2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 주택건설업을 목적으로 설립되어 2005. 2. 7. 휴업신고 후 휴면법인 상태 로 있던 주식회사 BBBBB를 2005. 10. 5. 인수하여 대표이사로 취임한 후 법인명을 주식회사 AAAA(이하 '소외 법인'이라 한다)로 변경하고 2008. 5. 8. 폐업시까지 금지금(金地金, 금괴 ・ 골드바 등 원재료 상태로서 순도가 1000분의 995 이상인 금을 말 한다) 도매업을 하였다.

"나. 소외 법인은 2005년 2기분 내지 2007년 1기분 각 부가가치세 및 2005 내지 2007 사업연도 귀속 각 법인세를 신고하면서, 주식회사 CCCCC, 주식회사 DDDD, 주식회사 FFFFF, 주식회사 GGGGG, 주식회사 HHHHHH 등(이하이 사건 매입처'라 한다)으로부터 수취한 공급가액 합계 56,619,337,000원의 매입세금계산서의 매입세액을 공제하고 매입액을 소외 법인의 손금에 산입하였다.",다. 서울지방국세청장은 소외 법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 소외 법인이 2005년 2기 과세기간부터 2007년 1기 과세기간까지 공급가액 합계 52,370,420,000원에 상당하는 출처를 알 수 없는 이른바 '뒷금'(밀수되거나 사업자가 아닌 개인에게 산금으로 무자료로 거래되는 금을 의미한다)을 매입한 후 해당 거래가 정상적인 거래인 것처럼 가장하기 위하여 자료상인 이 사건 매입처로부터 세금계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르게 기재된 '사실과 다른 세금계산서'를 수취한 것으로 보아, 소외 법인이 2005년 2기 과세기간부터 2007년 1기 과세기간까지 수취한 세금계산서 중 사실과 다른 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 하고, 이 사건 세금계산서에 따른 매입거래를 '이 사건 거래'라 한다)와 관련한 매입세액을 불공제하고 소외 법인에게 증빙 미수취 가산세를 부과할 것을 피고에게 통보하는 한편, 원고가 소외 법인의 발행주식 100%를 소유한 과점주주로서 그 의결권을 실질적으로 행사하여 소외 법인의 경영을 지배한 것으로 보아 원고를 소외 법인의 제2차 납세의무자로 지정하여 원고의 재산에 대하여 국세확정 전 보전압류를 할 것을 피고에게 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는 2008. 5. 2. 소외 법인에 대하여 이 사건 거래와 관련한 매입세 액을 불공제하고 증빙미수취 가산세를 부과하여 주문 제1항 기재의 세액에 해당하는 부가가치세 및 법인세를 부과하였다. 소외 법인이 납부기한까지 위 부가가치세 및 법 인세를 납부하지 아니하자, 피고는 2008. 6. 4. 원고를 소외 법인의 제2차 납세의무자 로 지정하여 원고에 대하여 주문 제1항 기재의 부가가치세 및 법인세를 부과하였다(이 하 위 부가가치세 및 법인세 부과처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 1. 12. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2010. 1. 22. 원고의 심사청구를 기각하였다.

[인정근거: 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증, 을 1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기 재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 소외 법인은 이 사건 매입처로부터 금지금을 실제로 매입하고 그 대금을 모두 지급하였으므로, 이 사건 세금계산서는 그 세금계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르게 기재된 '사실과 다른 세금계산서'가 아니다. 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 원고는 2005. 12. 29. 이후로 소외 법인의 주식 중 50%만 소유하고 있으므로 소 외 법인의 과점주주가 아니다. 이와 다른 전제에서 원고를 소외 법인의 제2차 납세의 무자로 지정하여 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 구 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법'이라 한다) 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 '재화의 공급' 을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 '재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다'고 규정하고 있다. 부가가치세가 다단 계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항의 인 도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용 ・ 소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다. 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별 로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적 ・ 구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조).

(2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 갑 3 내지 26호증(각 가지번호 포함), 을 8호증, 을 18호증의 3, 을 19호증의 3, 을 20호증의 3, 을 22호증의 1, 2, 을 24호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때 피고의 주장과 같이 이 사건 거래에 이르기까지의 일련의 단계에 부가 가치세를 납부하지 않고 폐업 등을 하는 이른바 폭탄업체가 개입되어 있고, 이 사건 거래과정에서 거래처간 지급보증을 담보하는 안전장치가 없으며, 일부 매입처에게 대금을 후불로 지급하고, 통상적인 금지금 거래와 달리 특정 매입처와 일정한 마진거래를 하는 등 여러 가지 납득하기 어려운 정황들이 존재한다는 사정만으로, 이 사건 거래가 뒷금을 양성화하기 위한 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 존재하지 않았다고 단정하기는 어렵고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.따라서 이 사건 거래에 따라 수취한 이 사건 세금계산서 역시 그 계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르게 기재된 것으로서 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다고 보기는 어렵다. 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 살필 필요 없이 위법하다.

