2. 원고의 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 주택건설업 등을 목적사업으로 하는 서울 강○구 청○동 133-6 소재 승○에덕 주식회사(이하, '소외회사'라고 한다)의 대표이사이다.

나. 소외 회사는 2003 사업연도 기간 중 ○○종합상사를 운영하는 최○희로부터 실물거래 없이 공급가액 합계 1억 5,000만 원(이하, '이 사건 쟁점매입액'이라고 한다)인 매입세금계산서 3매를 수취한 후 이를 손금산입하여 2003사업연도 귀속 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 한편, ○○세무서장은 2005. 4. 6. 소외 회사에게, ○○종합상사에 대한 세무조사 과정에서 이 사건 쟁점매입액이 자료상 자료인 것이 확인되었는바 2005. 4. 22.까지 이의하지 아니할 경우 위 과세자료를 정당한 것으로 보아 과세하겠다는 내용의 과세자료 해명 안내문을 송부하였다.

라. 이에 소외 회사는 2005. 5. 17. 이 사건 쟁점매입액에 부가가치세를 더한 1억 6.500만 원(이하, '이 사건 쟁점금액'이라고 한다)을 원고로부터 회수하여 익금산입하고 사내유보로 소득처분한 후, 2005. 5. 31. ○○세무서장에게 2003 사업연도 귀속 법인세에 대한 수정신고를 하였다.

마. 그런데 ○○세무서장은 2006. 12. 8. 법인세법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제 18706호로 개정된 것, 이하 '신법시행령'이라고 한다) 제106조 제4항 단서에 따라 소외 회사가 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 것으로 보아 이 사건 쟁점금액을 원고에 대한 상여로 소득처분하는 한편, 그 무렵 소외 회사에게 소득금액변동통지를 하였는데, 소외 회사가 위 쟁점금액에 대한 근로소득세를 원천징수하여 납부하지 아니하자 2007. 9. 4. 소외 회사에게 2003년 귀속 근로소득세 50,293,020원을 경정ㆍ고지하였다. 또한, 피고는 ○○세무서장으로부터 원고에 대한 인정상여자료를 통보받아 2007. 10. 17. 원고에게 2003년 귀속 종합소득세 18,490,757원(신고불성실가산세 8,590,709원, 납부불성실가산세 2,674,790원 각 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

바. 이에 원고는 2008. 1. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2008. 7. 14. 심판청구를 기각하는 내용의 결정을 하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 제3호증, 제4호증의 1, 2, 을 제1호증, 제4호증의 1 내지 8, 제5 내지 9호증, 제10호증의 1 내지 13의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 소 중 납부불성실가산세 2,115,556원의 부과처분취소청구 부분의 적법 여부

직권으로 이 부분 소의 적법 여부에 관하여 본다.

살피건대, 조세부과처분 중 경정 또는 재경정 결정에 의하여 이미 적볍하게 취소된 부분에 대하여는 다시 취소를 소구할 소의 이익이 없고, 오직 감액된 당초의 부과처분 의 취소를 소구함으로써 족하다고 할 것이므로 당초의 부과처분 전부의 취소를 구할 소의 이익이 없다고 할 것이다(대법원 1982. 11. 23. 선고 81누393 판결 등 참조).

돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 을 제2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 2008. 6. 30. 위 18,490,757원 종합소득세 부과처분 중 납부불성실가산세 2,115,556원을 감액경정한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 원고로서는 위와 같이 감액경정된 세액에 관하여는 그 목적을 달성하여 더 이상 취소를 구할 소의 이익이 없다고 할 것이므로, 위 18,490,757원의 종합소득세 부과처분 중 납부불성 실가산세 2,115,556원의 부과처분취소청구 부분은 부적법하다고 할 것이다(이하 이와 같이 감액되고 남은 부과처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라고 한다).

3. 이사건처분의적법여부

가. 원고의청구원인의요지

원고는아래와같은사유로이사건처분이부적법하다고주장한다.

