2. 피고가 원고에 대하여 한 2007. 6. 1.자 2004년 사업연도 법인세 7,292,693,639원의 부과처분 중 4,548,932,105원을 초과하는 부분과 2008. 8. 1.자 2005년 사업연도 법인세 1,619,106,293원의 부과처분 중 1,053,993,772원을 초과하는 부분과 2008. 5. 28.자 2005년 1기, 2005년 2기 및 2006년 2기 각 부가가치세 감액경정청구 거부처분을 각 취소한다.

3. 원고의 나머지 주위적 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 1/2는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

[예비적 청구취지] : 피고가 2008. 5. 28. 원고에 대하여 한 별지1 부과처분목록 기재 법인세 합계 4,519,528,990원 및 부가가치세 합계 472,526,140원의 감액경정거부처분을 모두 취소한다.

(원고는 2004년 사업연도 법인세의 경우에는 총부담세액을 기준으로, 2005년 사업연도 법인세와 2005년 1기, 2005년 2기 및 2006년 1기 각 부가가치세의 경우에는 실제로 원고에게 고지된 세액을 기준으로 하여 청구취지를 구성하고 있다)

가. 원고의 주식 취득 및 재고자산 처분

⒧ 원고는 1982. 2. 16. 설립되어 XX아울렛 매장을 운영하면서 의류・식품・시계・잡화의 제조판매업 그리고 부동산 분양 및 임대업 등의 사업을 영위하는 회사이다.

⑵ 원고는, ㉠ 2003년경부터 정리회사 주식회사 뉴OO의 관리인 강AA로부터 주식회사 뉴OO(이하 '뉴OO'라고만 한다)의 발행주식을 매입하기 시작하여 2005. 12.말 현재 뉴OO 발행주식의 74.9%를 보유하게 되었고, ㉡ 2005년경부터 주식회사 △△존(이하 '△△존'이라고만 한다)의 발행주식을 매입하기 시작하여 2005. 12.말 현재 △△존 발행주식의 11.7%를 보유하게 되었다.

⑶ 원고는 2005. 3. 31. 뉴OO에 장부가액 12,030,714,799원(이하 '이 사건 장부가액'이라 한다)의 재고자산(1999년부터 2005년도까지 생산된 것) 즉, 의류 및 생활용품 2,021,526점(이하 '이 사건 재고자산'이라 한다)을 10,253,120,648원(이하 '이 사건 매각대금'이라 한다)에 매각하였는데, 이 사건 매각대금은 주식회사 AA감정평가법인과 주식회사 BB감정평가법인(이하 '이 사건 감정평가법인들'이라 한다)이 원고로부터 감정의뢰를 받아 이 사건 재고자산을 평가한 금액(2005. 3. 31. 기준) 즉, 10,560,725,518원과 9,945,515,778원의 산술평균가액이다(을 11호증의 1, 2 참조).

나. 법인세 및 부가가치세 신고・납부경위

⒧ 법인세 신고・납부

㈎ 2004년 사업연도 법인세

원고는 2005. 3. 30. 2004년 사업연도 법인세 3,767,251,999원을 신고・납부하면서, 뉴OO 발행주식의 취득과 관련하여 자문비용의 명목으로 지출한 8,241,025,640원(이하 '이 사건 제1금원'이라 한다)을 손금에 산입하였다.

㈏ 2005년 사업연도 법인세

원고는 2006. 3. 31. 2005년 사업연도 법인세 10,870,791,819원을 신고ㆍ납부하면서, △△존 발행주식의 취득과 관련하여 지출한 비용 817,600,000원(이하 '이 사건 제2금원'이라 한다)과 이 사건 재고자산에 대한 매각대금 10,253,120,648원과 장부가액 12,030,714,799원과의 차액 1,777,594,151원(= 12,030,714,799원 - 10,253,120,648원)을 각 손금에 산입하였다.

⑵ 부가가치세 신고・납부

원고는 2005년 1기, 2005년 2기 및 2006년 1기 각 부가가치세를 신고・납부하면서, 순서대로 1,197,529,947원, 350,186,955원, 131,346,570원[합계 1,679,463,472원(= 이 사건 제2금원 + 법률용역비 861,463,472원)]을 △△존 발행주식의 취득비용으로 보아 각각 매입세액으로 공제하였다(을 3호증의 1, 2, 3 참조).

다. 증액경정 및 제1차 심판청구(갑 6호증 참조)

⒧ 서울지방국세청은 2006. 6. 12.부터 2006. 11. 7.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였다.