① 소외 법인은 이 사건 매입처로부터 금지금을 매입하면서 물품매매계약서(물품매도확약서), 거래명세표를 작성하였고, 이 사건 매입처로부터 금지금을 인도받음과 동시 에 물품인수증(실물거래확인서)을 수수하고 그 대금을 인터넷뱅킹으로 지급한 뒤 이 사건 세금계산서를 교부받았다.

② 소외 법인은 위와 같이 매입한 금지금을 제조업체에게 판매하여 인도한 다음 그 대금을 지급받고 매출세금계산서를 교부하였다. 또한, 소외 법인은 이 사건 거래 및 매입한 금지금을 매출한 내역을 상품수불부에 기재하였다.

③ 피고가 원고와 거래한 대부분의 매입처를 자료상 등의 혐의로 고발한 사실은 인정되나, 그 중 일부(주식회사 CCCCC의 대표이사)만이 기소되었을 뿐만 아니라 사실과 다른 세금계산서를 발행하였다는 범죄사실이 아닌 위계 기타 부정한 행위로 부가가치세를 포탈하였다는 범죄사실로 유죄판결을 받았을 뿐이고, 여기에 원고와 공모하였다는 내용도 있지 않다(오히려, 위 판결의 내용에 의하면 주식회사 CCCCC가 소외법인에게 면세 금지금을 매출한 사실이 인정된다).

④ 피고는, 원고가 소외 법인을 인수하기 전에 금지금 도매업체인 KKKK 주식회사를 운영하면서 면세 금지금을 이용하여 폭탄영업을 하다가 피고로부터 과세된 전력이 있다는 점을 들어 이 사건 거래 또한 명목상의 거래라고 주장하나, KKKK 주식회사에 대한 위 과세처분의 취소소송에서 KKKK 주식회사의 금지금 매입거래가 명목상의 거래라고 단정할 수 없다는 이유로 위 과세처분을 취소하는 판결이 선고되어 확정되었다.

⑤ 서울지방국세청장은, 소외 법인 및 원고가 이 사건 매입처 등과 공모하여, 뒷금을 양성화하는 과정에서 사기 기타 부정한 행위로 부가가치세를 포탈하고, 이 사건 매입처로부터 실제 금지금을 공급받은 사실이 없음에도 공급받은 것처럼 가장하여 허위 세금계산서를 교부받았다고 주장하며 소외 법인 및 원고를 서울중앙지방검찰청에 고발 하였다. 그러나 소외 법인 및 원고는 2009. 3. 23. 위와 같은 내용의 피의사실에 관하 여 기소유예 처분을 받았다 구체적으로, 원고가 폭탄업체의 부가가치세 포탈행위에 최 종 도관업체의 역할을 통해 순차 가담하였다는 피의사실에 관하여는, 가담 정도가 경미하고 그로 인한 수익이 그리 많지 않은 점 등이 참작되어 기소유예 처분이 내려졌 고, 이 사건 매입처로부터 허위세금계산서를 교부받았다는 피의사실에 관하여는, 소외 법인이 금지금 실물을 거래한 사실이 인정되고 달리 금지금을 공급받지 않고 세금계산서를 교부받았다는 점을 인정할 증거가 없어 혐의가 없다고 판단되었으나 부가가치세 포탈행위에 관하여 기소유예 처분이 내려져 따로 주문에 표시되지는 않았다.

⑥ 무엇보다도, 이 사건 매입처들이 부가가치세 포탈을 위한 이른바 폭탄업체나 도관업체라 하더라도 소외 법인이 그들로부터 금지금을 매입하였을 가능성을 전적으로 배제하기는 어렵다. 일련의 금지금 거래과정 중에 이른바 폭탄업체가 존재한다고 하여 이 사건 거래를 명목상의 거래라고 단정할 수는 없다. 이른바 뒷금을 매입한 것은 소 외 법인이 아니라 이 사건 매입처를 포함하여 소외 법인의 전 단계 업체들이고 소외 법인은 이 사건 매입처로부터 이를 매입한 것일 수 있다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.