[2] 갑 주식회사가 시장정비사업을 추진하면서 사업구역 내 토지의 대부분을 소유한 을 주식회사의 주식인수를 위해 지출한 컨설팅대금에 대한 매입세액을 공제하여 부가가치세 환급신청을 하였는데, 과세관청이 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 에서 정한 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’에 해당한다는 이유로 거부한 사안에서, 제반 사정에 비추어 컨설팅대금 지출에 사업 관련성이 있고, 그에 대한 매입세액은이 위 규정상 불공제대상 매입세액에 해당하지 않는다는 이유로, 이와 달리 본 원심판결에 법리오해의 위법이 있다고 한 사례

[2] 갑 주식회사가 시장정비사업을 추진하면서 사업구역 내 토지의 대부분을 소유한 을 주식회사의 주식인수를 위해 지출한 컨설팅대금 25억 원에 대한 매입세액을 공제하여 부가가치세 환급신청을 하였는데, 과세관청이 위 매입세액이 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제17조 제2항 제2호 에서 정한 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’에 해당한다는 이유로 거부한 사안에서, 제반 사정에 비추어 갑 회사가 시장정비사업을 추진하기 위해서는 사업구역 내 토지의 대부분을 소유한 을 회사를 인수할 필요가 있어 그 주식인수를 위한 컨설팅대금 지출은 위 사업에 필요한 것으로서 사업 관련성이 있으므로, 그에 대한 매입세액은 법 제17조 제1항 , 제2항 제2호 에서 정한 불공제대상 매입세액에 해당하지 않는다는 이유로, 이와 달리 본 원심판결에 법리오해의 위법이 있다고 한 사례.

1. 원고의 상고이유에 대하여

가. 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제17조 제1항 은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 ‘자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급 및 재화의 수입에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액’으로 하도록 규정하고, 같은 조 제2항 제2호 는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 규정하고 있다.

나. 원심은 그 채택 증거를 종합하여, ① 원고는 재래시장인 서울 동대문구 (주소 생략) 일대의 동부청과시장 부지에 주상복합건물을 신축·판매하는 내용의 시장정비사업(이하 ‘이 사건 시장정비사업’이라 한다)을 추진하는 계획을 수립한 다음, 이 사건 시장정비사업구역 내 토지면적의 75.6%를 소유하고 있는 동부청과 주식회사(이하 ‘동부청과’라 한다)의 주식인수에 필요한 자문을 제공받기 위하여 2006. 8. 7. 주식회사 씨썬이엔씨(이하 ‘씨썬이엔씨’라 한다)와 이 사건 컨설팅계약을 체결하고, 2007. 1. 5. 그 용역대금으로 25억 원(이하 ‘이 사건 컨설팅대금’이라 한다)을 지급한 사실, ② 이 사건 컨설팅계약에 따른 씨썬이엔씨의 주요 업무는 인수대상 기업의 정보수집·분석·평가 및 선정을 위한 자문, 인수대상 기업 주주와의 교섭 및 투자의향서 작성을 위한 자문, 기타 인수의 성공적 종료를 위하여 필요하다고 인정되는 각종 자문 등인 사실, ③ 동부청과는 약 67명의 주주가 820주 정도를 거의 균등하게 보유하고 있었는데, 2003년경부터 자체적인 시장개발계획을 추진하다가 2005년경 개별 주주의 주식을 매각하는 방식으로 시장개발을 하기로 방침을 정하였고, 이에 따라 2006. 4.경부터 여러 개발사업시행업체가 동부청과에게 주식 등의 매도를 제의한 사실, ④ 원고는 이 사건 컨설팅계약에 의한 자문을 거쳐 동부청과의 주식을 인수한 다음, 2006. 12. 29. 동부청과와 사이에 이 사건 시장정비사업에 관하여 사업승인신청 전의 제반 업무 및 소요자금조달, 사업과 관련된 인허가 업무 등 실질적인 업무 일체를 원고가 수행하되, 사업주체는 동부청과와 공동명의로 하기로 하는 내용의 공동사업약정을 체결한 사실 등을 인정하였다.

원심은 이러한 사실관계에 기초하여, 이 사건 컨설팅대금은 이 사건 시장정비사업 자체의 추진을 위하여 직접 필요한 것이라기보다는 원고가 이 사건 시장정비사업 추진과정에서 지배적 지위를 확보하고 아울러 사업수익의 증대방안을 모색하기 위한 사업기반의 조성을 위하여 투입한 비용에 지나지 아니하여 이 사건 시장정비사업과 직접 관련이 있다고 볼 수 없으므로, 그에 대한 매입세액은 법 제17조 제2항 제2호 에서 규정한 불공제대상 매입세액에 해당한다는 취지로 판단하였다.