⑵ 피고는 위 세무조사결과를 토대로 2007. 1. 3. 아래 [표1] '경정이유'란 기재와 같은 이유를 들어 원고에 대하여 아래 [표2] 기개와 같이 2004년, 2005년 각 사업연도 법인세 및 2005년 1기, 2005년 2기 및 2006년 1기 각 부가가치세에 대한 증액경정결정을 하고 이를 고지하였다. 원고는 이와 같이 고지된 세액을 모두 납부하였다.

(아래 [표1], [표2] 내용 생략)

⑵ 원고는 2007. 4. 13. 위 ⒧항의 증액경정처분 중 ㉠ 2004년도 법인세와 관련하여서는 위 ㉮, ①, ②항의 경정이유가, ㉡ 2005년 법인세와 관련하여서는 위 ㉯, ㉰, ①, ②, ③항의 경정이유가, ㉢ 2005년 1기 부가가치세와 관련하여서는 위 ㉱, ㉲항의 경정이유가, ㉣ 2005년 2기와 2006년 2기 부가가치세와 관련하여서는 위 ㉱항의 경정이유가 각 부당하다고 주장하면서 조세심판원에 위 각 법인세 및 부가가치세 증액경정처분의 취소를 구하는 심판청구(조심 2007서1844, 이하 '제1차 심판청구'라 한다)를 제기하였다가, 2007. 5. 18. 위 ㉮, ㉯, ㉰, ㉱, ㉲항의 경정이유에 대한 부분을 취하한다는 내용의 '불복청구(심판청구) 일부 취하서(갑 2호증, 을 5호증)'를 제출하였다.

⑶ 2004년 사업년도 법인세와 관련하여, 원고가 2005. 3. 30. 신고・납부한 이후부터 아래 조세심판원의 결정이 있기 전까지의 피고의 경정내역을 정리하면 아래 [표3] 기재와 같다[을 1호증의 1, 2, 을 12호증의 1, 2, 3 참조, 결국, 2004년 사업연도 법인세와 관련하여서는 2007. 6. 1.자 7,447,424,329원의 부과처분만 남게 되었다].

(아래 [표3] 내용 생략)

⑷ 2005년 사업년도 법인세와 관련하여, 원고가 2006. 3. 1. 신고・납부한 이후부터 아래 조세심판원의 결정이 있기 전까지의 피고의 경정내역을 정리하면 아래 [표4] 기재와 같다(을 14호증의 1, 2 참조).

(아래 [표4] 내용 생략)

⑸ 조세심판원은 2010. 2. 4. 위 ②, ③항의 경정이유가 부당하다는 원고의 주장은 받아들이는 반면에 위 ①항의 경정이유가 부당하다는 원고의 주장은 배척하는 내용의 결정을 하였다.

⑹ 피고는 2010. 2.경 조세심판원의 위 ⑸항 결정취지에 맞추어 아래 [표5] 기재와 같이 2004년 및 2005년 각 사업연도 법인세를 감액경정하였다(갑 7호증의 1, 2, 을 14호증의 4 참조).

(아래 [표5] 내용 생략)

라. 제2차 심판청구

⒧ 원고는 2008. 3. 31. 피고에게 위 ㉮, ㉯, ㉰, ㉱, ㉲항의 경정이유가 부당하다고 주장하면서 2004년, 2005년 각 사업연도 법인세 및 2005년 1기, 2005년 2기, 2006년 1기 각 부가가치세에 대한 감액경정청구(이하 '이 사건 감액경정청구'라 한다)를 하였으나(을 6호증 참조), 피고는 2008. 5. 28. 원고가 주장하는 사유들은 국세기본법 제45조의2에서 규정한 경정청구사유가 아니라는 이유로 이 사건 감액경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 감액경정거부처분'이라 한다. 을 7호증 참조).

⑵ 원고는 2008. 8. 20. 조세심판원에 이 사건 감액경정거부처분의 취소를 구하는 심판청구(조심 2008서3270, 이하 '제2차 심판청구'라 한다)를 하였으나(을 8호증 참조), 조세심판원은 2008. 11. 28. 위 심판청구를 각하하였다(갑 5호증, 을 9호증 참조).

인정근거다툼 없는 사실, 갑 1~7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 1~14호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안 전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

원고가 주위적으로 위 법인세 및 부가가치세 각 증액경정처분의 취소를 구하고, 예비적으로 이 사건 감액경정거부처분의 취소를 구함에 대하여 피고는 아래와 같이 본안 전 항변을 한다.

