가. 원고는 미합중국(이하 ‘미국’이라 한다)의 법인이고, 미국에 등록된 무선인터넷 기술 관련 다수의 특허권을 보유하고 있다.

나. 원고는 2010. 7.경 B 주식회사(이하 ‘B’라 한다), C 주식회사(이하 ‘C’라 한다)를 포함한 전 세계 스마트폰 제조업체 및 소프트웨어 개발업체들(이하 ‘이 사건 업체들’이라 한다)이 원고의 스마트폰 무선 이메일 전송기술 관련 미국 특허권(특허번호 D, E, F, G, H, I, J, K, 이하 ‘이 사건 특허’라 한다)을 침해하였음을 이유로 미국 동부법원에 이 사건 업체들을 상대로 특허침해의 금지 및 손해배상 등을 청구하는 소를 제기하였다

(이하 ‘이 사건 특허침해소송’이라 한다). 다.

원고와 이 사건 업체들은 2012. 5. 이 사건 특허침해소송의 종료 및 이 사건 업체들에 대한 특허실시권의 허여를 주된 내용으로 하는 특허권 라이선스 및 화해계약(이하 '이 사건 화해계약‘이라 한다)을 체결하였는데, 위 화해계약에 의하면 원고는 이 사건 업체들에게 원고가 보유한 이 사건 특허를 사용할 수 있도록 허여하고 그 대가로 B는 미화 750만불(원화 8,593,500,000원 상당), C는 미화 480만불(원화 5,392,080,000원 상당)을 각각 원고에게 지급하기로 하였다. 라.

B는 2012. 7. 13., C는 2012. 7. 10. 각각 원고에게 이 사건 화해계약에 따라 지급하기로 한 사용료 합계 미화 1,230만불(이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)을 지급하면서 15%의 제한세율을 적용하여, B는 미화 1,125,000불(원화 1,289,025,000원 상당)을, C는 미화 720,000불(원화 808,812,000원 상당)을 각각 법인세로 원천징수하여 관할세무서에 납부하였다.

마. 원고는 2015. 1. 23. 이 사건 사용료가 국내에 등록되지 않은 특허에 대한 소득이므로 원고의 국내원천소득에 해당하지...