부가가치세법 제9조 (거래시기)

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 근린상가신축ㆍ판매업 및 부동산분양ㆍ임대업 등을 영위하는 회사로서 2007. 1. 23. 소외 주식회사 ☆☆건설(이하 '☆☆건설'이라고 한다)에게 대구 수성구 ★★동 10-7 외 21필지 지상의 지하 2층, 지상 9층 규모의 시지퍼스트(이하 '이 사건 건물'이라고 한다) 신축공사를 12,125,190,000원(공사대금 11,022,900,000원 + 부가가치세 1,102,290,000원)에 도급주는 민간건설공사표준도급계약을 체결한 후, 위 공사의 기성 고에 따라 ☆☆건설에게 기성고대금과 그에 따른 부가가치세를 지급해 오던 중, 2007. 11. 30. ☆☆건설로부터 기성고대금 15억 원(공급가액 1.363.636.363원 + 부가가치세 136,363,637원)의 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 발행ㆍ교부받고, 2007. 12. 18. 기성청구를 받아 같은 날 기성검사를 완료한 후 2007. 12. 28. ☆☆건설에게 위 기성고대금 15억 원을 지급하였다.

나. 원고는 2008. 1. 25. 2007년도 2기분 부가가치세 확정신고를 하면서 이 사건 세금 계산서에 의한 부가가치세 136,363,637원을 매출세액에서매입세액으로 공제함으로써 환급세액을 251,722,970원으로 신고하였다.

다. 이에 피고는 2008. 5. 6. 이 사건 세금계산서가 공급시기 전에 교부된 선발행세금계산서이고 교부일로부터 7일을 초과하여 대금을 지급함으로써 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 위 부가가치세 상당의 매입세액을 불공제하여 가산세를 포함한 163,636,370원을 위 환급신고세액에서 감액 경정하여 환급을 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

라. 원고는 소외 주식회사 ○○○앤디(이하 '○○○앤디'라고 한다)와 2006. 11. 8. 이 사건 건물에 대한 분양대행계약을 체결한 다음 2006. 11. 17. ○○○앤디로부터 계약금 5천만 원(공급가액 45,454,545원 + 부가가치세 4,545,455원)의 세금계산서를 발행ㆍ교부받고, 같은 해 12. 20. 위 계약금 5천만 원을 지급한 후 2006년도 2기분 부가가치세 확정신고를 하면서 위 부가가치세 4,545,455원을 매입세액으로 공제하여 환급을 받았고, 2007. 4. 15. ○○○앤디로부터 분양수수료 1억 5천만 원(공급가액 136,363,635원 + 부가가치세 13,636,365원)의 세금계산서를 발행ㆍ교부받고, 같은 해 5. 23. 위 분양 수수료 1억 5천만 원을 지급한 후 2007년도 1기분 부가가치세 확정신고를 하면서 위 부가가치세 13,636,365원을 매입세액으로 공제하여 환급을 받았으며, 2006. 11. 8. 소외 건인 건축사사무소(이하 '건인'이라고 한다)와 이 사건 건물에 대한 건축물설계계약을 체결한 다음 2007. 1. 4. 건인으로부터 중도금 64,293,900원(공급가액 58,449,000원 + 부가가치세 5,844,900원)의 세금계산서를 발행ㆍ교부받고, 2007년도 1기분 부가가치세 확정신고를 하면서 매입세액을 공제받았다.

마. 이에 피고는 ○○○엠디로부터 교부받은 2006. 11. 17.자 및 2007. 4. 15.자 세금 계산서는 공급시기 전에 교부된 세금계산서이고 교부일로부터 7일을 초과하여 그 대금 을 지급하여 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 건인으로부터 교부받은 세금계산서 는 공급시기 이후에 발행된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 이유로 매입세액을 공제하지 않고 가산세를 포함하여 2008. 4. 25. 원고에게 2006년 2기분 부가가치세 6,073,630원 및 2007년 1기분 부가가치세 24,973,020원을 경정 고지하고, 고지한 세액 을 2008. 5. 6. 환급할 2007년 2기분 부가가치세 세액 중에서 충당하였다.

바. 원고는 2008. 6. 5. '매입세액을 불공제한 ○○○앤디의 2006. 11. 17.자 세금계산서 공급가액은 위 부가가치세를 고지하기 전에 매입세액 4,545,455원 중 면세사업과 관련된 공통 매입세액으로 992,727원을 이미 불공제하였고, 2007. 4. 15.자 세금계산서는 매입세액 13,636,365원 중 6,818,182원을 이미 불공제하였음'을 주장하며 피고에게 경정청구를 하였고, 이에 피고는 2008. 6. 17. 원고에게 2006년 2기분 부가가치세 중 992,727원과 가산세 333,753원을 합한 1,326,480원을 환급하고, 2007년 1기분 부가가치세 중 2,631,495원과 가산세 1,922,045원을 합한 4,553,540원을 환급하였으며, 건인으로부터 교부받은 2007. 1. 4.자 세금계산서는 정당한 세금계산서로 확인되어 재경정 결의하고 2008. 10. 2. 원고에게 2007년 1기분 부가가치세 중 7,492,570원을 환급하였다(이하 2008. 4. 25.자로 고지된 2006년 2기분 부가가치세 6,073,630원에서 환급된 1,326,480원을 공제한 나머지 4,747,150원을 '2006년 2기분 부가가치세 부과처분'이라고 하고, 2008. 4. 25.자로 고지된 2007년 1기분 부가가치세 24,973,020원에서 환급된 4,553,540원과 7,492,570원을 공제한 나머지 12,926,910원을 '2007년 1기분 부가가치세 부과처분'이라고 한다).