⒧ 주위적 청구 부분에 대하여

원고는 2007. 4. 13. 위 ㉮, ㉯, ㉰, ㉱, ㉲항의 경정이유가 부당하다면서 제1차 심판청구를 제기하였다가 2007. 5. 18. 이 부분의 심판청구를 취하하였는바, 2009. 2. 5. 제기된 이 사건 소 중 주위적 청구 부분은 전심절차를 거치지 아니하고 제기된 것일 뿐만 아니라 제소기간이 경과한 후에 제기된 것이므로 부적법하다.

⑵ 예비적 청구 부분에 대하여

원고가 이 사건 감액경정청구를 하면서 주장한 사유 즉, 위 ㉮, ㉯, ㉰, ㉱, ㉲항의 경정이유가 부당하다는 것은 국세기본법상의 정해진 경정청구사유가 될 수 없으므로, 결국 이 사건 감액경정거부처분은 처분성이 없다고 할 것이어서 이 사건 소 중 예비적 청구 부분은 부적법하다.

나. 판단

⒧ 주위적 청구 부분에 대하여

㈎ 주위적으로 2005년 1기, 2005년 2기 및 2006년 2기 각 부가가치세 증액경정처분의 취소를 구하는 청구 부분

원고는 2007. 1. 3.자 2005년 1기, 2005년 2기 및 2006년 1기 각 부가가치세 증액경정처분을 받고 2007. 4. 13. 위 ㉱, ㉲항의 경정이유가 부당하고 주장하면서 위 각 부가가치세 증액경정처분의 취소를 구하는 제1차 심판청구를 하였다가, 위 ㉱, ㉲항의 경정이유에 대한 부분을 취하한다는 내용이 담긴 '불복청구(심판청구) 일부 취하서'를 제출한 사실은 앞서 본 바와 같은바, 원고가 위 ㉱, ㉲항의 경정이유 이외에 다른 이유를 들어 위 각 부가가치세 증액경정처분을 다투었다고 볼 만한 아무런 자료가 없는 이상, 원고는 위 각 부가가치세 증액경정처분에 대한 취소를 구하는 심판청구 자체를 취하하였다고 할 것이고, 그렇다면, 원고는 위 각 부가가치세 증액경정처분에 대한 전심절차를 거치지 아니하고 위 각 부가가치세 증액경정처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기한 것이므로, 이 부분 소는 부적법하다. 피고의 이 부분 주장은 이유 있다.

㈏ 주위적으로 2004년, 2005년 각 사업연도 법인세 증액경정처분의 취소를 구하는 청구 부분에 대하여

과세처분취소송에서의 소송물은 과세관청의 처분에 의하여 인정된 전체로서의 과세표준 및 세액의 객관적 존부라 할 것이므로, 과세처분의 상대방이 당해 과세처분의 취소를 구하면서 과세표준 및 세액의 산정을 위한 여러 항목에 대한 위법 여부를 주장하는 것은 그 심판청구를 이유 있게 하는 공격・방어방법에 불과하다.

이러한 관점에 비추어 볼 때, 원고가 위 ㉮, ㉯, ㉰, ①, ②, ③항의 경정이유가 부당하다고 주장하는 것은 2004년, 2005년 각 사업연도 법인세 증액경정처분의 위법함을 관철시키기 위한 각각의 공격・방어방법에 불과하므로, 원고가 제출한 '불복청구(심판청구) 일부 취하서'는 원고가 그 중 위 ㉮, ㉯, ㉰항의 경정이유가 부당하다는 주장을 철회한 것에 불과하다고 봄이 상당하다.

반면에, 원고가 2007. 4. 13. 조세심판원에 위 각 법인세 증액경정처분의 취소를 구하는 제1차 심판청구를 하였고, 조세심판원이 2010. 2. 4. 일부인용의 결정을 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고가 조세심판원의 위 결정이 있긴 전인 2009. 2. 25. 위 각 법인세 증액경정처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기한 사실은 기록상 명백한바, 원고는 적법하게 전심절차를 이행하였고, 제소기간도 준수하였다고 할 것이다.

