가. 원고는 2011. 12. 20. 원고의 장로인 B와 C으로부터 그들이 각 1/2씩 공유하는 양주시 D 건물 및 토지(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)를 증여받고, 2011. 12. 21. 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 이 사건 부동산이 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제50조 제1항에서 정한 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 해당한다며 피고에게 취득세, 농어촌특별세, 지방교육세의 감면신청을 하여 피고로부터 취득세 등을 면제받았다.

다. 그 후 원고와 B, C(이하 ‘B 등’이라고 한다)은 B 등 가족들의 반대와 이 사건 부동산에 관한 근저당권부 채무(중소기업은행 및 한화증권 주식회사 앞으로 설정된 근저당권이 채권최고액 합계 25억 원 정도에 달하였다) 문제로 인하여 2012. 4. 23. 이 사건 증여계약을 합의해제한 뒤 2012. 4. 24. 원고 명의의 소유권이전등기를 말소하였다. 라.

피고는 2014년경 이 사건 부동산에 관한 실태조사를 하였고, 그 결과 원고가 B 등에게 위 부동산에 관한 소유권이전등기를 말소해 주었고 주식회사 E이 B 등으로부터 이를 임차하여 공장으로 사용 중임을 확인하였다.

이에 피고는 원고가 구 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서에서 정한 ‘사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당한다는 이유로, 2014. 7. 16. 원고에게 취득세 127,096,890원, 지방교육세 10,134,790원, 농어촌특별세 7,262,670원을 각 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2014. 10. 13. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015. 3. 20. 심판청구가 기각되었다. ...

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