1) 신법 시행령 제106조 제4항 단서는 부칙 제1조에 따라 공포한 날인 2005. 2. 19. 이후 개시되는 사업연도부터 적용되므로, 이 사건의 경우 2003 사업연도 기간에 시행되던 구 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것, 이하 '구법 시행령'이라고 한다) 제106조 제4항이 적용되어야 하는바, '세무조사의 통 지'가 아닌 '과세자료 해명 안내문'을 받았을 뿐인데도 소외 회사의 대표이사인 원고에 게 이 사건 쟁점금액을 상여로 소득처분하는 것은 부당하다.

2) 신법 시행령 제106조 제4항 단서의 규정은 헌법 제23조 제1항, 제37조 제2항에 위반될 뿐만 아니라 존재하지 아니하는 소득에 대하여 과세하는 것으로서 소득세법에도 위반되어 무효이므로 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하고, 또한 소외 회사에 대한 소득금액변동통지 당시에는 이미 원고로부터 이 사건 쟁점금액이 회수되어 소득이 존재하지 아니하였으므로 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 국세기본법 제21조 제2항 제1호에도 위반된다.

3) 신고불성실가산세는 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제1항 제1호에 따라 소외 회사가 원천징수한 세액을 공제한 금액을 기준으로 산정되어야 한다.

나. 관련법령

별지관련법령기재와같다.

다. 판단

1) 원고의위가.의 1)항기재주장에대하여

가) 2005. 2. 19. 개정ㆍ공포된 신법 시행령 제106조 제4항은 "내국법인이 국세기본법 제45조의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다"라고 규정하고 있고, 신법 시행령 부칙 제1조는 "이 영은 공포한 날로부터 시행한다"라고 규정하고 있으며, 같은 부칙 제7조는 "제106조 제4항의 개정규정은 이 영 시행 후 수정신고하는 분부터 적용한다"라고 규정하고 있는바, "이 영은 2005. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용한다"라고 규정하고 있는 신법 시행령 부칙 제2조는 일반적인 경과규정에 불과하고 위 부칙 제7조는 소득처분에 관한 특별 경과규정이므로, 위에서 본 바와 같이 소외 회사가 신법 시행령의 시행 이후인 2005. 5. 31. 2003 사업연도 귀속 법인세에 대하여 수정신고한 이 사건에 있어서는 구법 시행령 제106조 제4항이 아닌 선법 시행령 제106조 제4항이 적용된다고 할 것이다.

나) 그런데 법인세법 시행령 제106조 제4항 소정의 소득처분특례규정은 2000. 12. 29. 법인세법 시행령 개정으로 신설되었다가 2003. 12. 30. 삭제되었으나, 2005. 2. 19. 다시 신설되었는데, 법인세법 시행령 제106조 제4항 본문에는 아무런 변화 없이 같은 항 단서 소정의 소득처분특례의 제외사유만 "경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우(2000. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정된 것)"에서 "세무조사의 통지를 받은 후에 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우(2001. 12. 31 대통령령 제17457호로 개정된 것)"로 변경되었다가, 2005. 2. 19. "세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 없을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우"로 변경되었는바, 위 소득처분특례규정의 형식이나 연혁 에 비추어 보면, 신법 시행령 제106조 제4항 단서의 "세무조사의 통지를 받거나 세무 조사에 착수된 것을 알게 된 경우"라 함은 "경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우"의 한 예를 규정한 것에 불과하다고 할 것이고, 이 사건의 경우 ○○세무서장은 ○○종합상사에 대한 세무조사를 통하여 소외 회사의 과세자료를 확인한 상태에서 경정처분에 앞서 단지 소외 회사에게 소명의 기회를 주기 위하여 과세자료 해명 안내문을 보낸 것이어서 소외 회사가 소명자료를 제출하지 아니하거나 제출한 자료만으로는 소명이 부족한 경우 별도의 세무조사 없이 경정처분을 할 수 있는 것이며, 소외 회사로서도 ○○세무서장으로부터 과세자료 해명 안내문을 송달받은 이 상 경정처분이 수반될 수 있다는 것을 충분히 예상할 수 있었을 것으로 보이는 점 등 에 비추어 보면, 소외 회사가 부당하게 사외유출을 한 때로부터 2년 이상이 지난 2005. 4. 6. ○○세무서장으로부터 과세자료 해명 안내문을 받고 나서 같은 해 5. 31. 법인세 수정신고를 한 것은 신법 시행령 제106조 제4항 단서 소정의 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우 에 해당한다고 할 것이다.