따라서 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

⑵ 예비적 청구 부분에 대하여

㈎ 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 후 증액경정처분이 있었는데 경정 후의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과하는 경우에는 그 증액경정처분에 대한 불복청구기간이 경과하였는지 여부와 상관없이 법정기한 내에 감액경정청구를 할 수 있다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두10792 판결 참조). 그런데, 원고가 이 사건 증액경정처분이 있은 후 법정기한 내인 2008. 3. 31. 이 사건 감액경정청구를 한 사실은 앞서 본 바와 같다. 따라서, 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

설령, 위 ㉮, ㉯, ㉰, ㉱, ㉲항의 경정이유가 부당하다는 주장이 국세기본법 제45조의2에서 규정한 경정청구사유가 될 수 없다고 하더라도, 그러한 사정만으로 이 사건 거부처분의 처분성이 부정될 수는 없다(거부처분이 적법하다는 사유가 될 뿐이다).

㈏ 다만, 직권으로 이 사건 소 중 예비적으로 2004년, 2005년 각 사업연도 법인세의 감액경정청구에 대한 거부처분의 취소를 구하는 청구 부분에 관하여 본다.

과세처분취소송에서의 소송물은 과세관청의 처분에 의하여 인정된 전체로서의 과세표준 및 세액의 객관적 존부라 할 것이다. 한편, 납세자가 감액경정청구 거부처분에 대한 취소소송을 제기한 후 증액경정처분이 이루어져서 그 증액경정처분에 대하여도 취소소송을 제기한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 동일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복과 판단의 저촉을 피하기 위하여 감액경정청구 거부처분의 취소를 구하는 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다(대법원 2005. 10. 14. 선고 2004두8972 판결 참조).

위 법리에 비추어 보건대, 2004년, 2005년 각 사업연도 법인세 증액경정처분의 취소를 구하는 청구 부분의 소가 적법하게 제기되었다는 점은 앞서 본 바와 같고, 원고가 주장하는 위 법인세 증액경정처분의 취소사유와 이 사건 감액경정거부처분의 취소를 구하면서 주장하는 사유가 겹치며, 피고가 이 사건 감액경정청구에 대하여는 본안판단에 나아가지 아니한 채 그 전부를 거부하였고, 원고가 위 법인세 증액경정처분의 취소를 구하면서는 위 ㉮, ㉯, ㉰, ①항의 경정이유가 부당하다고 주장하고, 이 사건 감액경정청구를 하면서는 그 중 위 ㉮, ㉯, ㉰항의 경정이유만을 부당하다고 주장하고 있는 이상, 이 사건 소 중 예비적으로 이 사건 감액경정거부처분의 취소를 구하는 청구 부분은 부적법하다.

3. 2004년 및 2005년 각 사업연도 법인세 증액경정처분의 적법여부

가. 당사자들의 주장

⒧ 2004년 사업연도 법인세와 관련하여

○ 피고 : ① 이 사건 제1금원은 원고가 뉴OO의 채권자 등으로부터 정리절차인가에 대한 동의를 구하는 과정에서 채권자 등의 손실을 보전해주기 위하여 이면계약을 통하여 지출한 비용으로 이를 당기비용으로 볼 수 없고, 주식의 취득원가에 가산되어야 한다. ② 특정매입거래는 구매상품에 대한 가격결정 권한, 판매인력의 제공, 재고 및 반품상품 등에 대하여 원고의 부담이 없으므로 명목상으로는 외상매입의 형태를 취하고 있으나, 실질은 수수료 매장과 동일하고 매출액을 원고가 관리하는 것은 수수료를 징수하기 위한 것으로 원고가 동 매출금액을 납품업자에게 지급하는 것은 구매대금을 결제하는 것이 아니라 실매출자에게 돌려주는 것에 불과하므로, 원고가 특정매입거래에 대하여 입점업체에게 결제한 구매대금은 어음제도개선을 위한 세액공제 대상이 아니다.

○ 원고 : ① 이 사건 제1금원은 뉴OO주식을 취득하는 방법으로 뉴OO의 경영권을 인수하는 과정에서 들인 자문비용으로 손금에 산입되어야 한다. ② 조세특례제한법 제7조의2 제3항에서는 구매대금을 '재화의 공급'에 대한 대가이면 재화의 공급을 받는 매매거래의 성격에 제한을 두고 있지 아니하므로 원고와 XX아웃렛 납품업자 사이의 특정매입거래와 관련하여서도 어음제도개선을 위한 세액공제 대상으로서 세액공제되어야 한다.

