청구법인은 텔레비젼 유선 종교방송을 주 사업목적으로 하는 공익법인으로서 사옥 확보를 위하여 2001.5.24 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 비용을 공동분담하는 조건으로 OOO번지 토지 및 상가(이하 “낙찰부동산”이라 한다)를 낙찰 받았다가, 2002.8.9 낙찰부동산의 토지 위에 공사비를 공동분담하는 것으로 하여 새로운 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하기로 계약서를 체결하였다.

청구법인은 쟁점건물을 신축하면서 「OOO과 소유지분을 각 1/2로 하는 것을 원칙으로 하되 상호 합의로 지분을 증감할 수 있도록 하고 신축의 주체를 OOO으로 하되 OOO의 요청과 결산방식에 따라 대금을 OOO과 시공사의 공동명의로 된 계좌에 입급하기로 약정」한 후 신도들로부터 모금한 3,363,479천원을 2004.6.30까지 불특정 시기에 7차례에 걸쳐 분담금 명목으로 입금하였다.

그러나 청구법인은 청구법인의 지분인 50% 분담금을 채우기가 어려워 2004.12.20 청구법인의 지분을 34%로 줄이기로 OOO과 합의하고 같은날 양측이 공사비를 실사하여 신축건물 공사비를 39,417,766천원으로 확정한 후 이 중 34%에 해당하는 13,380,916천원을 청구법인의 분담금으로 확정하여 같은날 분양계약서를 작성하고 지분등기 경료 후, 신축건물이 이용가능하게 된 2004.12.27 부가가치세를 포함한 10,453,248천원을 OOO에 지급하고 세금계산서를 수취하여 다른 세금계산서와 함께 1,371,563,080원을 환급으로 하는 부가가치세 신고를 하였다.

처분청은 청구법인이 쟁점건물을 취득한 것은 계약금과 중도금을 9회로 분할하여 지급하고 그 기간이 6개월을 초과하였다 하여 이를 중간지급조건부에 의한 재화의 공급으로 보아 완공시점에 일괄 수취한 세금계산서 중 각 거래시기에 수취하지 않은 세금계산서 금액 2,847,674,410원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매입세액을 불공제하고 가산세를 적용하여 2005.3.7 청구법인이 환급신고한 1,371,563,080원에서 340,166,160원을 차감하여 환급결정하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.5.13 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

중간지급조건부 재화의 공급이 성립하려면 계약서 1조에 계약금 납부일자로 되어 있는 2001.9.25에 이미 공급한 부동산 재화의 규모와 그 위치 그리고 공급가액이 확정되어 있어야 하고, 「대가의 각부분을 받기로 한 때」가 정해져 있어야 하는데 2002.6.25에야 신축건물의 총 규모가 정해졌고 준공시점인 2004.12.20경에야 청구법인 지분의 규모 위치 가액 등이 정해져 계약형태를 갖출 수 있었던 것이므로 쟁점건물의 공급시기는 준공시점 이전이 될 수 없으며(2005.9.25에는 공급할 재화가 없고 대가의 각부분을 받기로 한 때가 있을 수 없어 중간지급조건부가 될 수 없으며 재화가 이용가능하게 된 때가 공급시기임), 청구법인은 분양형식을 취했지만 실지로는 공동으로 사옥을 신축하여 지분등기한 것이므로 이를 중간지급조건부로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 신축건물을 취득하면서 계약금과 중도금 등을 9회에 걸쳐 분할하여 지급하였고 그 기간이 6개월을 초과하였으므로 이는 중간지급조건부 재화의 거래에 해당하고 청구법인이 체결한 마지막 분양계약서가 이를 시인하고 있는 점으로 보아 각 거래시기에 세금계산서를 수취하여야 함에도 완공시점에 일괄하여 수취하였으므로 쟁점매입세액을 사실과 다른 세금계산서의 매입세액으로 보아 이 건 환급부인한 처분에는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

