2. 피고가 2019. 2. 19. 원고에 대하여 한 별지 1 기재 재정결함지원금...

가. 원고는 1968. 8. 21. 고등보통교육과 공업에 관한 전문교육을 실시함을 목적으로 설립되어 사립학교인 B 고등학교(이하 ‘이 사건 학교’라 한다)를 설치경영하는 학교법인이다.

나. 원고는 1998년경 그 소유의 AF 학원, AG 학원의 수용 등으로 인하여 약 980억 원(처분 수익 약 580억 원)의 자금을 보유하게 되자, 위 자금 등으로 별도 법인인 주식회사 C(이하 ‘C’이라 한다)을 설립하고 수익사업을 하여, 이 사건 학교의 재정자립을 달성하고 공업 전문학교 설립을 위한 자금을 마련하기로 계획하였다.

원고는 위 처분 수익 중 약 547억 원을 고유목적사업 준비금으로 계상하여 손금 산입함으로써 5년간 법인세 등을 과세이연하였다.

다. 원고는 1998. 11. 12. 피고에게 ‘C의 설립 및 수익사업을 통하여 2005년경부터 이 사건 학교의 재정자립을 달성하겠다’는 내용이 담긴 사업계획서를 제출하면서 기본재산 처분에 관한 허가를 신청하였고, 피고로부터 ‘위 재정자립 이행시기를 단축하는 방안’을 검토하도록 요구받자, 1998. 12. 24. 피고에게 ‘위 재정자립 이행시기를 2001년으로 앞당기겠다’고 통지한 다음 1999. 1. 27. 피고로부터 ‘수익용 기본재산인 30,138,635,000원의 예금을 수익사업체를 설립하는 용도로 처분하는 것을 허가한다’는 내용의 수익용 기본재산 처분허가(이하 ‘이 사건 기본재산 처분허가’라 한다)를 받았다. 라.

원고는 이 사건 기본재산 처분허가 이후 C을 설립하여 D 사업(I 호텔, 컨벤션 등 신축운영 사업)에 참여하였고, 이후 피고에게 위 사업의 지연 등을 이유로 수회에 걸쳐 이 사건 학교의 재정자립 이행시기를 연기해줄 것을 요청하여 그 승인을 받아왔고, 그에 따라 당초 재정자립 이행시기인 2001년...