상고비용은 원고가 부담한다.

1. 사안의 개요

가. 원고는 인천공장에서 소다회를 생산하면서 그로 인하여 발생한 폐석회를 오랜 기간 침전지에 적치하여 오던 중 2003. 12. 31. 인천광역시, 인천광역시 남구, ‘폐석회적정 처리방안 모색을 위한 시민위원회’와 폐석회를 침전지에서 수거하여 인천공장 내 유수지에 매립하고 유수지를 유원지로 조성하는 공사(이하 ‘폐석회처리공사’라고 한다)를 시행하는 내용 등의 폐석회 처리 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라고 한다)을 체결하였다.

나. 원고는 2007 사업연도 법인세를 신고하면서 폐석회처리공사 비용을 통상적인 비용으로 손금 처리하였다.

다. 원고는 2008. 5. 1. 인천공장 화학제품제조 사업부문 등을 물적분할하여 주식회사 J(이하 ‘J’라고 한다)를 설립하고 2008. 5. 6. 분할등기를 마쳤는데, J 역시 2008 내지 2012 사업연도에 위와 같은 폐석회처리공사 비용을 지출하였다. 라.

원고는 2010 사업연도부터 J를 연결자법인으로 한 연결납세방식을 채택하여 법인세를 신고하면서 J가 지출한 폐석회처리공사 비용을 통상적인 비용으로 손금 처리하였다.

마. 한편 서울지방국세청장은 2009. 4. 20.부터 2009. 6. 24.까지 원고에 대한 2004, 2005 사업연도 법인사업자통합조사(이하 ‘2009년 세무조사’라고 한다)를 하였는데, 당시 원고가 작성한 ‘요구자료 현황’에는 ‘인천공장 폐석회 매립공사 공사도급계약서’, ‘폐석회처리비용 토지 자본적 지출 해당 여부에 대한 검토서와 요약서’, '폐석회 매립 진행경과 내용 관련 서류' 등이 제출된 것으로 기재되어 있다.

서울지방국세청장은 2009. 6. 25. 원고에게...