사. 원고는 이에 불복하여 2008. 8. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2008. 11. 7. 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제l 내지 8, 11 내지 14호증(가지번호 있는 것은 가지 번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부

직권으로 이 사건 소 중 2006년 2기분 및 2007년 l기분 부가가치세 부과처분 취소청구부분의 적법 여부에 관하여 살펴본다.

국세기본법 제56조 제2항은 세법에 의한 처분에 대한 행정소송은 심사청구 또는 심판 청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없도록 규정하고 있는바, 국세의 과세처분의 취소를 구하는 행정소송은 일반의 행정소송에 적용되는 행정심판의 임의적 전치주의와는 달리 반드시 국세기본법이 정한 심사청구 또는 심판청구를 거쳐 야 하는 필요적 전치주의가 적용되고, 이 경우 심사청구 또는 심판청구는 적법한 것이어야 하므로 이와 달리 심사청구 또는 심판청구가 제소기간을 도과하는 등으로 부적법 한 것이라면 이는 국세기본법이 정한 필요적 전치절차를 거친 것으로 볼 수 없어 부적법하고, 이 점은 행정청이 행정심판의 제기기간을 도과한 부적법한 심판에 대하여 그 부적법을 간과한 채 실질적 재결을 하였다 하더라도 달라지는 것이 아니다(대법원 1991. 6. 25. 선고 90누8091 판결 참조).

그런데 국세기본법 제68조 제1항, 제2항은 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날 부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있는바, 위 인정사실 및 앞서 든 증거 에 의하면, 피고는 2008. 4. 25. 원고에게 2006년 2기분 부가가치세 및 2007년 1기분 부가가치세 부과처분서를 전자송달하였고, 원고는 같은 날 전자메일로 위 처분서를 열람하여 위 부과처분사실을 알게 되었으며, 이로부터 90일이 지난 2008. 8. 5.에서야 심판청구를 제기한 사실을 인정할 수 있으므로, 이 부분 심판청구는 청구기간을 경과하여 제기된 것으로서 부적법하고, 따라서 이 사건 소 중 2006년 2기분 및 2007년 1기분 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 적법한 심판청구를 거치지 아니한 것이므로 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

재화나 용역의 공급시기와 다르게 작성된 세금계산서라 하더라도 재화나 용역의 공급시기와 동일한 과세기간 내에 작성된 것인 이상 세금계산서로서의 상호검증기능과 부가가치세제의 법리를 해하지 않으면서도 사업자 간의 편의를 도모하게 하는 것이고, 이러한 사정은 그 세금계산서가 재화나 용역의 공급시기 이전에 작성되었는지 아니면 재화나 용역의 공급시기 이후에 작성되었는지 여부에 따라 달라지는 것이 아니라고 할 것이므로, 재화나 용역의 공급시기 이후에 작성된 세금계산서의 경우 부가가치세법시 행령(2007. 12. 31. 대통령령 제20516호로 개정되기 전의 것 이하 '법 시행령'이라고만 한다) 제60조 제2항 제3호에 의하여 적법한 세금계산서로 취급되는 것과 마찬가지로, 재화나 용역의 공급시기 이전에 작성된 세금계산서의 경우에도 거래사실이 확인되는 경우에는 법 시행령 제60조 제2항 제2호의 규정에 의하여 적법한 세금계산서로 보아야 한다. 따라서 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액을 불 공제하여 환급을 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 부가가치세법(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라고 만 한다) 제16조 제1항에 의하면, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 법 제9조에서 규정하는 시기에, 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성연월일 등을 기재한 계산서를 공급을 받을 자에게 교부하여야 한다고 정하고 있고, 법 제9조 제2항, 제3항 은 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때를 용역이 공급되는 시기 로 보되, 그 시기가 도래하기 전에 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고 세금계산서 등을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 용역의 공급시기로 본다고 정하고 있다.

한편, 법 제17조 제2항 제1의2호에 의하면, 법 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제l항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우에는 매입세액을 공제할 수 없지만, 대통령령이 정하는 일정한 경우 에는 예외로 한다고 정하고 있는데, 법 시행령 제60조 제2항 제2호, 제3호의 각 규정 내용에 의하면, 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재 사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우(제2호)와 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우(제3호)에는 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다고 정하고 있다.

