2. 원고의 예비적 청구를 기각한다.

3. 소송비용분 원고가 부담한다.

예비적 청구취지 : 피고가 2008. 4. 1. 원고에 대하여 한 2005년도 제1기 부가가치세 41,347,140원, 2005년도 법인세 60,927,800원의 부과처분은 무효임을 확인한다.

가. 원고는 2005년도 제1기 과세기간에 대하여 주식회사 BB저(이하 'BB저'라 한다) 명의의 공급가액 276,699,200원의 매입세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 교부받아, 2005년도 제1기 부가가치세 매입세액을 공제한 다음 과세표준 및 세액을 신고 ・ 납부하였고, 위 돈을 손금에 산입하여 2005년도 법인세의 과세표준 및 세액을 신고 ・ 납부하였다.

나. 피고는 이 사건 세금계산서를 실물거래 없이 작성된 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하고 손금불산입한 다음, 2008. 4. 1. 원고에 대하여 2005년도 제1기 부가가치세 41,347,140원, 2005년도 법인세 60,927,800원을 경정 ・ 고지하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2008. 4. 30. ○○지방국세청장에게 이의신청을 하였으나, ○○지방국세청장은 2008. 5. 22. 기각결정(이하 '이 사건 이의신청결정'이라 한다)을 하고 이 사건 이의신청결정서 정본을 등기우편으로 원고의 주소지인 ○○ ○○구 ○○동 1510-1 ☆☆빌딩 2층에 발송하였고, 2008. 5. 23. 원고의 직원이던 전AA가 이 사건 이의신청결정서를 수령하였다. 원고는 2008. 8. 29. 조세심판원에 심판청구를 제가 하였으나, 2008. 10. 29. 이 사건 이의신청결정을 송달받은 날로부터 90일이 지난 부적법한 청구라는 이유로 각하결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 주위적 청구 부분의 적법성

가. 피고의 본안전 항변의 요지

이 사건 처분이 위법하다는 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 주위적 청구 부분에 대하여, 피고는 이 사건 이의신청결정을 통지받은 날로부터 90일을 경과하여 제기되어 제소기간을 도과한 것으로서 부적법하다고 주장한다.

나. 판단

(1) 국세기본법 제56조 제3항은 행정소송은 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제10조 제4항은 송달할 장소에서 서류의 송달을 받아야 할 자를 만나지 못한 때에는 그 사용인 기타 종업원 또는 동거인으로서 사리를 판별할 수 있는 자에게 서류를 송달할 수 있으며, 서류의 송달을 받아야 할 자 또는 그 사용인 기타 종업원 또는 동거인으로서 사리를 판별할 수 있는 자가 정당한 사유 없이 서류의 수령을 거부한 때에는 송달할 장소에 서류를 둘 수 있다고 규정하고 있다.

(2) 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 2008. 4. 30. ○○지방국세청장에게 이의신청 을 하였으나, ○○지방국세청장은 2008. 5. 22. 이를 기각하는 내용의 결정을 한 사살, ○○지방국세청장은 2008. 5. 22. 이 사건 이의신청결정서 정본을 등기우편으로 원고의 주소지에 발송하였고, 2008. 5. 23. 원고의 직원이던 전AA가 이를 수령한 사실은 앞서 본 바와 같고, 행정소송제기의 기산점인 '송달받은 날'이란 상대방이 현실적으로 그 내용을 인식할 필요는 없고, 상대방이 알 수 있는 상태 또는 양지할 수 있는 상태에 놓이면 충분하므로, 원고는 2008. 5. 23. 위 결정서 정본을 송달받았다고 봄이 상당하다.

(3) 따라서 그때부터 90일이 경과된 후인 2009. 1. 29. 제기되었음이 기록상 명백한 이 사건 소 중 주위적 청구 부분은 제소기간을 도과하여 부적법하다.

3. 예비적청구에대한판단

가. 원고의주장

피고는 BB저가 이 사건 세금계산서상 공급가액 상당의 레미콘을 공급한 업체는 주식회사 AA산업(현재 상호는 주식회사 ◇◇산업이다. 이하 'AA산업'이라 한다)이지 원고가 아니므로 BB저가 원고에 대하여 발행한 이 사건 세금계산서가 허위라고 보았다. 그러나 AA산업은 김BB가 운영하는 ▽▽토건에 재하도급을 주었고, ▽▽토건은 김BB의 형 김CC가 대표자로 있는 원고에게 명의를 벌려준 것에 불과하며, 공사를 실제로 진행하고 BB저와 실질적 거래를 한 주체가 원고였고, 원고와 ▽▽토건 사이에 원고가 자재대금 지급의무를 인수하기로 하는 약정을 한 바 있으므로, 이 사건 세금계산서의 귀속주체를 착오한 이 사건 처분은 중대 ・ 명백한 하자가 있는 무효인 처분이다.

나. 인정사실

(1) 도급 및 하도급계약

- KKK 주식회사(현재 상호는 ●●●●건설 주식회사이다. 이하 'KKK'이라 한다)논 2004. 6. 25. ○○ ○○구 ○○동 소재 ○○○○스 신축공사 중 토목공사(이하 '이 사건 공사'라 한다)에 대하여 AA산업에 공급가액을 2,740,000,000원으로 정하여 도급을 주었다.

- AA산업은 2004. 11. 5. 이 사건 공사에 대하여 김BB가 운영하는 ▽▽토건에 공급가액을 2,540,000,000원으로 정하여 하도급을 주었다.

