원고의 주문에 따라 PPP은 PPP의 이 사건 설비를 이용하여 원고로부터 계약물품을 임가공하여 원고에게 납품하기로 한다.

제2조(임가공 단가)

② 향후 임가공 단가의 변동요인이 발생하는 경우에는 상호 합의하여 단가를 조정할 수 있다.

제4조(원자재의 인수 및 보관) ② PPP은 원고로부터 제공받아 보관 또는 가공중인 원부 자재에 대하여 선량한 관리자의 주의로써 성실히 보관, 관리, 사용하여야 하며, PPP이 보관 또는 가공중인 원부자재는 원고의 소유이므로 원고의 서면에 의한 사전 동의 없이 이 원부자재의 일부 또는 전부를 양도, 처분, 담보제공, 또는 타목적에의 전용 등 원고의 권리를 침해하는 행위를 하여서는 아니 된다.

제8조(가공임의 지급 및 부자재 사급조건)

② 가스비, 전기, 자체폐수, 공업용수, 보호테이프 및 부, 소모자재(페인트 포함)는 원고의 부담으로 하고 그 외는 PPP의 부담으로 한다.

제9조(설비 관리)

① PPP의 설비에 보수할 필요가 발생되어 가공이 중지될 경우 PPP은 원고가 요구하는 제품의 생산이 이루어지도록 PPP의 부담으로 즉시 보수를 하고 원고에게 별도 청구한다.

② PPP은 이 사건 설비에 대하여 항상 유지, 점검, 보수하여야 하며 설비 이력카드를 구비하여야 한다.

제18조(안전사고 책임) PPP은 임가공과 관련하여 원고의 사업장 내에서 발생하는 인적 및 물적 사고에 대하여 민, 형사상 책임을 전적으로 지며, 이때 원고는 민, 형사상의 책임을 지지 않는다.

(2) PPP은 이 사건 임가공계약에 따라 2011. 12. 이 사건 설비를 이용해서 OOOO원 상당의 도장 임가공품을 제작하여 원고에게 납품하였고, 2012. 1.부터 2012. 8.까지 합계 OOOO원 상당의 도장 및 피막 임가공품을 제작하여 원고에게 납품하였다.

라. QQ회계법인의 회계감사 실시

(1) QQ회계법인은 2012. 2.경 원고의 2011 사업연도 재무제표에 대한 회계감사를 실시하였는데, 이 사건 약정과 관련하여 '이 사건 설비의 매각에 따른 경제적 효익과 위험이 원고로부터 PPP에 이전되지 않았다'고 판단하고, 원고에게 이 사건 설비의 양도에 따른 처분이익 OOOO원을 원고가 얻은 이익으로 계상하여서는 안 된다는 의견을 제시하였는데, QQ회계법인이 위와 같이 판단한 근거는 다음과 같다.

① 이 사건 설비의 매수가액 산정에 대한 근거가 없다. 만일 PPP이 적정가액 대비 고가로 매수한 것이라면 적정가액을 초과한 금액은 부당행위계산부인의 대상이 된다.

② 이 사건 설비는 담보로 제공된 공장재단에 포함되어 있어 매도시 담보권자의 동의가 필요한 것으로 보이는데 동의 관련 서류가 없다.

③ 이 사건 임가공계약상 임가공 단가에 이 사건 설비의 감가상각비와 PPP이 부담하는 금융비용이 포함되어 있고 매월 발생원가에 따라 임가공 단가가 변동되고 있어 이 사건 자산양수도계약 체결 이후 PPP이 실질적으로 부담하는 위험이 없다.

④ 이 사건 자산양수도계약은 특수관계자 사이의 거래로서 계약 체결 이후 경제적 실질이 달라진 것이 없고 원고의 PPP에 대한 채권이 급증함에 따라 이 사건설비의 매각대금이 회수되었다고 보기 어려우며 잔금에 대한 담보 관련 아무런 조치가 없다.

