2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 6. 14. 원고에 대하여 한 2008년 1기분 부가가치세 4,751,270원, 2008년 2기분 부가가치세 22,748,030원, 2009년 1기분 부가가치세 62,530,310원, 2009년 2기분 부가가치세 85,474,470원, 2010년 1기분 부가가치세 43,846,740원, 2010년 2기분 부가가치세 6,219,330원의 부과처분을 각 취소한다(청구취지 변경신청서의 청구취지 중 처분일 '2013. 6. 15.'는 '2013. 6. 14.'의 오기로 보이고, 각 부가가치세액의 원단위는 절사한다).

"가. 원고는 'OOOO OO'라는 상호로 의약품 수출입업을 영위하는 사업자로서, 2007. 9. 10. 주식회사 OO홀딩스(이하 'OO홀딩스'라 한다)와 사이에 의약품 수출대행계약을 체결하였다.",나. 원고는 OO홀딩스로부터 의약품을 공급받아 러시아, 우즈베키스탄, 카자흐스탄 등 해외 거래처에 의약품을 공급하고, 2008년 1기부터 2010년 2기까지의 부가가치세 과세기간(이하 '이 사건 과세기간'이라 한다) 동안 수출대금에서 OO홀딩스에게 지급할 물품대금, 해외중개인에게 지급할 해외중개수수료를 제하고 남은 금액을 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법'이라 한다) 제11조 제1항 제1호에 따른 수출하는 재화의 공급대가로 보아 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였다.

다. OO세무서장은 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 원고가 이 사건 과세기간 동안 해외 거래처에게 의약품을 공급한 거래(이하 '이 사건 거래'라 한다)는 원고가 내국법인인 OO홀딩스에 수출대행용역을 제공한 것으로 국내용역거래였다는 사실을 확인하고, 관련 경정결의서를 피고에게 통보하였다.

라. 피고는 2013. 6. 14. 원고에게 이 사건 물품의 공급에 대하여 영세율 적용을 배제하여, 2008년 1기분 부가가치세 16,349,510원, 2008년 2기분 부가가치세 22,897,550원, 2009년 1기분 부가가치세 109,867,350원, 2009년 2기분 부가가치세 91,880,990원, 2010년 1기분 부가가치세 104,745,540원, 2010년 2기분 부가가치세 11,992,940원을 경정・고지하였다.

마. 원고는 각 처분에 불복하여 OO지방국세청장에게 이의신청을 제기하였고, OO지방국세청장은 2013. 10. 25. '원고가 OO홀딩스와의 거래에 대하여 영세율 적용 여부와 과세표준에 대한 대금의 흐름과 물품공급 계약 관계 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라'는 취지의 재조사결정을 하였다.

바. OO세무서장은 위 재조사결정에 따라 이 사건 거래금액을 재경정하여 피고에게 통보하였고, 피고는 2013. 12. 19. 원고에 대하여 한 당초 처분에서 2008년 1기분 부가가치세 4,751,270원, 2008년 2기분 부가가치세 22,748,030원, 2009년 1기분 부가가치세 62,530,310원, 2009년 2기분 부가가치세 85,474,470원, 2010년 1기분 부가가치세 43,846,740원, 2010년 2기분 부가가치세 6,219,330원으로 감액하는 재경정처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 3. 16. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2014. 12. 8. 기각되었다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 단순히 OO홀딩스에 수출대행용역을 제공한 것이 아니라, 해외 거래처와 사이에 직접 의약품 수출계약을 체결한 이 사건 거래의 당사자이다. 따라서 이 사건 거래는 영세율 적용대상에 해당되므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2007. 9. 10. OO홀딩스와 사이에 다음과 같은 내용의 수출대행계약을 체결하였다.

수출대행계약서

제1조(목적)

OO홀딩스와 원고는 본 계약을 바탕으로 계약 지역으로의 수출 대행을 체결하며, 계약 지역 내의 거래처와의 수출대금 입금 및 지불 관련하여 업무를 진행한다.

제2조(대금지불)

가. 원고는 OO홀딩스에게 선적 전 물품대금을 선지급한다.

나. 원고가 거래처로부터 물품대금을 받아 OO홀딩스에게 지불한 대금과의 차액은 원고의 중개수수료로 산정한다.

다. OO홀딩스와 원고는 수출 건 별로 별도의 커미션을 산정할 경우 커미션 금액은 통상적으로 OO홀딩스의 매출금액의 5%로 산정한다.

제3조(의무사항)

가. 원고는 OO홀딩스에게 판매영역 내의 시장정보 및 업체에 대한 정보를 제공하고, 원고와 OO홀딩스는 거래처가 각 판매영역 내에서 독점계약 및 판매가 이루어지도록 최선을 다하여 협력하도록 한다.

나. 원고가 OO홀딩스에게 추가적으로 업체를 소개 및 선정할 경우 부속합의서에 업체명을 명시하여 원고의 권리를 보호하는데 동의한다.