(2) AA산업, ▽▽토건의 공사 중단

- AA산업은 2005. 4. 28.경 공급가액 1,433,292,000원 상당의 공사가 진행된 상태에서 이 사건 공사를 중단하고, ▽▽토건과 사이에 '▽▽토건이 KKK으로부터 미수령 기성금 447,260,000원을 직접 수령하고, BB저에 AA산업을 대신하여 레미콘대금을 지급하기'로 하는 약정을 하였다,

- AA산업은 KKK에 미수령 기성금 447,260,000원을 ▽▽토건에 직접 지급해줄 것을 요청하였고, KKK은 2005. 5. 20.경 ▽▽토건에 어음 및 계좌로 447,260,000원을 지급하였다.

- 이 사건 공사에 관하여, AA산업은 KKK에 공급가액 총 1,026,692,000원의 매출세금계산서를 발행하였다.▽▽토건은 AA산업에 공급가액 총 452,500,000원, 부가가치세 45,250,000원 합계 497,750,000원의 매출세금계산서를, KKK에 이 사건 기성금에 대한 공급가액 총 406,600,000원, 부가가치세 40,600,000원 합계 447,260,000원의 매출세금계산서를 발행하였다.

(3) 잔여공사에대한도급계약

- KKK은 2005. 5. 2. 이 사건 공사 중 잔여공사에 대하여 원고에게 공급 가액을 1,306,708,000원으로 정하여 도급을 주었다.

- 원고와 ▽▽토건은 2005. 5. 2. 원고가 이 사건 공사 관련 공사대금 및 자재대금(레미콘, 철근) 등을 지불한다는 사실확인서를 작성하였다.

(4) BB저의 판매원장 및 부가가치세 신고 등

- BB저가 보관하고 있는 판매원장에는 이 사건 세금계산서상 공급거래 대상인 레미콘의 거래처가 AA산업으로 기재되어 있다. 레미콘 납품서 23매에도 공급받는 자가 AA산업으로 기재되어 있다.

- BB저는 2005. 1. 20., 2005. 2. 20., 2005. 3. 31. AA산업에 3매의 세금 계산서를 교부하였고, 매출처를 AA산업으로 하여 2005년도 제l기 부가가치세 예정신 고를 하였다. BB저는 2005. 5. 31. 원고의 요청에 따라 AA산업에 대한 매출세 급계산서 3매를 취소하고 원고에게 이 사건 세금계산서를 교부한 다음 매출처를 원고 로 하여 2005년도 제1기 부가가치세 확정신고를 하였고, 그 후 다시 매출처를 AA산 엽으로 하는 수정신고를 하였으며, 이에 따라 신고불성실가산세를 납부하였다.

(5) 원고의장부기재내역

- 원고는 2005. 5. 26. BB저에 KKK이 ▽▽토건에 발행한 어음에 배서 양도하는 방법으로 136,172,520원을 지급하였다.

- 원고는 2005. 6. 30' BB저에 KKK이 원고에게 발행한 어음으로 150,000,000원을 지급하였다.

- 원고는 2005년 8월경 BB저에 현금으로 총 18,192,600원을 지급하였다.

(6) 조세심판원의재조사명령

- 피고는 2008. 8. 11. 원고의 대표이사 김CC에게 이 사건 세금계산서상의 공급가액 및 부가가치세액 합계 304,369,120원을 상여처분하고 2005년도 종합소득세를 경정 ・고지하였다.

- 김CC가 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하자, 조세심판원은 2009. 5. 20. 원고가 실질적으로 이 사건 공사를 수행하고 BB저로부터 레미콘 자재를 공급받았다는 김CC의 주장이 사실일 개연성이 있으나, 레미콘 납품서 및 BB저 판매원장에 공급받는 자가 AA산업으로 기재되어 있으므로, 피고가 재조사를 통하여 실체적 진설을 규명하여야 한다 는 이유로 재조사 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 3, 4, 5, 6, 7, 8, 11, 갑 제4, 6호증, 을 제3, 6호종의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

(1) 과세처분이 당연무효라고 하기 위해서는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 위와 같이 과세요건 사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고는 할 수 없다(대법원 1990. 11. 27. 선고 90다카10862 판결 등 참조).

(2) 살피건대, 위 인정사실에서 본 바와 같이, 원고가 BB저에 합계 304,369,120원을 지급하였으나,① 이 사건 공사를 도급받은 것은 AA산업이었고, BB저는 부가가치세 예정신고 당시 매출처를 AA산업으로 하였으며, 이후에도 매출처를 AA산업으로 하는 부가가치세 수정신고를 한 점,② AA산업과 ▽▽토건은 이 사건 공사를 중단할 무렵 ▽▽토건이 BB저에 레미콘 대금을 지급하기로 하고 KKK으로부터 미수령 기성금을 지급받았고, 원고가 BB저에 2005. 5. 26. 지급한 어음은 KKK이 ▽▽토건에 기성금 지급을 위하여 발행한 것을 배서양도한 것에 불과한 점,③원고가 ▽▽토건의 이 사건 공사에 관한 채권 ・ 채무를 인수하였다면, 이 사건 세금계산서상의 공급가액에 상응하는 매입세금계산서를 교부받는 한편, 이 사건 기성금에 상응하는 매출세금계산서를 발행하여야 할 것인데, 앞서 본 바와 같이 원고가 아닌 ▽▽토건이 KKK에 이 사건 기성금에 대한 매출세금계산서를 발행한 점,④ 조세심판원 역사 원고의 주장내용이 사실일 개연성이 있으나, 원고가 아닌 AA산업이 BB저로부터 레미콘을 공급받았을 개연성 또한 배제할 수 없다고 보고 재조사를 결정한 점 등에 비추어 보면, 원고가 BB저의 실제 매출처인지 여부는 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우에 해당한다.

(3) 따라서 이 사건 처분에 외관상 명백한 하자가 존재하여 당연무효라고 할 수 없으므로, 그 무효확인을 구하는 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 청구 중 주위적 청구 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 예비적 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.