처분청은 청구인이 2002.10.25. ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지, ○○번지, 281-9번지의 부동산(대지 1,567.20㎡, 건물 3개동 1,702.24㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득한 후 같은 날 일반세율을 적용하여 산출한 등록세를 신고납부하고 소유권이전등기를 필하였으나, 소유권이전등기전인 2002.10.19. 이 사건 부동산 소재지를 사업장으로 하여 사업자등록을 필하고 이 사건 부동산 중 같은 동 ○○번지에서는 주유소 영업을, ○○번지에서는 임대업을 운영하면서 2002.12.10. 같은 동 ○○번지에서 자동차정비업종을 추가하여 운영하고 있으므로 이 사건 부동산을 지방세법 제138조제1항제3호에서 규정하고 있는 대도시내 분사무소 설치에 따른 부동산 등기로 보아 이 사건 부동산의 취득가액(5,078,000,000원)에 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고 납부한 세액을 차감한 등록세 365,616,000원, 지방교육세 67,029,600원, 합계 432,645,600원(가산세 포함)을 2003.5.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1983.12.29. ○○○운송사업·회원들의 친목과 복지증진을 목적으로 설립된 법인으로서 이 사건 등록세 등의 취소를 구하면서 첫째, 청구인은 1993.12.29. 등기를 필한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재의 ○○분사무소를 1998.5.27. ○○시 ○○구 ○○가 ○번지 소재로 이전하여 ○○분사무소로 명칭을 변경하여 운영하고 있었으나 2002.10.25. 이 사건 부동산을 취득한 후 2002.10.30. 이 사건 부동산의 281-9번지 소재지로 이전한 것이므로 이 사건 부동산은 ○○분사무소 설치일인 1993.12.29. 부터 5년이 경과하여 취득·등기한 부동산에 해당되기 때문에 이 사건 부동산에 대한 등록세 등은 중과세 대상에서 제외되어야 하고, 둘째, 청구인이 취득한 이 사건 부동산의 주용도가 차량 등의 정비, 수리업이므로 이는 지방세법시행규칙 제47조 별표3에서 규정하고 있는 공장 중 도시형업종에 해당되기 때문에 동 규정에 의하여서도 이 사건 부동산에 대한 등록세 등은 중과에서 제외되어야 하며, 셋째, 지방세법 제276조제1항에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에관한특례법에 의하여 조성된 산업기술단지 안에서 공장용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있으므로 이 사건 부동산의 주용도가 차량 등의 정비, 수리업을 영위하는 공장에 해당되어 이 사건 부동산에 대한 등록세 등은 과세 면제되어야 하고, 넷째, ○○시세감면조례 제26조에서 준공업지역내에 도시형공장을 신·증축하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 및 등록세를 100분의 50 경감하도록 규정하고 있으므로 이 사건 부동산에 대한 등록세는 100분의 50 감면되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 경정을 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 이 사건 부동산에 대한 등기가 대도시내 분사무소 설치에 따른 부동산 등기에 해당되어 등록세 중과 대상인지의 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 규정한 다음 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기 라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기 라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말하며, 지점 등 이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있고, 지방세법시행규칙 제55조의2에서 영 제102조제2항 후단에서 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장 이라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장(법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 각각 규정하고 있으며, ○○시세감면조례 제26조에서 “ 도시계획법시행령 제29조의 규정에 의한 준공업지역내에서 공업배치및공장설립에관한법률 제28조의 규정에 의한 도시형 공장을 신설 또는 증설하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다”고 규정하고 있고, 공업배치및공장설립에관법률 제2조제1호 및 같은법시행령 제2조제1항에서 “공장”은 통계청장이 고시하는 표준산업분류표에 의한 제조업을 영위하기 위한 사업장이라고 규정하고 있으며, 표준산업분류표에 의하면 자동차수리업은 「제조업」항목이 아닌 「기타 공공, 수리 및 개인서비스업」중 수리업(산업분류 코드 92)으로 분류되고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1983.12.29. 