공동분담금 형식으로 신축한 건물에 대한 대가를 분할하여 지급한 경우, 이를 중간지급조건부로 보아 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

부가가치세법 제9조【거래시기】② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

부가가치세법시행령 제21조【재화의 공급시기】①법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다.(단서 생략)

4. 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때

부가가치세법시행령 제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다.(단서 생략)

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 제공하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

부가가치세법시행규칙 제9조【재화 또는 용역의 공급시기】영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다

1. 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우

부가가치세법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

부가가치세 기본통칙 9-22-3 【지급시기를 정하지 아니한 통상적인 건설용역의 공급시기】 건설용역을 공급함에 있어 건설공사기간에 대한 약정만 체결하고 대금지급기일에 관한 약정이 없는 경우의 공급시기는 다음 각호와 같다.

1. 당해 건설공사에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때. 다만, 당해 건설용역 제공의 완료여부가 불분명한 경우에는 준공검사일

2. 당해 건설공사의 일부분을 완성하여 사용하는 경우에는 당해 부분에 대한 건설용역의 제공이 완료되는 때. 다만, 당해 건설용역 제공의 완료여부가 불분명한 경우에는 그 부분에 대한 준공검사일

부가가치세 기본통칙 9-22-4 【완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급시기】 사업자가 완성도기준지급 또는 중간지급조건부 건설용역의 공급계약서상 특정내용에 따라 당해 건설용역에 대하여 검사를 거쳐 대가의 각 부분의 지급이 확정되는 경우에는 검사후 대가의 지급이 확정되는 때를 그 공급시기로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 작성한 환급현지확인복명서 및 보충조서(2005.2.23)에 의하면 청구법인과 OOO간에 2001.5.24자에 체결된 최초약정서(이하 “1차 약정서”라 한다)상에는 공급가액과 구체적인 대상물건이 미확정으로 되어 있지만 상가를 확실히 분양받겠다는 계약효력이 있다 할 것이고, 1차 약정서 및 2002.8.9자에 체결된 추가약정서(이하 “추가약정서”라 한다) 내용이 공동사업의 형태로 되어 있지만 청구법인이 출연한 금액이 없어 실질이 공동사업에 해당하지 않으며 완공시 대금을 정산한다는 규정은 건설원가로 분양받기 위한 것으로 보이고, 거래형태를 보면 계약금과 중도금 등을 9회로 분할하여 지급하고 그 기간이 6개월을 초과하므로 중간지급조건부 재화의 거래에 해당하며 청구법인과 OOO간 2004.12.20자에 체결된 분양계약서(이하 “분양계약서”라 한다)에서 이를 시인하고 있는 점으로 보아 각 거래시기에 세금계산서를 수취하지 않은 쟁점금액에 대한 매입세액을 불공제하고 가산세를 적용한 341,720천원을 환급세액에서 차감하여 환급결정코자 한다는 내용이 기재되어 있음을 확인할 수 있다.

(2) 청구법인이 작성한 확인서(2005.2.16)에 의하면 청구법인은 쟁점건물을 분양받으면서 분양계약서와 같이 2001.9.25 계약금 600백만원, 2003.8.29 중도금 1,300백만원, 2003.9.2 중도금 163백만원, 2003.11.19 중도금 540백만원, 2003.12.5 중도금 60백만원, 2004.1.30 중도금 300백만원, 2004.3.18 중도금 500백만원, 2004.6.30 중도금 500백만원을 지급하였으나 거래시기에 세금계산서를 받지 못하고 2004.12.27 일괄하여 세금계산서를 수취하여 부가가치세를 신고하였다는 내용이 기재되어 있음을 확인할 수 있다.

(3) 1차 약정서에 의하면 낙찰부동산에 대하여 아래와 같은 계약조건으로 입찰한 사실을 확인할 수 있다.

