가. 청구인과 배우자OOO는 2017.10.18. 주택재개발사업지구 내 철거 예정인 OOO 토지 73.7㎡ 및 건물 126.48㎡(공가, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 매매에 의하여 공동명의로 취득하고, 그 취득가액OOO에 「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40, 이하 “일반세율”이라 한다)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

나. 행정안전부는 2018.1.2. ‘재개발ㆍ재건축 구역 멸실 예정 주택 적용기준 보완’ 문서(지방세운영과-1, 이하 “이 건 문서”라 한다)를 각 지방자치단체에 발송하여 「도시 및 주거환경 정비법」에 따른 재개발·재건축 사업이 진행되고 있는 경우 “주택의 건축물이 사실상 철거·멸실된 날”을 기준으로 주택 여부를 판단하도록 하였고, 그 적용시기를 2018.1.1. 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용하도록 하였다.

다. 청구인은 이 건 부동산에 대한 취득세율이 일반세율이 아닌 「지방세법」제11조 제1항 제8호의 세율(1천분의 10, 이하 “주택세율”이라 한다)을 적용하여야 한다는 취지로 2018.8.7. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2018.10.5. 거부통지를 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2018.12.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「지방세기본법」제20조 제3항에서 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있는 것은 비과세 관행 존중의 원칙이라고 하는 것으로, 처분청이 주장의 근거로 삼은 대법원 판례(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결)는 납세자의 신뢰보호를 위해 종전의 바과세 관행(비록 종전의 해석이나 관행이 잘못된 것이라고 할지라도)을 존중해서 새로운 해석이나 관행에 따라 소급하여 과세하지 않겠다는 것이지, 종전의 잘못된 해석이나 관행으로 과세한 것을 계속 유지하겠다는 과세 관행 존중의 원칙이 아닌 것이고, 이 건 문서가 시행되기 전의 유권해석이 적법하지 아니한 경우에는 종전의 유권해석의 내용이나 새로운 유권해석의 존재 여부 및 그 적용시기에 불구하고 「지방세법」에 따른 적법한 취득세율을 적용하여야 한다.

「지방세법」제11조 제1항 제8호에서 ① 주택법 제2조 제1호에 따른 주택으로서 ② 건축법에 따른 건축물대장 또는 부동산등기법에 따른 등기부에 주택으로 기재되고 ③ 건축물의 용도가 주거용으로 사용하는 건축물과 그 부속토지를 취득하는 경우에는 주택 취득세율을 적용하도록 규정하고 있는바, 이 건 부동산은 ① 주택법의 정의에 부합하고 ② 건축물대장과 부동산등기부에 주택으로 기재되어 있으며 ③ 건축물의 용도가 주거용임이 확인되어 「지방세법」제11조 제1항 제8호에 따른 주택 취득세율의 적용 요건을 모두 충족하고 있음에도 불구하고 행정안전부가 종전의 유권해석에서 단전·단수 등이 이루어져 사실상 주택의 기능을 상실한 경우에는 주택 취득세율 적용을 배제하도록 한 것은 조세법률주의에 위반한 자의적 유추해석이며 재개발·재건축 구역 외의 주택과의 형평성에도 맞지 않아 타당하지 않으므로 이 건 부동산에 대하여는 주택세율이 적용되어야 한다.