⑵ 2005년 사업연도 법인세와 관련하여

○ 피고 : ① 이 사건 제2금원은 원고가 주식회사 □□아이비와 조BB에게 주식매수실적에 따라 성과금 형식으로 지급한 것으로 주식의 취득과 관련한 부대비용에 해당하여 주식의 취득원가에 가산되어야 한다. ② 이 사건 재고자산 중 의류의 장부가액에서 40%를 감액한 금액과 생활용품의 장부가액의 합산액이 이 사건 매각대금과 일치하는 것으로 보아 이 사건 매각대금은 합리적 근거 없이 임의로 저가로 평가된 것이다.

○ 원고 : ① 이 사건 제2금원은 △△존주식을 취득하는 방법으로 경영권을 인수하는 과정에서 들인 자문비용으로 손금에 산입되어야 한다. ② 이 사건 매각대금은 이 사건 감정평가법인들이 관계법령에 따라 적법하게 평가한 금액이다.

나. 관계법령

별지2 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

⒧ 이 사건 제1, 2금원이 주식의 취득원가에 포함되어야 하는지 여부(위 ㉮, ㉯항의 경정이유 관련)

㈎ 인정사실

1) 이 사건 제1금원의 지출 경위

가) 원고는 2003. 1. 10. ▽▽엘파트너스 주식회사와 사이에, 2003. 8. 22. ◇◇아이브 주식회사와 사이에, 2003. 11. 20. ●●구조조정전문 주식회사와 사이에 각 '원고가 M&A;를 추진함에 있어 위 각 회사에 인수대상회사선정 등에 대한 자문을 구하면, 위 각 회사는 적정한 인수대상회사를 선정하고 대상회사에 대한 분석, 평가, 투자방법 등 인수와 관련한 전반적인 사항에 대한 자문을 제공한다'는 내용의 각 용역계약을 체결하였고, 위 회사들로부터 자문을 제공받은 무렵인 2004. 6. 28. 위 회사들에게 자문료로 순서대로 1,775,000,000원, 925,000,000원, 500,000,000원을 각 지급하였다.

나) 원고는 2003. 2. 17. ▽▽엘파트너스 주식회사와 사이에 '원고가 XX시 XX동 00 토지 및 그 지상 건축물을 인수함에 있어 ▽▽엘파트너스에 위 인수대상 부동산의 인수와 관련한 자문을 구하면, ▽▽엘파트너스는 인수 구조를 제안하고, 인수대상 부동산에 대한 평가 및 분석업무를 수행하는 등의 자문을 제공한다'는 내용의 용역계약을 체결하고, ▽▽엘파트너스로부터 자문을 제공받은 무렵인 2004. 6. 28. 1,000,000,000원을 지급하였다.

다) 원고는 2004. 1. 4. 박CC와 사이에 '박CC는 원고가 M&A;를 통한 기업 확장 및 관련 이해관계자 사이의 원활한 의사소통과 기업인수 후의 조속한 정상화에 대한 필요한 정보제공 등 경영전반에 관한 조언을 제공하고, 이를 위하여 박CC를 2004. 5. 31.까지 고문으로 위촉한다'는 내용의 자문계약을 체결하였고, 2004. 8. 16. 박CC에게 자문료로 641,025,640원을 지급하였다.

라) 원고는 2004. 3. 2. ■■증권 주식회사와 사이에 '원고는 자신이 소유하고 있거나 지정하는 부동산을 갑이 임차하는 것을 조건으로 하여 위 부동산을 매입할 수 있는 전략적 제휴 투자자를 유치하기 위한 자문을 ■■증권에게 의뢰하고, ■■증권은 위 부동산에 대한 투자 구조 제안, 투자자 기준 및 투자 조건 제안, 기타 부수하는 업무 등을 처리한다'는 내용의 용역계약을 체결하였고, 2004. 3. 31. ■■증권에게 그 자문료로 3,400,000,000원을 지급하였다.

2) 이 사건 제2금원의 지출 경위

가) 원고는, ㉠ 2005. 1.경 조BB(상호: YY)과 사이에 아래와 같은 내용의 용역계약을 체결하고, ㉡ 2005. 4. 30. 100,000,000원을, 2005. 5. 16. 90,000,000원을, 2005. 5. 31. 100,000,000원을, 2005. 6. 30. 100,000,000원을, 2005. 7. 31. 100,000,000원을 각 조BB에게 지급하였다.

(아래 용역계약 내용 생략)

나) 원고는, ㉠ 2005. 3. 9. 주식회사 □□아이비와 사이에 아래와 같은 내용의 용역계약을 체결하고, ㉡ 2005. 3. 8. 20,000,000원을, 2005. 4. 6. 307,600,000원을 각 위 회사에 수수료로 지급하였다.

