가.청구법인은 부동산개발 컨설팅, 분양대행 등을 영위하는 법인으로 ‘OOO대지 9990.2㎡ 등 3필지’(이하 “쟁점토지”라 한다)의 개발사업 추진과 관련하여 청구외 주식회사 OOO 종합건축사사무소(이하 “쟁점거래처”라 한다)와 ‘OOO지원단지(특별계획구역2) 개발계획 및 실시계획 변경 용역’(이하 “쟁점용역”이라 한다) 계약을 체결하고, 쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서의 매입세액 OOO원(2012년 제1기 OOO원, 2012년 제2기 OOO원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 2012년 제1기 및 2012년 제2기 과세기간의 매출세액에서 각각 차감하여 부가가치세 신고를 하였다.

나.처분청은 청구법인의 2012년 제2기 과세기간 부가가치세 환급에 대한 현지확인을 실시하여 청구법인이 지구단위계획 변경용역과 관련하여 쟁점용역을 제공받은 것을 확인하고 이를 토지 관련 매입으로 보아 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2013.3.14. 청구법인에게 2012년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하고, 2012년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급신고세액에서 차감하여 경정·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2013.4.15. 이의신청을 거쳐 2013.7.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점용역은 계획수립이나, 구역지정을 목적으로 한 것이 아니라 쟁점토지가 이미 특별관리구역2로 지정된 상태이고 그 토지에 대한 건축계획도 호텔용도로 확정되었던 상태에서, 건축물의 용도에 업무시설을 추가하여도 개발사업 시행에 지장이 없는지 여부를 심의하여 지장이 없다면 건출물의 용도를 변경해 달라는 내용으로 쟁점용역으로 인하여 숙박시설 외 업무시설이 추가되었을 뿐만 아니라 쟁점용역의 결과물이 건축물의 본설계 및 건축허가를 위한 직·간접적인 기초자료로 사용되었으므로 쟁점용역은 토지와 건물에 공통되는 용역으로 보아 쟁점매입세액을 공통매입세액 안분계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인이 제시한 쟁점용역에 대한 계약서, 지주공동사업 계약서 등을 살펴보면, 쟁점용역은 쟁점토지에 대한 개발계획 및 지구단위계획 변경, 제 영향평가 변경 등을 위한 것이고, 쟁점토지에 대한 지구단위계획 변경이 승인되면 청구법인이 토지비를 지급 후 쟁점토지와 관련된 모든 명의를 청구법인으로 변경하여 청구법인이 주관하여 쟁점토지의 개발사업을 진행하는 것으로 확인되며, 쟁점토지에 대한 지구단위계획 변경 승인으로 쟁점토지에 숙박시설 이외에 업무시설을 건축할 수 있게 되어 쟁점토지의 가치가 현실적으로 증가된 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 공제하지 아니한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입세액을 토지 관련 매입세액에 해당하는 것으로 보아매입세액을 불공제한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(2) 부가가치세법 시행령

제60조【매입세액의 범위】 ⑥ 법 제17조제2항제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

제61조【매입세액의 안분계산】 ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액/총공급가액)

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

제61조의2【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다. (각호 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 이의신청결정서, 부가가치세 경정결의서 등에 의하면, 다음의 사실이 확인된다.

(가)청구법인이 쟁점용역의 매입과 관련하여 쟁점거래처로부터 수취한 매입세금계산서로서 처분청에서 토지 관련 매입세액으로 불공제한 내역은 다음과 같고,

(OO : O)

(나) 청구법인은 2012.4.4. 쟁점거래처와 ‘OOO지원단지(특별계획구역2) 개발계획 및 실시계획 변경 용역’(쟁점용역) 계약을 체결하였고, 계약서의 주요 내용은 다음과 같고,

건축물 설계계약서 사본에 의하면, 청구법인은 2012.7.5. 주식회사 OOO건축사사무소와 쟁점토지에 대한 건축물 설계계약을 체결하였으며, 처분청은 주식회사 OOO건축사사무소 건축물 설계용역에 대한 매입분 계약서, 대금증빙 등에 실제 매입한 사실이 확인하여 매입세액 공제를 해준 것으로 나타난다.