또한, 행정안전부가 작성한 이 건 문서(지방세운영과-1, 2018.1.2.)에서 취득세율을 일반세율로 적용하라는 기존 유권해석을 주택세율로 변경하라고 한 것은 기존 유권해석이 타당하지 않았음을 스스로 인정한 것으로 행정안전부의 과실 및 일관되지 못한 해석으로 인한 혼선을 납세자에게 전가하는 것은 과세의 형평 및 과세체계 일관성에 맞지 않고 납세자의 재산권이 부당하게 침해되어 재산상 손실이 발생하였으며, 행정안전부의 주택 적용기준에 대한 혼선으로 인해 동일한 조건임에도 불구하고 주택을 구입한 시기에 따라 청구인 등 일부 납세자만이 일반세율의 취득세를 납부하게 하는 것은 형평과세에 맞지 아니하므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하여 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「지방세기본법」제20조 제1항에서 이 법 또는 지방세관계법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 목적에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있으며, 「지방세기본법 기본통칙」20-2에서 이 법 또는 「지방세관계법」의 새로운 해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다고 규정하고 있는바, 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하는 것(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결 등 참조)으로, 행정안전부는 이 건 문서에 따라 종전과 다른 해석을 하면서 그 적용시기를 2018.1.1. 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다고 하였고, 「지방세기본법」제20조 제3항과 「지방세기본법 기본통칙」20-2에 따라 종전의 세법 해석은 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것으로서 정당한 것이었다고 할 것인바, 청구인이 2017.10.18. 이 건 부동산을 취득하여 취득 당시 주택으로서의 외형을 갖추고 있다고 하더라도 이미 거주자가 이주하고 단전․단수가 이루어졌다면 이 건 부동산은 취득 당시의 법령 및 유권해석 등으로 인해 주택세율 적용대상이 아니라 할 것이고, 이후 유권해석이 변경되었더라도 이미 성립한 조세채권에는 별다른 영향이 없다고 할 것이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

재개발사업지구 내 단전·단수가 된 철거예정 주택의 취득에 대하여 주택 유상거래 세율을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 지방세기본법

제20조(해석의 기준 등) ① 이 법 또는 지방세관계법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 목적에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 지방세를 납부할 의무(이 법 또는 지방세관계법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 지방세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무를 말한다. 이하 같다)가 성립된 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대해서는 의무 성립 후의 새로운 법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.

(2) 지방세법

제11조(부동산 취득의 세율) 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

1. 상속으로 인한 취득

가. 농지 : 1천분의 23

나. 농지 외의 것 : 1천분의 28

2. 제1호 외의 무상취득 : 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.

3. 원시취득 : 1천분의 28

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지: 1천분의 30

나. 농지 외의 것: 1천분의 40

8. 제7호 나목에도 불구하고 유상거래를 원인으로 제10조에 따른 취득 당시의 가액이 6억원 이하인 주택[ 「주택법」 제2조 제1호에 따른 주택으로서 「건축법」에 따른 건축물대장ㆍ사용승인서ㆍ임시사용승인서 또는 「부동산등기법」에 따른 등기부에 주택으로 기재{「건축법」(법률 제7696호로 개정되기 전의 것을 말한다)에 따라 건축허가 또는 건축신고 없이 건축이 가능하였던 주택(법률 제7696호 건축법 일부개정법률 부칙 제3조에 따라 건축허가를 받거나 건축신고가 있는 것으로 보는 경우를 포함한다)으로서 건축물대장에 기재되어 있지 아니한 주택의 경우에도 건축물대장에 주택으로 기재된 것으로 본다}된 주거용 건축물과 그 부속토지를 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 취득하는 경우에는 1천분의 10의 세율을, 6억원 초과 9억원 이하의 주택을 취득하는 경우에는 1천분의 20의 세율을, 9억원 초과 주택을 취득하는 경우에는 1천분의 30의 세율을 각각 적용한다. 이 경우 지분으로 취득한 주택의 취득 당시의 가액은 다음의 계산식에 따라 산출한 전체 주택의 취득 당시의 가액으로 한다.

(3) 주택법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

(4) 「지방세기본법 기본통칙」20-2

이 법 또는 「지방세관계법」의 새로운 해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구인과 그 배우자는 2017.10.18. 주택재개발지역 내의 공가(空家)인 이 건 부동산을 공동으로 취득하고, 그 취득가액OOO에 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.

(나) 이 건 부동산의 일반건축물대장(갑) 및 등기부등본에 의하면, 주구조가 연와조이고, 벽돌조 슬래브지붕의 2층 주택(지하 1층/지상 2층)으로 나타난다.

(다) 행정안전부가 2018.1.2. 각 지방자치단체에 발송한 ‘재개발ㆍ재건축 구역 멸실 예정 주택 적용기준 보완(이 건 문서) 자료의 주요내용은 아래와 같다.