다) 따라서이와다른전제에선원고의이부분주장은이유없다.

2) 원고의위가.의2)항기재주장에대하여

살피건대, ① 신법 시행령 제106조 제1항 제1호는 사외유출의 경우 귀속자(불분명한 경우 대표자)에 대한 배당, 상여, 기타소득 등으로 소득처분하는 것으로 규정하고 있고, 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 사후에 회수하였다고 하여 애초부터 사외유출이 되지 아니한 경우와 동일하게 볼 수는 없는 점, ② 다만, 신법 시 행령 제106조 제4항 본문에서 수정신고기한 내에 사외유출된 금액을 회수하고 익금에 산입하여 신고하는 경우 사내유보로 소득처분을 하도록 한 것은 일정한 요건 하에 법인에게 자기시정의 기회를 부여하고자 하는 취지인바, 경정이 있을 것을 미리 알게 된 경우는 이러한 자기시정의 기회를 이미 상실한 때에 해당하므로 이를 사내유보에서 제외하도록 한 것이 합리적인 이유 없는 재산권 침해라거나 재산권의 본질적인 내용을 침해하는 것이라고 볼 수는 없는 점, ③ 법인의 대표자에 대한 인정상여는 그 대표자에게 실제로 소득이 발생한 사실에 근거한 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 실질에 관계없이 대표자에 대한 상여로 간주하도록 한 것이어서 대표자에게 실제 소득이 발생하였는지 여부와는 무관한 점 등을 종합하여 보면, 신법 시행령 제106조 제4항 단서가 헌법 등에 위반되어 이를 기초로 한 이 사건 처분이 위법하다고 할 수 없음은 물론 위 처분이 국세기본법에 위반된다고 할 수도 없다.

따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 원고의위가.의3)항기재주장에대하여

가) 살피건대, 소득세법 제81조 제1항 제1호는 과세표준 확정신고를 하지 아니한 경우 그 무신고소득금액이 종합소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액을 가산세대상금액으로 하되, 다만 무신고소득금액에 대하여 소득세가 원천정수된 경우에는 당해 원천징수세액을 공제한 금액을 가산세대상금액으로 한다고 규정하고 있는바, 위 규정의 취지는 소득세법상의 신고의무를 제대로 이행하지 아니한 자에게 그 무신고소득금액 전부에 관한 신고불성설가산세를 부과하는 것을 원칙으로 하되, 다만 무신고소득금액에 대하여 소득세가 원천징수된 경우에는 세수미확보의 위험은 존재하지 아니하였던 것이므로, 가산세대상금액에서 당해 원천징수세액을 공제할 수 있도록 한 것이다.

나) 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 2006. 12.경 소득금액변동통지를 받았음에도 소외 회사는 이 사건 쟁점금액에 대한 근로소득세를 원천징수하여 납부하지 아니하였고, 이에 ○○세무서장이 2007. 9. 4. 소외 회사에게 2003년 귀속 근로소득세 50,293,020원을 경정ㆍ고지한 사실은 위에서 본 바와 같고, 소외 회사가 위 부과처분에 불복하여 ○○세무서장을 상대로 서울행정법원 2008구합31569호로 근로소득세납세고 지처분취소청구의 소를 제기하여 패소한 후 항소 및 상고하여 현재 위 사건이 상고심 에 계속 중인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 위 인정사실에 의하면, 이와 같이 실제로 소득세가 원천징수되지 아니한 경우는 소득세법 제81조 제l항 제1호 소정의 신고를 하지 아니한 소득금액에 대하여 소득세가 원천징수된 경우 에 해당하지 아니한다고 할 것이다.

다) 따라서이와다른전제에선원고의위주장도이유없다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 납부불성실가산세 2,115,556원의 부과처분취소청구 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 모두 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.