또한, 법 시행령 제54조 제2항은 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하고 그 세금계산서 교부일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 교부한 것으로 본다고 규정하고, 제3 항은 대가를 지급하는 사업자가 각 호의 요건(거래당사자간의 계약서 등에 대금청구시 기와 지급시기가 별도로 기재될 것, 대금청구시기에 세금계산서를 교부받고 재화 또는 용역을 공급받은 자가 이를 전사적 자원관리시스템에 보관할 것, 대금청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내일 것)을 모두 충족하는 경우에는 공급하는 사업자가 재 화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하고 그 세금계산서 교부 일부터 7일 경과 후 대가를 지급받더라도 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 교부 한 것으로 본다고 규정하고 있다.

(2) 이 사건에 관하여 살피건대, 이 사건 세금계산서는 공급시기가 도래하기 전에 교부되어 그로부터 7일 경과 후 대가를 지급받은 것으로서 사실과 다르게 기재된 경우이므로 위와 같이 실제 공급시기 이전에 대가의 지급 없이 교부받은 이 사건 세금계산서 로 매입세액을 공제받으려면 법 시행령 제54조 제2항이나 제3항 또는 제60조 제2항 제2호나 제3호의 사유가 있어야 하는바, 우선, 이 사건 세금계산서는 공급시기 이전에 교부받은 것이므로 위 제60조 제2항 제3호에 해당되지 아니하고, 세금계산서 교부일부 터 7일 경과 후 대가를 지급받은 경우이기에 위 제54조 제2항에도 해당되지 아니하며, 대가를 지급하는 사업자인 원고가 위 제54조 제3항이 정한 각 호의 요건(전사적 자원 관리시스템에 보관할 것)을 모두 충족하지는 못하였기에 위 제54조 제3항에도 해당되지 아니한다.

또한, 이 사건 세금계산서가 법 시행령 제60조 제2항 제2호의 사유가 있는 경우에 해당하려면 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재된 경우에 해당하여야 하는데, 이 사건 세금계산서의 필요적 기재사항이 착오에 의하여 기재된 것이라는 점을 인정할 아무런 증거가 없고, 오히려 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 세금계산서를 먼저 교부받고 자금 부족 및 기성고검사가 지체된 바람에 대금을 늦게 지급하게 되었다는 것이므로 특별한 사정이 없는 한 위 사유에도 해당되지 않는다.

(3) 또한, 재화나 용역의 공급시기 이전에 작성된 이 사건 세금계산서의 경우에도 재화나 용역의 공급시기 이후에 작성된 세금계산서의 경우 법 시행령 제60조 제2항 제3 호에 의하여 적법한 세금계산서로 취급되는 것과 마찬가지로, 거래사실이 확인되는 경우에는 법 시행령 제60조 제2항 제2호에 규정된 바와 같이 적법한 세금계산서로 보아야 한다는 원고의 주장 부분에 관하여 살펴보면, 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행ㆍ교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것일 뿐만 아니라, 전단계(前段階) 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가 치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으므로, 실제 공급시기와 시기를 달리하여 작성ㆍ교부된 세금계산서는 법 시행령 제54조에서 정한 사유가 있는 경우 외에는 원칙적으로 매입세액의 공제를 부인하여야 하나, 용역을 공급받고 대금을 지급하였음에도 매출자로부터 바로 세금계산서를 교부받지 못하는 경우가 빈번한 거래현실을 고려하여 법 시행령 제60조 제2항 제3호는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서라도 당해 공급시기가 속한 과세기간 내에 교부받은 경우에는 매입세액 공제를 허용하고 있고, 이러한 경우 매입자는 법 제22조 제4항 제1호 법 시행령 제70조의3 제4항에 의하여 수취지연에 따른 가산세를 부담하도록 정하고 있으며, 반면 이 사건의 경우와 같이 공급시기 이전에 세금계산서를 교부받은 경우는 사실과 다른 세금계산서이면서도 위와 같이 매입세액을 공제할 근거 규정이 없고 매입자 보호의 필요성도 없을 뿐만 아니라, 공급시기 이전에 교부받은 세금계산서에 대하여도 동일한 과세기간 내에 공급과 대금지급이 이루어진 사실이 확인된다는 사정만으로 매입세액 공제를 허용한다면, 공급시기 이후에 세금계산서를 교부받은 경우와 달리 매입자에게 대금을 지급하지도 않은 상태에서 미리 세액 환급을 받는 부당한 이익을 누리도록 보장하는 결과가 되는 점 등을 고려하면, 동일한 과세기간 내에 실제 거래사실이 확인되는 경우라고 하더라도 세금계산서 교부시기가 공급시기 이전인 경우와 그 이후인 경우를 동일하게 취급할 수는 없다고 보아야 하므로 위 주장은 이유가 없다.

(4) 따라서, 이 사건 세금계산서는 사실과 다르게 기재된 것이어서 매입세액의 공제가 부인되어야 하므로 이 사건 처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 2006년 2기분 및 2007년 1기분 부가가치세 부과처분 취소 청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.