인정근거을 3호증의 1, 2, 3, 갑 8호증의 1~6, 을 9호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

㈏ 법리

법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제41조 제1항에서는 "내국법인이 매입・제작・교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다."라고 하면서, 제1호에서 "타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액"이라고 규정하고, 제2항에서는 "제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다."라고 규정하고 있고, 이에 따른 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제72조 제1항 제1호에서는 "타인으로부터 매입한 자산：매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액"이라고 규정하고 있으며, 한편, 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제43조에서는 "내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산・부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정・타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다."라고 규정하고 있고, 기업회계기준서 제8호 유가증권(2002. 1. 25.부터 적용된 것) 문단 4의 ㈒에서 취득부대비용은 "유가증권의 대가 이외에 취득과 직접적으로 관련하여 추가적으로 발생하는 비용을 말한다. 여기에는 대리인 또는 중개인에게 지급하는 수수료와 증권거래소의 거래수수료 및 세금을 포함하며, 금융비용과 보유에 따른 비용은 제외한다."고 정하고, 문단 17에서 유가증권의 취득원가는 "유가증권 취득을 위하여 제공한 대가의 시장가격에 취득부대비용을 포함한 가액으로 측정한다."라고 정하고 있는바, 위 규정의 형식 및 내용에 비추어 볼 때, 유가증권의 취득가액에 포함되는 부대비용은 당해 유가증권의 취득에 직접적으로 관련되는 비용에 한정된다고 할 것이다.

㈐ 이 사건 제1금원의 경우

위 법리와 위 인정사실과 변론 과정에서 드러난 제반사정에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 피고가 이 사건 제1금원이 뉴OO주식의 취득원가에 포함되어야 한다고 본 것은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

○ 원고가 ▽▽엘파트너스 주식회사 등과 사이에 체결한 용역계약은 경영권 인수 전반에 관한 사항에 대하여 자문을 제공받기 위한 것으로 단순히 뉴OO주식의 매입을 위한 중개만을 위한 것이 아니다.

○ 이 사건 제1금원이 피고의 주장대로 뉴OO에 대한 정리계획인가를 얻기 위하여 뉴OO의 채권자들과 사이의 이면계약을 통해 지급한 비용이라고 하더라도, 이는 뉴OO에 대한 회사정리절차가 마무리되어 원고가 계획한 M&A;를 조기에 성사시키기 위한 것으로, 그 비용을 뉴OO주식의 취득과 직접적인 관련을 가진 부대비용으로 평가하기는 어렵다.

○ 피고는 원고가 주식회사 △△존의 경영권을 인수하기 위하여 지출한 법무용역비 등 861,463,472원을 당기비용으로 손금에 산입한 것을 인정하기도 하였다.

㈑ 이 사건 제2금원의 경우

위 인정사실과 변론과정에서 드러난 제반사정에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 제2금원은 원고가 △△존주식을 매입하는 과정에서 중개수수료로 지급한 것으로 봄이 상당한바, 피고가 이 사건 제2금원을 주식의 취득원가에 가산하고, 손금에 산입하지 아니한 것은 적법하다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

○ 원고가 주식회사 □□아이비와 조BB에게 지급할 용역수수료는 △△존주식의 매입량에 따라 결정된다.

○ 주식회사 □□아이비 또는 조BB이 △△존주식의 매입을 중개한 것 외에 다른 자문을 하였다고 볼 만한 아무런 자료가 없다.

○ 원고는 서울지방국세청이 실시한 세무조사기간 내인 2006. 10. 23. 담당공무원에게 이 사건 제2금원이 △△존주식의 매입관련 비용이라는 점을 인정하는 내용의 확인서(을 3호증의 3)을 제출하였고, 위 확인서가 원고의 하자 있는 의사에 기하여 작성되었다고 볼 만한 아무런 자료가 없다.

⑵ 이 사건 매각대금이 적정한지 여부(위 ㉰항의 경정이유 관련)

㈎ 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항에서는 "납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다."라고 규정하고, 제2항에서는 "제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율・이자율・임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다."라고 규정하고, 법인세법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항에서는 "법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다."고 하면서, 제1호에서 "「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다."라고 규정하고 있는바, 위 규정의 형식과 내용에 비추어 볼 때, 특수관계자간의 거래라고 하더라도 그 거래가 거래 목적물의 시가가 불분명하여 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률 등에 의한 감정평가법인의 감정결과에 기초하여 이루어졌다는 그 감정평가가 사회통념상 현저히 부당하게 이루어졌다는 등의 특별한 사정이 없는 한 이를 부당행위계산에 해당한다고 보기 어렵다.