(2) 원고는 위 의견을 받아들여 위 처분이익 OOOO원을 2011 사업연도 수익에서 제외(이는 이 사건 약정을 해제하는 등의 조치를 취하였음을 근거로 이루어졌다)하여 같은 기간에 OOOO원의 당기순손실이 발생한 것으로 2011 사업연도 재무제표를 수정하였다.

마. 이 사건 약정의 해제 통지 등

(1) 원고는 2012. 3. 5.과 2012. 3. 20. 및 2012. 4. 19. PPP에 이 사건 약정에 따른 잔금 OOOO원을 독촉하는 내용의 요청서를 보냈고, 2012. 6. 26. PPP에 잔금 미지급을 이유로 이 사건 약정을 해제한다는 내용의 통보서를 보냈다.

(2) 원고는 2012. 7. 16. PPP에 기지급받은 이 사건 설비의 매각대금 OOOO원을 반환하였고, 2012. 7. 10. 계약의 해제를 이류로 공급가액을 (-) OOOO원으로 한 수정세금계산서를 발행하였다.

바. 피고의 법인세 부과 등

(1) 대전지방국세청장은 2012년 하반기에 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 이 사건 설비의 양도에 따른 위 처분이익 OOOO원은 원고의 2011 사업연도 익금에 산입되어야 한다고 판단하고, 이를 피고에게 통보하였다.

(2) 이에 피고는 부가가치세를 포함한 이 사건 설비의 매각 대금 OOOO원을 익금에 산입하고 이 사건 설비의 원가 OOOO원을 손금에 산입하여 2013. 3. 11. 원고에게 2011 사업연도 귀속 법인세 OOOO원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 OOOO원(가산세 포함)을 납부고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

(3) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 6. 10. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 2013. 8. 12. 기각결정을 받았다.

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 약정에도 불구하고 이 사건 설비의 소유에 따른 위험과 효익이 PPP에 이전되지 않았고 이 사건 설비에 대한 통제권이 원고에게 남아 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 약정은 형식상으로는 자산의 양도를 내용으로 하는 것이나 그 거래의 실질은 자산의 양도가 아니라고 할 것이다. 따라서 이 사건 설비가 양도되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 원고는 이 사건 약정에 문제가 있다는 QQ회계법인의 지적에 따라, PPP과 이 사건 약정을 해제하기로 구두 합의한 후 PPP의 잔금 미지급을 이유로 이 사건 자산양수도계약을 해제하는 절차를 거쳤으므로, 이 사건 약정은 법정해제 되었다거나 적어도 부득이한 사유로 합의해제 되었다고 할 것이다. 따라서 이 사건 설비의 양도이익은 후발적 사유의 발생으로 소급하여 존재하지 않는 것으로 확정되었다고 할 것이므로, 위 양도이익을 2011 사업연도 소득금액에 산입하여 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 법원의 판단

(1) 실질상 자산의 양도가 아니라는 주장에 대하여

위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 이 사건 약정서에는 원고가 매매대금의 50%를 수령하는 2011. 12. 30.자로 PPP에 이 사건 설비의 소유권을 이전한다는 내용이 명시되어 있고, PPP이 2011. 12. 29. 원고에게 매매대금의 50%인 OOOO원을 지급한 점, ② 이 사건 약정과 이 사건 약정에서 예정한 이 사건 임가공계약에 따라 PPP이 이 사건 설비를 사용・수익할 권한을 이전받게 되었고, 실제 PPP이 2011. 12. 15.경부터 이 사건 설비를 배타적으로 사용하여 수익을 얻은 점, ③ PPP이 이 사건 설비의 관리 의무와 이 사건 설비의 사용 과정에서 발생하는 사고에 대하여 책임을 지고 있는 점, ④ 이 사건 약정이나 이 사건 임가공계약상 PPP이 이 사건 설비를 처분할 수 있는 권한이 제한되어 있지 않은 점, ⑤ 이 사건 약정상 이 사건 설비의 소유권 이전을 전제로 원고와 PPP이 관련 세금을 부담하는 점, ⑥ 원고가 PPP에 이 사건 설비의 감가상각비를 보전하여 준다거나 이 사건 설비를 이용한 임가공 단가에 이를 포함시켰다고 볼 자료는 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 약정은 이 사건 설비에 대한 소유권의 이전을 내용으로 하는 것으로서 실질상 자산양도계약에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 설비는 이 사건 약정에 따라 PPP에 양도되었다고 할 것이다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 자산 양도에 따른 이익이 소급하여 소멸하였다는 주장에 대하여

(가) 법인세법 제40조 제1항은, "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다."고 규정함으로써

현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다.

