가. 원고는 1986. 1. 24. 용인시 수지구 B 답 3,461㎡(이하 ‘분할 전 토지’라 한다)에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 위 토지는 2010. 2. 16.경 용인시 수지구 B 답 506㎡, C 답 648㎡, D 답 606㎡, E 답 177㎡, F 답 683㎡, G 답 677㎡, H 답 164㎡(이하 위 각 개별 토지를 지칭할 때에는 지번만으로 특정한다)로 각 분할되었으며, 2010. 2. 18.경 C, D, F 각 토지는 지목이 ‘대’로, E, H 각 토지는 지목이 ‘도로’로 각각 변경되었다.

나. 원고는 2009. 12. 29. C, D, F 각 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다) 지상에 주택 신축을 위한 건축허가를 받고 2010. 1. 6. 착공신고를 한 뒤 주택을 신축하여 2010. 2. 10. C 토지 지상 주택 건물에 관하여, 2010. 2. 11. D 및 F 토지 지상 각 주택 건물에 관하여 사용승인을 받았다

(이하 순차로 ‘1주택’, ‘2주택’, ‘3주택’이라 하고, 위 각 주택 건물을 통틀어 ‘이 사건 각 주택’이라 한다). 다.

원고는 2015. 4. 16. I, J에게 이 사건 각 토지 및 주택의 각 1/2 지분, E 토지 중 각 82/177 지분 및 H 토지 중 각 62/164 지분을 합계 2,692,000,000원에 양도하였고, 2015. 6. 30. 피고에게 위 양도에 관한 양도소득세 예정신고를 하면서, 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조의3 제1항, 제2항(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다) 및 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조의3 제3항, 제40조 제1항에 따라 감면되는 '신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액'을 아래와 같이 232,963,190원으로 계산하여 양도소득세 542,452,351원을 신고하였다.

1주택: 77,671,659원 = 541,536,668원 주택 토지분 양도소득금액 518,745,366원 기준면적 초과 토지분...

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