가. 원고는 미합중국(이하 ‘미국’이라고 한다)의 법률에 따라 설립된 유한책임회사로서, 2013. 8.경 내국법인인 B 주식회사(이하 ‘B’라고 한다)와 사이에, 원고가 B에게 특허 24개(이하 ‘이 사건 특허’라고 한다)에 관한 사용권을 부여하고, 그 대가로 미화 530만 달러(이하 ‘이 사건 사용료’라고 한다)를 지급받기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 계약’이라고 한다)을 체결하였다.

나. 원고와 B 사이에 이 사건 계약이 체결될 당시 작성된 특허사용계약서(이하 ‘이 사건 계약서’라고 한다)에는 이 사건 특허에 관하여 ‘별첨A에 기재된 특허 및 특허출원들, 그리고 그와 관련되거나 그에 따라 발생하는 권리를 의미한다.’고 기재되어 있는데, 별첨A에 기재된 특허는 총 24개로, 그 중 미국 등 세계 각국에 등록된 특허는 21개이고, 위 등록된 특허 가운데 국내에 등록된 특허(등록번호가 기재된 것을 말한다)는 3개이다.

다. B는 이 사건 사용료를 원천징수 대상 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아, ‘대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한미 조세협약’이라고 한다) 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여, 법인세 852,478,500원을 원천징수하여 피고에게 납부하였다. 라.

원고는 이 사건 사용료 중 국내에 등록되지 않은 특허권 사용에 대한 대가는 원천징수 대상 국내원천소득이 아니므로, 특허 개수대로 안분한 미화 662,500달러(= 미화 530만 달러 × 3개/24개)만이 국내원천소득이고, 정당세액은 106,559,813원(= 852,478,500원 × 3개/24개, 원 미만은 반올림한 금액임)에 불과하다고 주장하면서, 피고에 대하여 745,918,687원 = 852,478,500원 -...