2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

다음 사실은 갑 제1호증, 제3호증의 2, 3, 7 내지 10, 을 제1호증의 1, 2, 제2호증의 2 내지 5, 제7호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 금속분말소결제품 제조·판매업 등을 영위하기 위하여 설립된 회사로서 이○○이 40%, 그의 처인 배○○가 60%의 주식을 보유하고 있고, 주식회사 ○○클릭(이하 '○○클릭'이라 한다)은 인터넷쇼핑몰 운영 등의 사업을 영위하기 위하여 설립된 회사로서 이○○이 37.64%의 주식을 보유하고 있어 원고와 사이에 법인세법 소정의 특수관계에 있던 자이며, 주식회사 ○○(이하 '○○'이라 한다)은 금속분말 제조·판매업 등을 영위하기 위하여 설립된 회사로서 위 배○○의 오빠인 배○○이 98.6%의 주식을 보유하고 있다.

나. 원고는 2000. 6.부터 2001. 10.까지 사이에 ○○클릭으로부터 금속분말을 매입하였다는 내용의 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 기초로 하여 2000 및 2001 사업연도 귀속 법인세와 2000년 제1, 2기분 및 2001년 제1, 2기분 부가가치세의 신고를 하였다.

다. 그 후 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 원고가 ○○클릭의 매출실적을 부풀리기 위한 방편으로 2000. 6.부터 2001. 10.까지 사이에 실제로는 ○○으로부터 직접 금속분말을 매입하였으면서도 ○○클릭으로부터 금속분말을 매입하는 내용의 이 사건 세금계산서를 교부받았고 그 과정에서 실제 공급자인 ○○에게 지급할 금속분말 매입대금의 2% 상당액을 ○○클릭에게 추가로 지급한 사실이 적발되었다는 이유로, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없는 가공의 세금계산서인 것으로 보아 이 사건 세금계산서의 공급가액(2000년 제1기분 합계 10,020,000원, 2000년 제2기분 합계 57,117,800원, 2001년 제1기분 합계 64,589,100원, 2001년 제2기분 합계 24,653,200원)을 2000년 제1, 2기분 및 2001년 제1, 2기분 부가가치세의 애입세액으로서 공제하지 아니하기로 함과 아울러 원고가 특수관계자인 ○○클릭에게 실제 금속분말 매입대금의 2% 상당액(2000 사업연도분 합계 13,164,274원, 2001 사업연도분 합계 17,498,490원)을 증액하여 지급한 행위가 법인세법 소정의 부당행위계산부인의 대상에 해당하는 것으로 보아 위 지급금액을 2000 및 2001 사업연도 귀속 법인세의 손금에 산입하지 아니하기로 하여, 2003. 6. 10. 원고에게 부가가치세(가산세 포함) 2000년 제1기분 18,286,500원, 2000년 제2기분 100,268,550원, 2001년 제1기분 107,613,540원, 2001년 제2기분 39,172,850원 및 법인세(가산세 포함) 2000 사업연도 귀속분 13,081,400원(○○클릭에 대한 위 지급금액 외에도 해외출장비, 복리후생비 등 항목의 금액이 함게 손금불산입됨에 따라 산출된 세액이다). 2001 사업연도 귀속분 6,769,450원을 각 부과·고지하는 이 사건 각 처분을 하였다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2000. 6.부터 2001. 10.까지 사이에 실제로 ○○클릭으로부터 전자상거래의 방법으로 금속분말을 매입하였으므로 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 가공의 세금계산서로 볼 수는 없고 또 원고가 ○○클릭에게 지급한 금속분말 매입대금의 액수가 경제적 합리성을 결여한 것으로 볼 수는 없으므로, 피고의 이 사건 각 처분은 위법핟.

나. 관련 법령

다. 인정 사실

다음 사실은 갑 제2, 4, 10호증, 제11호증의 1, 2, 을 제3, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있고, 이에 반하는 갑 제8호증의 1 내지 24, 제9, 13호증, 을 제4호증의 각 기재와 증인 이○○, 이○○, 임○○의 각 증언은 믿기 어렵거나 그것만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하며 달리 반증이 없다.

(1) 원고는 ○○으로부터 금속분말을 매입하는 거래를 하여 왔는데, ○○클릭의 매출액을 부풀림으로써 ○○클릭의 코스닥 등록을 용이하게 하기 위하여 실제로는 2000. 6.경부터 2001. 10.경까지 사이에 ○○에게 직접 금속분말의 공급을 주문하여 ○○으로부터 금속분말을 공급받으면서도 그 대금은 ○○클릭의 은행예금계좌를 거쳐서 ○○의 은행예금계좌로 송금하는 방식으로 지급하였고, ○○클릭의 은행예금계좌로 송금을 함에 있어서는 웰컴클릭의 은행예금계좌에서 ○○의 은행예금계좌로 송금되는 금액보다 2% 상당액이 더 많은 금액을 송금하였다.

(2) ○○클릭은 2001. 11. 9. 이○○에게 양도되었고, 2002. 6. 30. 폐업되었다.

라. 판단

위 인정 사실에 의하면, 원고가 ○○클릭으로부터 금속분말을 매입하는 내용의 이 사건 세금계산서는 실물거래 없는 가공의 거래에 기한 것으로서 사실과 다르게 기재된것이므로 그 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없는 것이고, 또 원고와 ○○클릭 사이의 금속분말 거래가 위와 같이 가공의 거래인 이상 원고가 특수관계자인 ○○클릭에 게 ○○으로부터의 금속분말 매입대금의 2% 상당액을 증액 지급한 행위는 ○○클릭에게 이익을 주는 반면 원고로서는 그에 상응하는 손실을 입게 됨이 명백한 경우이어서 이는 법인세법시행령 제46조 제2항 제9호 소정의 이익분여행위로서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당하여 부당행위계산부인의 대상이 되므로 원고가 ○○클릭에게 증액 지급한 금속분말 매입대금의 2% 상당액은 손금에 산입될 수 없는 것이어서(설사 원고의 위 행위가 부당행위계산부인의 대상에 해당하지 아니한다고 하더라도 원고와 ○○클릭 사이의 금속분말 거래가 가공의 거래인 이상 원고가 ○○클릭에게 증액 지급한 위 금속분말 매입대금의 2% 상당액은 매출원가에 포함될 수 없는 것이므로 역시 손금에 산입될 수 없는 것이다), 원고의 위 주장은 이유 없다.

따라서 피고의 이 사건 각 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.