다. 그러나 원심의 판단은 아래와 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

(1) 현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다. 이러한 구조 하에서 법 제17조 는 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 제1항 에서 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될’ 재화 또는 용역의 공급이나 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에 두고 있으며, 같은 조 제2항 제2호 에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 들고 있는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’은 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해된다 ( 대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결 등 참조).

따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 법 제17조 제1항 , 제2항 제2호 에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것이고, 여기에서 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다 .

(2) 원심판결 이유 및 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, ① 동부청과는 이 사건 시장정비사업구역 내 토지면적의 약 75%를 소유하고 있어 원고로서는 이 사건 시장정비사업을 시행하기 위해서는 동부청과의 동의가 필수적이었던 사실, ② 그런데 동부청과는 60여 명의 주주들이 거의 균등한 비율로 주식을 보유하는 한편 그 주주들이 동부청과로부터 점포를 임차하여 운영하거나 이를 제3자에게 전대하는 등 이해관계가 복잡하게 얽혀 있었던 사실, ③ 동부청과의 주주들은 2003년경부터 자체적인 시장개발계획을 추진하였으나, 개발비용조달 및 시장 휴장 등의 문제에 관하여 주주들 및 입점 상인들의 의견이 일치하지 아니하여 2005년경 이를 중단하는 대신 주식을 매각하여 새로운 주주들로 하여금 시장개발을 하도록 하는 방침을 세웠고, 이에 따라 시장정비사업을 추진하려는 개발사업시행업체들이 동부청과 주식의 인수를 위한 경쟁을 벌이게 되었던 사실, ④ 이에 원고도 동부청과의 주식을 인수하여 이 사건 시장정비사업을 추진하기로 계획을 세우고 이 사건 컨설팅계약에 의한 자문 등을 거쳐 2006. 12. 28.까지 동부청과의 주주 55명으로부터 주식을 인수하고, 그 다음날인 2006. 12. 29. 동부청과와 이 사건 시장정비사업을 공동으로 시행하는 내용의 공동사업약정을 체결한 사실, ⑤ 그 후에도 원고는 주식인수를 계속하여 동부청과의 주식을 2006. 12. 31. 기준으로 89.55%, 2007. 12. 31. 기준으로 95.52%를 소유하게 되었는데, 동부청과의 주주들로부터 주식을 인수하면서 주주들과 동부청과 사이의 임대차계약에 따른 주주들의 임차인 지위 및 주주들과 입점 상인들 사이의 전대차계약에 따른 주주들의 전대인 지위도 아울러 인수한 사실 등을 알 수 있다.

이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 시장정비사업을 추진하기 위해서는 이 사건 시장정비사업구역 내 토지면적의 대부분을 소유하고 있던 동부청과의 주식을 인수할 필요가 있었던 것으로 보이므로, 그 주식인수를 위한 이 사건 컨설팅대금의 지출은 이 사건 시장정비사업의 수행에 필요한 것으로서 사업 관련성이 있어 그에 대한 매입세액은 법 제17조 제1항 , 제2항 제2호 에서 규정한 불공제대상 매입세액에 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.

그럼에도 원심은 그 판시와 같은 이유로 이 사건 컨설팅대금이 이 사건 시장정비사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당하여 그에 대한 매입세액은 법 제17조 제2항 제2호 에서 규정한 불공제대상 매입세액에 해당한다고 판단하였으니, 이러한 원심의 판단에는 법 제17조 제1항 , 제2항 제2호 에서 규정한 불공제대상 매입세액에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다.

2. 피고의 상고이유에 대하여

법 제17조 제2항 제4호 는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’을 들고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라 한다) 제60조 제6항 은 “ 법 제17조 제2항 제4호 에서 ‘대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.”고 규정하면서, 그 제1호 에서 ‘토지의 취득 및 형질변경, 공장 부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’을, 그 제3호 에서 ‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’을 들고 있다.

원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 각 용역계약의 내용에는 이 사건 시장정비사업구역에 대한 균형발전촉진지구 지정을 위한 내용이 포함되어 있었으나, 이 사건 각 용역계약에 따라 실제로 제공된 용역은 이 사건 시장정비사업 시행을 위한 업무대행용역이었을 뿐 균형발전촉진지구 편입을 위한 용역은 포함되지 않은 점, 이 사건 시장정비사업구역은 용도구역의 변경 없이도 원고가 신축하려 한 주상복합건물의 용적률 및 주상비율을 충족할 수 있었던 점 등을 종합하면, 이 사건 각 용역계약에 따른 매입세액은 법 제17조 제2항 제4호 , 시행령 제60조 제6항 에서 규정한 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는다고 판단하였다.

앞서 본 관련 법령규정과 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 피고가 상고이유에서 주장하는 바와 같은 법 제17조 제2항 제4호 , 시행령 제60조 제6항 에서 규정한 토지 관련 매입세액에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

3. 결론

그러므로 원고의 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하며, 피고의 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.