가. 원고는 2001. 10. 18. 설립되어 단체급식 위탁운영업, 음식점업 및 관련 컨설팅 사업, 식료품 및 건강식음료 제조판매업 등을 주목적으로 하는 법인이다.

나. 원고는 2008년경 농업회사법인 다움 주식회사(이하 ‘다움 주식회사’라 한다)가 발급한 공급가액 합계 196,368,900원인 계산서(이하 ‘이 사건 계산서’라 한다)를 수취한 다음 2008 사업연도 법인세를 신고하면서 위 196,368,900원을 쌀 매입비용에 포함시켜 손금에 산입하였다.

다. 피고는 2013. 2. 1. 원고에 대하여 ‘이 사건 계산서는 사실과 다른 계산서에 해당한다’는 이유로 이 사건 계산서의 공급가액 중 196,368,000원을 손금 불산입하여 2008 사업연도 법인세를 41,295,990원(가산세 포함)으로 경정고지하고, 사외유출된 위 196,368,000원의 귀속이 불분명하다고 보아 대표자상여로 소득처분한 다음, 같은 날 원고에 대하여 2008 사업연도 소득금액변동통지(귀속자 : 원고의 대표이사 B, 소득금액 : 196,368,000원)를 하였다. 라.

원고는 이에 불복하여 2013. 4. 12. 피고에게 이의신청을 하였으나 2013. 5. 6. 기각 결정을 받았다.

이에 원고는 2013. 7. 12. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2014. 6. 25. 위 196,368,000원 중 80,800,000원을 원고가 실제로 매입한 것으로 보아 이를 손금에 산입하여 2008 사업연도 법인세의 과세표준 및 세액을 경정하고, 위 금액만큼 소득금액에서 차감하여 소득금액변동통지금액을 경정하며, 나머지 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

마. 이에 따라 피고는 2014. 7. 14. 원고에 대하여 2008 사업연도 법인세를 24,378,088원으로 경정고지하고 이하 2013. 2. 1. 최초 부과되고 위와 같이 감액 경정된 2008 사업연도 법인세 부과처분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라...