2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 원고에 대하여, 2010. 2. 4.에 한 2004 사업연도 법인세 3,619,208,090원 부과처분 중 1,619,345,800원 부분 및 2010. 6. 3.에 한 2005 사업연도 법인세 3,595,950,670원 부과처분 중 1,099,027,580원 부분, 2006 사업연도 법인세 3,818,702,520원 부과처분 중 1,395,407,770원 부분, 2007 사업연도 법인세 5,117,568,270원 부과처분 중 1,594,522,470원 부분, 2008 사업연도 법인세 2,464,278,410원 부과처분 중 1,711,687,340원 부분을 각 취소한다.

가. 원고의 지위

1) 한★★★ 주식회사는 1966. 3. 25. 설립되어 1979. 2. 27. 주식회사 한독으로 상호를 변경하였고, 1996. 3.경 ★★★★★판매주식회사를 흡수합병하여 ★★★★★판매 주식회사로 상호를 변경하였으며, 이후 1997. 3. 4. 주식회사 ★★자판으로 상호를 변경하였고, 1999. 3. 20. ★★★★★판매 주식회사로 상호를 변경하였다.

2) ★★★★★판매 주식회사는 2011. 7. 29. 회생절차 개시신청을 하여 2011. 8. 10. ★★★★지방법원 2011회합105호로 회생절차 개시결정을 받고, 2011. 12. 9. 회생계획 인가결정을 받았으며, 위 회생계획에 따라 2011. 12. 10. ★★★사업부문과 건설사업부문을 별도로 분할하여 ★★★★★판매 주식회사, ★★산업개발 주식회사를 설립하였고, 분할 후 존속법인의 상호를 ★★★★개발 주식회사(이하 분할・합병 전 회사들까지 통칭하여 '★★★★개발'이라 한다)로 변경하였다.

3) 이후 ★★★★지방법원은 2014. 8. 7. 2014하합132호로 ★★★★개발에 대하여 파산을 선고하면서 원고를 ★★★★개발의 파산관재인으로 선임하였다.

나. ★★매립지 취득 및 사용

1) ★★★★개발은 1982. 11. 8., 1983. 4. 4., 1983. 5. 6. 건설부장관으로부터 관광위락시설 부지조성을 목적으로 공유수면매립면허를 받아 인천 ★★ 앞 해면을 매립하였고, 1989. 6. 30. 서울지방국토관리청장으로부터 공유수면매립공사 준공인가를 받아 인천 연수구 옥련동 620-4를 비롯한 별지 목록 기재 토지(이하 '★★매립지'라 한다)를 취득하였다.

2) ★★매립지는 1989. 11. 13. 인천직할시고시 제1588호로 구 도시계획법상 도시계획시설인 '유원지'로 결정・고시되었다.

3) 이후 ★★★★개발은 1993. 무렵부터 2008.경까지 별지 목록 기재 순번 7 내지 15 토지는 토지형질변경허가를 받아 ★★★ 하치장으로 사용하였고, 나머지 부분은 시민휴식공간으로 사용하거나, 나대지 상태로 있었다.다. 세무조사 및 과세전적부심사

1) 서울지방국세청장은 2009. 10. 29.부터 2010. 1. 29.까지 ★★★★개발에 대하여 2004 사업연도부터 2008 사업연도까지 법인세에 관한 세무조사를 실시하였다.

2) 그 세무조사결과 서울지방국세청장은 ★★매립지 전체를 업무무관자산으로 판단하고 2010. 2. 4. 세무조사결과를 ★★★★개발에 통지하였는데, ★★★★개발은 2010. 3. 5. 과세전적부심사를 청구하였고, 2010. 5. 14. ★★매립지 중 ★★★ 하치장으로 사용하는 부분에 대해서는 이를 업무용자산으로 인정받았다.

라. 법인세 부과처분

피고는 서울지방국세청장의 통보에 따라 ★★매립지 중 ★★★ 하치장을 제외한 나머지 부분(이하 '이 사건 토지'라 한다)을 업무무관자산으로 보아 원고에 대하여 2010. 2. 4. 2004 사업연도 법인세 3,619,208,090원을, 2010. 6. 3. 2005 사업연도 법인세 3,595,950,670원, 2006 사업연도 법인세 3,818,702,520원, 2007 사업연도 법인세 5,117,568,270원, 2008 사업연도 법인세 2,464,278,410원을 각 부과하였다(이하 '이 사건 각 부과처분'이라 한다).

마. 조세심판원의 재조사결정

1) ★★★★개발은 2010. 5. 3. 및 2010. 7. 29. 이 사건 각 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2013. 6. 13. 이 사건 토지가 업무무관 자산에 해당하는지 재조사하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정할 것을 명하는 결정(이하 '이 사건 재조사결정'이라 한다)을 하였다.