다. OO홀딩스는 본 계약이유효한 기간 동안 원고가 소개한 업체에게 제3자를 통하여 계약을 진행 또는 물품을 공급 및 판매할 수 없다.

라. OO홀딩스와 업체 간에 발생한 문제로 거래가 이루어지지 않을 경우, 계약이 종료되었다고 하더라도 향후 OO홀딩스가 동일한 업체를 접촉할 시는 반드시 원고의 동의를 얻어야 한다.

제4조(계약기간)

가. 본 계약의 기간은 원고가 소개한 업체와 OO홀딩스의 계약이유효한 동안 존속되는 것을 원칙으로 하여 본 계약서의 유효기간은 5년으로 한다.

2) 원고는 2008. 1. 2. OO홀딩스와 사이에 물품공급계약을 체결하였는데, OO홀딩스가 운송지역까지의 물류비용 및 운송책임을 지고, 제품하자에 대한 반품 및 금전배상을 하는 것을 그 내용으로 하고 있다.

3) 이 사건 거래의 수출신고필증의 수출화주와 수출대행자는 OO홀딩스로 되어 있고, OO홀딩스도 이 사건 거래에 대해 수출실적명세서를 작성하여 매출 신고하여 왔다.

4) 이 사건 거래 당시 원고가 해외 거래처로부터 받은 주문서에는 공급자 (Supplier)가 "OOOOOO"로, 생산자(Manufacturer)가 "OOOOOOOOO 으로 기재되어 있다.

인정근거갑 제7호증, 을 제5 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 구 부가가치세법 제11조 제1항 1호는 수출하는 재화의 공급에 대하여는 영세율을 적용한다고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 부가가치세법 시행령'이라 한다) 제24조 제1항은 법제11조 제1항 제1호에 따른 수출은 내국물품을 외국으로 반출하는 것(1호)을 말하거나 국내의 사업장에서 계약과 대가수령 등 거래가 이루어지는 것으로서 중계무역 방식의 수출(가목), 위탁판매수출(나목), 외국인도수출(다목), 위탁가공무역 방식의 수출(라목), 원료를 대가 없이 국외의 수탁가공 사업자에게 반출하여 가공한 재화를 양도하는 경우에 그 원료의 반출(마목)에 해당하는 것(2호)을 의미한다고 규정하고 있으며, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제3항 제1호는 법 제11조 제1항 제1호에 의하여 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세예정신고서에 기획재정부령이 정하는 수출실적명세서의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

한편, 부가가치세를 부과함에 있어 공급가액에 대한 입증책임은 과세관청에 있지만, 영세율이 적용되는 수출하는 재화에 해당한다는 사유는 납부 내지 환급세액 결정에 예외적으로 영향을 미치는 특별한 사유에 속하므로 그에 대한 주장・입증책임은 납부세액을 다투는 납세의무자에게 있다고 봄이 타당하다.

2) 이 사건에 관하여 보건대, 해외 거래처의 주문서상 공급자 명의가 원고로 되어 있는 사실은 앞서 본 바 있으나, 위 인정사실, 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 수출대행계약에 의하여 수출을 할 때에는, 수출의 주체가 되는 수출대행위탁자가 재화의 공급에 대한 영세율을 적용받고, 국내법인에게 수출알선용역을 제공한 수출대행업자는 단순히 국내에서 제공하는 용역에 불과하여 영세율이 적용되지 않는 점, ② 원고는 OO홀딩스와 사이에, 원고가 해외 거래처로부터 받은 물품대금과 OO홀딩스에게 지불한 물품대금과의 차액을 중개수수료로 산정하고 추가 커미션은 OO홀딩스의 매출에 따라 결정하는 것을 내용으로 하는 수출대행계약을 체결한 점, ③ 원고도 위 수출대행계약에 따라 해외에서 들어온 외화송금액에서 OO홀딩스에 물품대금으로 지급한 금액과 해외중개수수료를 제외하고 남은 금액만을 매출로 산정하여 부가가치세를 신고한 점, ④ OO홀딩스는 이 사건 거래대상 물품에 대하여 운송지역까지의 물류비용을 부담하고 운송책임을 지며 제품하자에 대한 반품 및 금전배상을 부담하도록 되어 있는바, OO홀딩스의 책임 하에 수출이 이루어졌던 점, ⑤ 영세율이 적용되는 부가가치세 신고 시 수출실적명세서를 제출하도록 되어 있는데, 이 사건 거래의 수출신고필증에는 수출화주와 수출대행자가 OO홀딩스로 되어 있고, OO홀딩스는 위 수출신고필증상의 수출신고번호가 적힌 수출실적명세서를 통해 매출신고를 하여온 점 등에 비추어 보면, 갑 제7 내지 9호증의 각 기재만으로는 원고가 이 사건 거래의 직접 당사자로서 재화를 수출하였다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서, 이 사건 거래가 수출하는 재화와 관련된 것이 아닌 것으로 보아 부가가치세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.