이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다. 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다. 이러한 해석은 권리확정주의의 채택에 따른 당연한 요청일 뿐 아니라 후발적 경정청구제도를 규정한 국세기본법 제45조의2 제2항의 입법 취지에도 부합한다. 따라서 법인세에서도 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에서 정한 '해제권의 행사나 부득이한 사유로 인한 계약의 해제'는 원칙적으로 후발적 경정청구 사유가 된다고 할 것이다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두1245 판결, 대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결 등 참조).

(나) 위 법리를 기반으로 이 사건에 관하여 살피건대, 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 보태어 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 즉, 원고는 이 사건 약정의 문제를 지적하는 QQ회계법인의 위 감사지적에 따라 PPP과 이 사건 약정을 해제하기로 합의하고서 PPP에 잔금을 독촉하는 내용의 요청서와 잔금 미지급을 이유로 이 사건 약정을 해제한다는 내용의 통고서를 보낸 것으로 보이는 점, 원고는 2011. 12. 29. PPP으로부터 이 사건 설비의 매매대금으로 지급받은 OOOO원을 2012. 7. 16. PPP에 반환하였고, 2012. 2. 29. PPP으로부터 지급받은 OOOO원은 이 사건 설비의 매매대금이 아닌 PPP의 원고에 대한 별도의 채무에 충당하기로 약정하고 이에 따라 세금계산서 등을 작성한 점, PPP이 2012. 8.경 이후부터 이 사건 설비를 사용하지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 약정은 원고와 PPP 사이의 합의에 따라 해제되었다고 봄이 상당하다.

나아가 원고가 이 사건 약정이 부당행위계산부인의 대상이 될 수 있다는 등의 QQ회계법인의 위 감사지적에 따라 PPP과 이 사건 약정을 해제하기로 합의한 점, 원고는 현금 유동성의 부족을 해결하고자 계열사인 PPP에 장부상 가액의 2.5배를 초과하는 금액으로 이 사건 설비를 양도하였는데, 위 매매대금 산정이 적정한지를 뒷받침할 만한 객관적인 자료가 없는 상황이어서 만약 이 사건 약정을 유지할 경우 부당행위계산부인의 대상이 되어 PPP의 법인세 부담이 증가될 가능성이 있는 상황이었던 점, 원고가 회계감사 과정에서 감사인인 QQ회계법인으로부터 이 사건 약정에 대하여 지적을 받은 이상 이를 시정하지 않으면 한정의견 또는 의견거절 등의 감사의견을 받을 수도 있는 점 등에 비추어 보면, 원고와 PPP이 이 사건 약정을 합의해제한 것은 부당행위계산부인 등으로 인한 불이익을 피하기 위한 것으로서 사업상 정당한 사유가 있었다고 봄이 상당하므로, 원고와 PPP 사이의 이 사건 약정의 합의해제는 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에서 정한 '부득이한 사유로 인한 계약의 해제'에 해당한다고 할 것이다.

따라서 이 사건 설비의 양도에 따른 이익은 '부득이한 사유로 인한 계약의 해제'라는 후발적 사유의 발생으로 말미암아 실현되지 아니하는 것으로 확정되었으므로, 이 사건 설비의 양도에 따른 소득을 원고의 2011 사업연도의 소득금액에 포함하여 법인세를 과세할 수는 없다고 할 것이다. 그러므로 이 사건 설비의 양도에 따른 소득이 2011 사업연도의 소득금액에 산입됨을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.