2) 이에 따라 피고는 ★★★★개발에 대한 재조사를 실시하고, 2013. 8. 26. 재조사결과 이 사건 각 부과처분이 적정하다는 취지의 결정을 하였고, ★★★★개발에게 이를 통지(이하 '이 사건 후속처분의 통지'라 한다)하였으며, 위 통지는 2013. 8. 29. ★★★★개발에게 송달되었다. 바. ★★★★개발의 재심판청구 및 기각결정 ★★★★개발은 2013. 9. 9. 조세심판원에 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하는 조세심판청구를 다시 신청하였는데(이하 '이 사건 재심판청구'라 한다), 조세심판원은 2014. 6. 5. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 제3호증의 1 내지 5, 제4호증, 을 제1호증의 1 내지 5, 제26, 27호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 관한 판단

가. 피고는 이 사건 소는 제소기간을 도과하여 부적법하다고 항변하므로 이에 관하여 본다.

이의신청 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다고 볼 수밖에 없다. 그렇다면 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의하여 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이므로, 재조사 결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소기간은 이의신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산된다고 봄이 상당하다(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 참조). 그리고 후속 처분의 통지를 받은 납세자가 곧바로 행정소송을 제기하지 아니한 채 다시 심사청구나 심판청구를 하였다고 하더라도, 이는 납세자가 임의로 거친 절차에 불과하므로 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산되는 제소기간의 진행을 방해하지 아니한다(대법원 2015. 1. 29. 선고 2014두12031 판결 참조).

앞서 인정한 사실관계를 앞서 본 법리와 관련 규정에 비추어 살펴보면, 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하는 행정소송의 제소기간은 이 사건 재조사결정에 따른 후속 처분인 이 사건 후속 처분의 통지를 받은 2013. 8. 29.부터 기산된다고 보아야 한다.

그리고 이 사건 재심판청구는 이 사건 각 부과처분에 대한 심판청구기간인 90일이 훨씬 지난 후에 원고가 임의로 다시 거친 절차에 불과할 뿐이어서 위 재조사결과의 통지를 받은 날부터 기산되는 제소기간의 진행에 영향을 주지 아니한다. 따라서 원고가 위 재조사결과의 통지를 받은 날부터 90일이 지난 후임이 명백한 2014. 9. 3. 비로소 제기한 이 사건 소는 제소기간을 경과하여 부적법하다.

나. 이에 대하여 원고는, 조세심판원이 이 사건 재조사결정통지시 '행정소송 등'을 제기할 수 있다고 안내하여 그 안내에 따라 행정소송 전에 먼저 이 사건 재심판청구를하게 된 것이고, 또한 피고는 과세예고 통지형식으로 이 사건 후속 처분의 통지를 하였는데, 그 통지서에 첨부된 권리구제 절차에 관한 안내문에 심판청구를 할 수 있다고 기재되어 있으므로 원고는 제소기간을 준수하지 못한 정당한 사유가 있고, 또는 과세예고 통지의 형식으로는 후속 처분의 통지를 할 수 없으므로 아직 후속 처분의 통지 자체가 없어 제소기간이 진행되지 않는다고 주장한다.

앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면, 조세심판원이 이 사건 재조사결 정통지시 '후속처분의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 행정소송 등을 제기할 수 있음'이라고 안내한 사실, 이후 피고가 과세예고 통지 형식의 문서로 이 사건 후속 처분의 통지를 하였으며 그 통지서에는 과세예고 통지에 따른 권리구제절차에 관한 안내문이 첨부되어 있었던 사실은 인정된다.

그런데 먼저 조세심판원이 위와 같이 '행정소송 등' 이라는 용어를 사용하면서 불복절차에 관하여 안내한 내용의 취지는 행정소송의 제소기간은 후속처분의 통지일로부터 90일 이내이며, 그 밖의 불복절차도 임의적으로 취할 수 있다는 것으로 이해될 뿐이고, 이러한 임의적 불복절차를 취한다고 해서 행정소송의 제소기간이 연장된다는 취지까지 내포하고 있다고는 할 수 없으므로 원고가 행정소송을 제기하지 아니하고 임의적으로 이 사건 재심판청구를 하는 것을 선택하였다고 해서 행정소송의 제소기간을 연장하는 효과가 있다고 할 수 없다.

다음으로 이 사건 후속 처분의 통지가 담당 공무원의 실수로 과세예고 통지의 형식을 취하였다고 하더라도 통지의 주문인 '과세예고 내용'란에는 '심판 결정에 따라 업무무관자산 여부 재조사한바 당초 조사결정은 적정한 것으로 판단됨'이라고 기재되어 있어 조세심판원의 재조사결정에 따른 후속 처분이라는 취지가 분명하게 드러나 있는 데다가 이에 대하여 원고가 재심판청구를 한 점에 비추어 원고가 그 내용을 과세예고통지로 오인하였다고 할 수 없고, 원고가 한 재심판청구는 그 통지에 첨부되어 있는 과세예 고통지에 대한 구제절차의 안내문에 따른 것도 아니므로 원고에게 제소기간을 준수하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 그리고 피고가 이와 같이 조세심판원의 재조사결정에 따른 후속 처분이라는 취지가 분명하게 담긴 통지서를 원고에게 송달하였고 원고도 그 통지서를 그와 같은 취지의 문서로 받아들였다고 볼 수 있는 이상 그 문서의 형식이 부적절하였다는 이유로 후속 처분의 통지가 없다고도 할 수 없다.

3. 결론

결국 원고의 이 사건 소는 부적법하다고 할 것이므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례