설립된 법인으로서 2002.10.25. 이 사건 부동산을 취득한 후 같은 날 일반세율을 적용하여 산출한 등록세를 신고납부하고 소유권이전등기를 필하였으나 소유권이전등기전인 2002.10.19. 이 사건 부동산 소재지를 사업장으로 하여 사업자등록을 필하고 이 사건 부동산 중 같은 동 ○○번지에서 주유소 영업을, 같은 동 ○○번지에서는 임대업을 운영하면서 2002.12.10. 자동차정비업종을 추가하여 같은 동 ○○번지에서 영업을 하고 있으므로 처분청에서는 이 사건 부동산을 지방세법 제138조제1항제3호에서 규정하고 있는 대도시내분사무소설치에 따른 부동산등기로 보아 이 사건 등록세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 2002.10.25. 취득한 이 사건 부동산의 ○○분사무소는 1993.12.29. 등기를 필한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재의 ○○분사무소를 1998.5.27. ○○시 ○○구 ○○가 ○○번지 소재지로 이전하여 성동분사무소를 설치하여 운영하고 있었으나, 2002.10.25. 이 사건 부동산을 취득하고 2002.10.30. 이 사건 부동산으로 이전한 것이므로 이 사건 부동산은 마포분사무소 설치일인 1993.12.29.부터 5년이 경과하여 취득·등기한 부동산에 해당되어 등록세중과에서 제외되어야 한다고 주장하고 있지만, 지방세법시행규칙 제55조의2에서 등록세 중과대상인 “지점 및 분사무소”라 함은 법인세법·부가가치세법·소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소라고 규정하고 있으므로 청구인이 주장하고 있는 ○○분사무소는 ○○분사무소로 명칭을 변경하기 전인 1993.12.29. 설치되어 업무를 개시하였다 하더라도 지방세법시행규칙 제55조의2에서 규정하고 있는 분사무소의 요건인 사업자등록을 필하지 않은 이상 지방세법상 분사무소를 설치 운영하였다고 볼 수 없고 청구인이 사업자등록을 필한 후 영업을 개시한 2002.10.26.에 비로소 이 사건 부동산에 인적·물적 설비를 갖춘 분사무소를 설치한 것으로 보아야 하므로 이 사건 부동산은 분사무소 설치에 따른 부동산등기에 해당되어 등록세가 중과세 되어야 하고, 둘째, 청구인은 이 사건 부동산의 주용도가 차량 등의 정비, 수리업이므로 도시형업종에 해당되어 이 사건 부동산에 대한 등록세는 중과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있으나, 2003.4.24. 처분청의 세무담당공무원(지방세무주사보 ○○○)의 현지확인 출장복명서에서 청구인이 주장하는 정비공장은 단순한 직영정비사업소(부분정비업)이기 때문에 공장에 해당된다고는 볼 수 없으며, 셋째, 청구인은 이 사건 부동산의 주용도가 차량 등의 정비, 수리업을 영위하는 공장이기 때문에 지방세법 제276조제1항의 규정에 의하여 이 사건 부동산에 대한 등록세가 과세 면제되어야 한다고 주장하고 있지만, 지방세법 제276조제1항에서 산업입지및개발에관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지안에서의 공장용건축물을 신축하거나 증축한 부동산에 대하여 등록세를 면제하도록 규정하고 있으므로 청구인이 주장하는 차량등의 정비, 수리업의 공장은 단순한 직영정비사업소일 뿐만 아니라 그 소재지도 산업입지및개발에관한법률 등에서 지정된 산업단지, 유치지역, 산업기술단지도 아니므로 이 사건 등록세 과세면제대상에도 해당되지 아니하고 넷째, ○○시세감면조례 제26조에서 준공업지역내에서 도시형 공장을 신·증설하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 등록세를 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있으므로 이 사건 부동산에 대한 등록세는 100분의 50 감면되어야 한다고 주장하고 있지만, ○○시세감면조례 제26조에서 준공업지역내에서 공업배치및공장설립에관한법률 제28조의 규정에 의한 도시형 공장을 신·증설하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 등록세의 100분의 50을 경감하도록 규정하고, 공업배치및공장설립에관법률 제2조제1호 및 같은법시행령 제2조제1항에서 공장은 통계청장이 고시하는 표준산업분류표에 의한 제조업을 영위하기 위한 사업장이라고 규정하고 있고, 표준산업분류에서 의하면 자동차수리업은 제조업이 아닌 서비스업으로 분류하고 있으므로 청구인이 주장하는 차량 등의 정비, 수리업의 공장은 제조업이 아닌 서비스업에 해당되기 때문에 이 또한 청구인의 주장을 받아들일 수 없으므로 처분청에서 이 사건 부동산을 분사무소설치에 따른 부동산등기로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 이 사건 등록세 등을 부과고지한 것은 적법한 부과처분이라 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2003. 10. 27.

행 정 자 치 부 장 관