㈏ 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실과 을11호증의 1, 2의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ㉠ 이 사건 재고자산의 대부분은 1995년부터 2004년도까지 사이에 생산된 제품으로 시장에서 본래의 판매가격으로는 판매가 어려울 것이라는 점을 능히 예상할 수 있는바, 그 적정 시가를 산정키 어려울 뿐만 아니라 판매한다고 하더라도 종전과 같은 이익을 얻기 힘들 것으로 보이는 점, ㉡ 이 사건 감정평가법인들은 2005년 1월부터 3월까지 사이에 생산된 제품에 대하여는 장부가액대로 인정하였는바, 위 기간 동안 생산된 제품은 신상품으로 이를 장부가액대로 인정한 것에 잘못이 있다고 보기 어려운 점, ㉢ 이 사건 감정평가법인들은 이 사건 재고자산의 생산연도, 유행과 형식, 관리 및 보관상태 등을 고려하고 매출원가, 대리점 납품가격 및 판매가격 등 시장에서 실현가능한 가격을 기준으로 평가하는 등 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률 및 감정평가에 관한 규칙 등 관계법령에 의거하여 이 사건 재고자산을 평가한 것으로 보이고, 달리 이 사건 감정평가가액이 사회통념상 현저히 부당하게 이루어 졌다고 볼 만한 자료가 없는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 매각대금은 적정하게 산출된 것으로 봄이 상당한바, 이와 다른 전제에서 한 피고의 부당행위계산부인은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

⑶ 원고의 특정매입거래에 대하여도 세액공제를 하여야 하는지 여부(위 ①항의 경정이유 관련)

조세특례제한법 제7조의2 제3항에서는 "제1항과 제2항에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다."고 하면서, 제1호에서 구매대금을 "구매기업이 그 기업의 사업 목적에 맞는 경상적 영업활동과 관련하여 판매기업으로부터 재화를 공급받거나 용역을 제공받고 그 대가로 지급하는 금액"이라고 정의하고 있다. 한편, 계약 내지 법률상의 원인에 의한 '재화의 공급'을 직접적인 과세요건으로 하는 부가가치세를 규율하는 부가가치세법 제6조 제5항 본문에서는 "위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다."라고 규정하고 있고, '특정매입거래'에 대하여 규정한 대규모소매점업에 있어서의 특정불공정거래행위의 유형 및 기준(공정거래위원회 고시 제2001-9호) 제2조 제7항에서는 특정매입거래를 '대규모소매점업자가 납품업자로부터 상품을 수탁하여 판매하고 재고품은 반품하는 거래형태'라고 정의하고 있다.

원고가 XX아울렛의 납품업체와 사이에 '특정매입거래 계약서(을 13호증의 4 참조)'를 이용하여 체결한 계약의 법적 성격에 관하여 보건대, 을 13호증의 1~7의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ㉠ 납품업자는 원고의 XX아울렛 매장에 판매직원을 파견하여야 하고, 그 판매직원이 판매업무를 전적으로 담당하고 있는 점, ㉡ 원고는 납품업자로부터 받은 제품을 소비자에게 판매하면 그 때 비로소 납품업자가 원고에게 납품한 것으로 인식하고 소비자로부터 받은 판대대금에서 약정 수수료를 공제한 금액을 납품업자에게 지급하는 점, ㉢ 소비자에게 판매된 제품에 이상이 있는 등의 이유로 원고가 손해를 보게 된 경우 그 종국적인 책임을 납품업체가 부담하게 되는 점 등에 비추어 볼 때, 위 특정매입거래 계약서에 따른 계약은 그 실질이 위탁매매와 다르지 않아 원고는 수탁자에 불과하다고 봄이 상당한바, 납품업자가 위탁자로서 직접 소비자에게 재화를 공급하였다고 볼 것이어서, 원고가 납품업자에게 지급한 대금을 조세특례제한법 제7조의2 제3항 제1호에서 규정한 '구매대금'이라고 볼 수 없다.

