가. 대한주택공사(원고가 2009. 10. 1. 대한주택공사의 권리ㆍ의무를 포괄승계하였다. 이하 ‘원고’로 통칭)는 2000. 3. 2. 피고와 대전 신흥2지구 공동주택 건설사업과 근린생활시설 조성사업 및 동 사업과 관련한 도로 등 도시기반시설과 주민의 임시 이주시설 설치 등을 위하여 시행협약을 체결하였고, 2002. 4.경 위 협약의 내용 중 일부를 변경하는 내용으로 변경시행협약(이하 ‘이 사건 신흥2지구 협약’)을 체결하였다.

나. 원고는 2001. 2.경 피고와 대전 인동지구 공동주택 건설사업 및 동 사업과 관련한 도로, 상하수도 등 도시기반시설, 주민의 임시이주시설 설치 등을 위하여 시행협약을 체결하였고, 2002. 4.경 위 협약의 내용 중 일부를 변경하는 내용으로 변경시행협약(이하 ‘이 사건 인동지구 협약’)을 체결하였다.

다. 원고는 2002. 3. 8. 피고와 대전 삼성1지구 공동주택건설사업 및 동 사업과 관련한 도로, 상하수도 등 도시기반시설, 주민의 임시이주시설 등 설치를 위하여 시행협약을 체결하였고, 2003. 12. 3. 위 협약의 내용 중 일부를 변경하는 내용으로 변경시행협약(이하 ‘이 사건 삼성1지구 협약’, 이하 이 사건 신흥2지구 협약, 이 사건 인동지구 협약, 이 사건 삼성1지구 협약을 통틀어 ‘이 사건 협약들’)을 체결하였다. 라.

이 사건 협약들은 원고와 피고가 비용을 부담하는 사업의 범위를 먼저 규정하고, 피고가 비용을 부담하는 사업 중 원고가 대행하여 시행한 후 피고로부터 그 비용을 돌려받는 사업(이하 ‘대행사업’)의 범위 및 돌려받는 대행사업비의 지급방법에 대하여 별지 표와 같이 구체적으로 규정하고 있다.

마. 이 사건 협약들에 따른 각 사업이 모두 완료되어 원고는 신흥2지구에 대하여는 2006. 5....