가. 원고는 국내ㆍ외 여행알선, 국제회의 용역서비스, 드라마 및 영상 콘텐츠 제작 등을 영위하는 상장법인으로, 2008. 6. 30. 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다)를 흡수합병하였다.

나. 한편 B는 여행대리점업 등을 영위하는 비상장법인으로, 2007. 10. 25. 국내ㆍ외 일반 여행업 등을 영위하던 비상장법인인 주식회사 C(이하 ‘C’라 한다)를 흡수합병하고 같은 날 합병등기를 마쳤다

(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다). 다.

B는 이 사건 합병 당시 미래에 기대되는 현금흐름을 일정한 할인율로 할인하여 주식가치를 산정하는 현금흐름할인법(Discounted Cash Flow, 이하 ‘DCF법’이라 한다)에 따라 B 및 C의 1주당 주식가치를 산정하여 합병비율을 결정하고, 이에 따라 합병기일 현재 C의 보통주 1주당 B의 보통주 0.015465주, 총 4,750주를 교부하였다. 라.

B가 이 사건 합병을 통해 C로부터 승계한 순자산의 장부가액은 4,800만 원, 공정가액은 약 15억 2,600만 원이었고, B가 C의 주주들에게 합병대가로 교부한 합병신주의 가액은 95억 원이었는데, B는 C의 순자산을 공정가액으로 승계하면서 순자산 약 15억 2,600만 원과 합병신주의 발행가액인 95억 원의 차액인 약 79억 7,400만 원을 영업권(이하 ‘이 사건 영업권’이라 한다)으로 회계장부에 계상하는 등 다음과 같이 회계처리를 하였다.

(단위 : 백만 원) 차변 금액 대변 금액 자산 3,636 부채 3,609 영업권 7,974 자본금 48 이연법인세자산 1,499 주식발행초과금 9,452

마. B는 이 사건 영업권이 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제24조 제4항에서 정한 감가상각자산에 해당하지 않는 것으로 보아 영업권으로 계상한 금액을 익금산입과 동시에...

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