2.소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2005. 1. 7.경 설립되어 금지금(金地金, 금괴・골드바 등 원재료 상태로서 순도가 1,000분의 995 이상인 금을 말한다) 등의 도・소매업을 영위하는 법인이다.

"나. 피고는 2010. 6. 1. 원고에 대하여 원고가 2005. 7. 19.부터 2006. 2. 9.까지 사이에 금지금 도매업체인 주식회사 BBBB(이하BBBB'라고 한다)로부터 금지금(이하이 사건 금지금'이라고 한다)을 매입하고 교부받은 합계 3,542,505,955원의 세금계산서 (이하이 사건 세금계산서'라고 한다)를사실과 다른 세금계산서'로 보아 구 부가가치세법 (2008. 12. 26. 법률 제9268호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제1의2호 등에 의하여 매입세액을 불공제하는 등으로 2005년 제2기분 부가가치세 354,428,520원, 2006년 제171분 부가가치세 235,773,970원 및 2005년 법인세 42,261,050원, 2006년 법인세 28,589,060원의 부과처분을 하였다(이하 통칭하여 '이 사건 처분'이라고 한다).",[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증, 을 1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고가 2005년도 제2기 및 2006년도 제1기에 BBBB로부터 이 사건 금지금을 매입하는 정상적인 거래를 하였음에도 불구하고, 피고는 이 사건 금지금 거래와 관련하여 원고가 교부받은 세금계산서를 '폭탄업체(금지금을 영세율 또는 면세로 매입하여 과세금으로 판매한 다음 단기간 내에 이익금을 전액 인출・은닉하고 폐업하는 방법으로 부가가치세를 포탈하는 업체)'인 주식회사 CCCC 또는 주식회사 DDDDD와 BBBB 등과의 공모 아래 사실과 다르게 작성된 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하는 등으로 이 사건 처분을 하였다.

(2) 피고의 주장

원고는 BBBB 및 폭탄업체 등과 공모하여 실제로는 금지금을 매입하지 아니하면서도 서류상으로만 매입한 것과 같은 외양을 갖추고 그 대금이 지급된 것과 같은 금융자료를 작출하였을 뿐이므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

"부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세의 과세대상으로서재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다 라고 규정하고 있는데, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 소정의 인도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용・소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하고, 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적・구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질 적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취 한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청 이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조).", "갑 5 내지 11호증, 갑 12호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 또는 영상, 을 5, 6호증 의 각 일부 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 원고는 해당 과세기간 동안 BBBB로부터 실제로 금지금을 인도받고 그 대금을 지급한 다음 이 사건 세금계산서를 교부받았던 것으로 보일 뿐이고, 그 당시 귀금속 업체들 사이에서는 영세율 또는 면세 제도를 악용하여 금지금을 수입한 후 이를 영세율 또는 면세로 여러 단계를 거쳐 유통 시키다가 이른바폭탄업체'에 이르러 과세금으로 전환시킨 다음 다시 여러 단계의 도매상을 거쳐 과세로 유통시키다가 수출하면서 수입업체는 금지금을 수입하면서 납부한 부가가치세를 환급받고 폭탄업체는 부가가치세를 납부하지 않으며 수출업체는 폭탄업체가 납부하지도 않은 부가가치세를 환급받는 형태의 이른바 '폭탄영업'이 만연하였던 점, 이 사건 금지금이 수입되어 원고가 이를 매입하기까지의 일련의 거래 단계에 폭탄 업체가 존재하였던 점(을 3호증의 1, 2 참조) 등 제반 사정만으로 피고의 주장과 같이 이 사건 금지금 거래가 세금계산서만을 발행하여 수수한 것이거나 폭탄영업을 실제 거래로 위장하기 위하여 금지금이 인도되고 대금이 지급되는 외관만을 취한 명목상의 거래로서 부가가치세의 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정하기는 어려우며, 달리 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 볼 만한 증거가 없다.",따라서 이 사건 금지금 거래가 가공 내지 위장거래로서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다(한편, 변론종결 당시 피고는 위 과세대상 거래 중 원고가 수출업체로서 금지금 거래에 관여한 사실이 있어 대법원 2011. 1. 20. 선고 2009두13474 판결에 따라 신의성실의 원칙 위반의 주장 이 가능한 거래분이 있는지 여부를 확인하여 필요한 경우 변론재개신청을 하기로 하였으나, 해당 과세기간 중에는 원고가 수출업체로서 금지금 거래에 관여한 사실이 없다 고 하면서 변론재개신청을 하지 아니하겠다고 알려 왔음을 밝혀둔다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.