(다) OOO이 2012.8.27. 고시한 「OOO지원단지 시가지조성사업 실시계획(변경) 승인고시」(OOO고시 제2012-204호)에 따르면 쟁점토지에 대한 상업용지에 관한 지구단위계획 변경내역(표1)과 특별계획구역에 관한 지구단위계획 중 도시관리계획 변경내역(표2) 등은 다음과 같다.

(OO) OOOOO OO OOOOOO(OOOO OOOO) OO OO

(3) 청구법인은 쟁점용역은 계획수립이나, 구역지정을 목적으로 한 것이 아니라 쟁점토지가 이미 특별관리구역2로 지정된 상태이고 그 토지에 대한 건축계획도 호텔용도로 확정되었던 상태에서, 건축물의 용도에 업무시설을 추가하여도 개발사업 시행에 지장이 없는지 여부를 심의하여 지장이 없다면 건출물의 용도를 변경해 달라는 내용으로 쟁점용역으로 인하여 숙박시설 외 업무시설이 추가되었을 뿐만 아니라 쟁점용역의 결과물이 건축물의 본설계 및 건축허가를 위한 직·간접적인 기초자료로 사용되었으므로 쟁점용역은 토지와 건물에 공통되는 용역으로 보아 쟁점매입세액을 공통매입세액 안분계산하여야 한다는 주장이다.

(4)살피건대, 쟁점토지는2009.6.10.이미 특별관리구역2로 지정된 상태이고 그 토지에 대한 건축계획도 호텔용도로 확정되었던 것으로 나타나는 점, 쟁점용역의 구체적 내용을 보면, 쟁점토지위에 당초 예정되었던 호텔의 일부를 업무시설(오피스텔)로 변경하여 건설하는 경우를 가정하여 지구단위계획이나 「건축법」에 정한 건축기준에 맞추어 건축하겠다는 건축계획서 작성용역 등으로, 구체적으로는 건축계획을 변경(업무시설 추가)하여 건축할 때에 건물 내외부의 교통 흐름을 예측하고 이를 원활하게 하기 위한 대책을 담은 교통처리계획서, 건축계획을 변경(업무시설 추가)하여 건축하는 경우 대기질, 수질, 토지이용, 친환경적 자원순환, 소음진동 기준에 미치는 영향과 그에 대한 대책 환경보전방안검토서, 호텔과 업무시설(오피스텔)의 건축물이 준공된 경우를 가정하여 건물 내부에서 외부를 보는 조망과, 건물 외부 여러곳에서 건물을 바라볼 때의 조망 및 스카이라인을 시뮬레이션하는 경관계획서, 건축계획 변경(업무시설 추가)에 따라 증가할 급수수요와 오수배출량을 추가하여도 기존의 인천공항배후지원단지 기반시설공사 실시설계상의 시설용량보다 작으므로 별도의 기반시설 확충 없이도 건축계획변경이 가능하다는 기반시설용량검토서 등으로 이루어진 점, 쟁점용역 수행이후 인천광역시경제자유구역청장이 2012.8.27. 쟁점토지의 권장용도를 기존 숙박시설에서 업무시설로 변경하는 승인고시 및 건축허가서를 발행한 것으로 나타나는 점 등을 감안하면, 쟁점용역은 쟁점토지와 관련한 것이라기 보다는 건축물의 본설계 및 건축허가를 위한 직·간접적인 기초자료로도 활용되는 용역으로 봄이 합리적이라 할 것이다(조심 2009구3953, 2010.12.1., 조심 2011서1274, 2012.4.27. 참조).

따라서, 처분청은 쟁점용역과 관련하여 청구법인이 주식회사 OOO로부터 수취한 공급가액 OOO원의 세금계산서의 매입세액을 토지와 건물의 공통매입세액과 관련된 것으로 하여 안분계산함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.