따라서, 이와 같은 취지의 위 ①항의 경정이유는 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

⑷ 소결론

㈎ 위 ㉮항의 경정이유가 위법함을 전제로 하여, 2004년 사업연도 법인세의 정당 세액을 산출하면 별지3 법인세결의서 기재와 같이 4,548,932,105원이므로, 피고의 원고에 대한 2007. 6. 1.자 2004년 법인세 7,292,693,639원 중 4,548,932,105원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

㈏ 위 ㉰항의 경정이유가 위법함을 전제로 하여, 2005년 사업연도 법인세의 정당한 고지세액을 산출하면 별지4 법인세결의서 기재와 같이 1,053,993,772원이므로, 피고의 원고에 대한 2008. 8. 1.자 2005년 사업연도 법인세 1,619,106,293원 중 1,053,993,772원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 2005년 1기, 2005년 2기, 2006년 1기 각 부가가치세 감액경정청구에 대한 거부처분의 적법여부

가. 당사자들의 주장

○ 피고 : 이 사건 법무용역비와 제2금원에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 매출세액에서 공제되지 아니하는 것으로 규정한 '면세재화를 공급하는 사업에 관련된 매입세액'에 해당한다(피고의 주장이 명백하지는 아니하나, 피고가 부가가치세법 제17조 제2항 제4호를 들고 있는 것으로 보아 이와 같이 본다).

○ 원고 : ① 원고가 위 △△존주식을 차후에 양도하더라도 부가가치세를 납부할 의무가 없는 것은 주식이 부가가치세법 제12조 제1항 각 호에서 규정하는 면세재화에 해당하기 때문이 아니라 '회사가 공급하는 재화' 자체가 아니기 때문이다. 게다가 원고가 이 사건 법무용역비와 제2금원이 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액을 제한적・열거적으로 규정한 부가가치세법 제17조 제2항 각 호 어디에도 해당하지 아니하는 이상, 매출세액에서 공제되어야 한다. ② 이 사건 매각대금은 이 사건 감정평가법인들이 관계법령에 따라 적법하게 산정한 금액으로 이와 다른 전제에 선 위 ㉲항의 경정이유는 위법하다.

나. 관계법령

별지2 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

⒧ 위 ㉱항의 경정이유가 적법한지 여부

부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항은 "다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다."고 하면서, 제4호에서 "부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액"을 규정하고 있다. 그런데, 원고가 취득한 위 △△존주식이 위 부가가치세법 제12조 제2항 각 호에서 규정한 면세재화에 해당하지 않을 뿐만 아니라 원고가 주식을 공급하는 사업을 하는 회사도 아니다. 따라서, 이 사건 법무용역비와 제2금원에 대한 매입세액이 위 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에 해당한다고 본 위 ㉱항의 경정이유는 위법하다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

⑵ 위 ㉲항의 경정이유가 적법한지 여부

이 사건 매각대금이 적정하게 산정되었다는 점은 앞서 본 바와 같은바, 이와 다른 전제에선 위 ㉲항의 경정이유는 위법하고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

⑶ 소결론

이 사건 경정거부처분은 위법하다. 다만, 위 ㉱, ㉲항의 각 경정이유가 위법함을 전제로 하여, 2005년 1기, 2005년 2기 및 2006년 2기 각 부가가치세의 정당 고지세액을 산출하면, 별지5, 6, 7 각 부가가치세결의서 기재와 같이, 2005년 1기 부가가치세의 경우는 80,613,222원, 2005년 2기 부가가치세의 경우는 76,680,936원, 2006년 1기 부가가치세의 경우는 22,622,654원으로, 원고가 주장하는 정당 고지세액보다 적다[취소되어야 할 세액의 범위가 원고가 주장하는 별지1 부과처분목록 '취소를 구하는 세액(원)'란 또는 '경정거부세액(원)'란 기재 각 금액보다 많다는 뜻이기도 하다]. 그러나 이 법원은 처분권주의에 따라 원고가 구하는 범위를 초과하여 취소를 명할 수 없으므로, 원고가 구하는 한도에서 이를 취소한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

5. 결론

가. 이 사건 소 중 주위적으로 2005년 1기, 2005년 2기 및 2006년 1기 각 부가가치세 증액경정처분의 취소를 구하는 청구 부분과 예비적으로 2004년 및 2005년 각 사업연도 법인세 감액경정청구에 대한 거부처분의 취소를 구하는 청구 부분은 모두 부적법하여 이를 각하한다.

나. 원고의 주위적 청구 중 2004년 및 2005년 각 사업연도 법인세 증액경정처분의 취소를 구하는 부분은 위 인정 범위 내에서만 일부 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

다. 원고의 예비적 청구 중 2005년 1기, 2005년 2기 및 2006년 1기 각 부가가치세 감액경정청구에 대한 거부처분의 취소를 구하는 부분은 모두 이유 있으므로 이를 인용한다.