1. 관련법령

(1) 국세기본법 제45조의 2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 국세기본법 시행령 제25조의 2【후발적 사유】법 제45조의 2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우

2. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2005.3.31. 2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고시 「조세특례제한법」제6조의 규정에 의하여 창업중소기업에 대한 세액감면(50/100)을 신청하였으나, 처분청은 감사원의 시정요구에 의하여 당초 청구법인이 신청한 창업중소기업에 대한 세액감면액 OOO을 부인하여 2010.1.5. 법인세 OOO을 경정·고지하였고, 청구법인이 제기한 심사청구가 2010.7.26. “기각” 결정된 바, 2004사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」제127조 중복지원 배제규정에 의하여 신청하지 못한 「조세특례제한법」제7조의중소기업특별세액 감면(OOO, 10/100)을 적용해 달라며 2010.9.3.경정청구를 하였다.

(2) 처분청은 청구법인의 경정청구가 「국세기본법」제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2의 경정청구의 후발적 사유에 해당하지 아니하고, 법정신고 기한이 도과한 경정청구라 하여 2010.10.26. 청구법인의 경정청구를 거부하였고, 청구법인은 이에 불복하여2011.1.27. 이의신청을 거쳐 2011.5.31.심판청구를 제기하였다.

(3) 살피건대, 「국세기본법」제45조의2 제2항은 과세표준 및 세액의 계산근거가 다르게 확정되어 경정청구기한내 경정청구를 할 수 없는 불합리한 이유를 해소하여 기간연장의 이익을 부여하고자 하는 취지의 규정으로, 청구법인이 2010.7.28. 국세청장의 심사청구 결정통지서(‘기각’)에 의하여 창업중소기업에 대한 세액감면 요건에 해당되지 않는 사실을 알고 2010.9.3. 중소기업에 대한 특별세액 감면을 신청한 경정청구는, 「국세기본법」제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2에서 규정하고 있는 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 것이 아니라,「조세특례제한법」의 어떠한 감면규정을 적용할 것인가에 불과한 것으로 경정청구의 후발적 사유에 해당하지 아니한 것으로 보인다.

그렇다면 이 건 심판청구는 「국세기본법」제45조의2 제1항에서 규정하고 있는 경정청구 기간(법정신고기한 경과 후 3년)이 도과되었으므로 경정청구 대상에 해당하지 아니한 것으로 판단된다(조심 2011서8139, 2011.4.21. 등 다수, 같은 뜻임)

3. 결 론

이 건 심판청구는 부적법한 청구이므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.