제1조(입찰자의 결정) 경매입찰 참가자 명의는 “갑”으로 하고 응찰금액 등 본 경매에 관한 최종결정은 “갑”에게 일임한다.

제2조(낙찰대금의 납부방법 및 절차)

1. 본 경매가 “갑”OOO에게 낙찰될 경우 “을”(청구법인)은 낙찰금액의 10%를 계약금조로 “갑”에게 지불한다.

제3조(대상물건의 소유권자의 확인) 대상물건을 낙찰하여 소유권이전등기를 한 “갑”은 소유지분의 1/2을 “을”에게 이전하여 건물의 소유권을 공동명의로 하기로 하며 모든 경비(낙찰대금, 증개축비용 및 기타경비 포함)는 소유지분 비율(50대 50)에 따라 최종 정산하여 “갑”과 “을”이 분담한다.

제4조(건물의 증·개축 및 운영방안) 대상물건의 증·개축에 따른 설계내역과 건축비의 부담 및 동 건물의 운영방안은 추후 별도 협의한다.

(4) 추가약정서에 의하면 쟁점건물의 건축과 관련하여 아래와 같이 추가로 약정한 사실을 확인할 수 있다.

제2조(건물의 사업주) 사업주체는 “갑”OOO이 담당하고 시공회사 선정 소요자금의 조달업무 일체를 “갑”의 책임으로 시행한다.

제3조(신축 건물의 구조와 소유지분) 신축건물의 소유지분은 50:50을 원칙으로 하되 자금 조달 규모에 따라 상호 합의로 증감할 수 있으며 건물의 구조는 “을”의 방송 용도를 최우선으로 고려하여 설계 반영한다.

제5조(건축 공사비의 지급) “을”은 자기의 책임으로 취득코져 하는 건물 면적에 해당하는 분양금을 “갑”의 요청과 계산방식에 따라 분할 지급한다.

제6조(건축비의 정산과 분양수익의 계산) ①“갑”은 토지의 경매 낙찰 후 동 지상 건물의 철거 비용과 신축건물의 준공까지 일체의 투자비용을 공사원가로 계상하고 “을”의 지분면적에 상응하는 분양수익(분양금 - 공사원가)을 계산하여 “을”에게 지급하는 것을 원칙으로 하고 그 방법과 계산 내용의 확인은 쌍방이 합의하는 방식에 따라 시행한다.

②“갑”, “을” 쌍방은 분양수익의 계산에 있어 “을”이 취득하는 건물 면적의 범위내에서 “을”을 공동사업의 파트너로 인정하여 신의에 따라 성실히 이행할 것을 상호합의하고 분양수익의 계산과 지급에서 쌍방에 손해를 끼치지 아니하는 선택가능한 모든 방법을 검토 시행키로 한다.

(5) 분양계약서에 의하면 아래와 같이 대상재산, 지급된 금액 등이 기재되어 있음을 확인할 수 있다.

재산의 표시 : OOO 토지 999.76㎡ 및 건물 3,023.535㎡

제1조(분양대금 및 납부방법) 분양대금을 14,416,727천원(부가가치세 포함)으로 하며 “을”(청구법인)은 분양대금을 아래와 같이 분할하여 “갑”에게 납부한다.

OOO

(6) 위와 같은 사실관계 하에서 처분청은 위 분양계약서가 계약금을 포함하여 9회에 걸쳐 지급되고 그 기간이 6개월을 초과하여 중간지급조건부에 해당하는 것으로 보아 쟁점금액에 대한 부가가치세의 환급을 거부하였는바 이를 살펴본다.

(7) 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우란, 재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용가능하게 되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우를 가리키므로( 부가가치세법 시행규칙 제9조 제1항 제1호), 부가가치세법시행령 제21조 제1항 제4호 소정의 완성도기준지급조건부와는 달리 재화가 각 대가에 상응하는 비율만큼 완성되지 않더라도 계약이 취소·해제되는 등으로 그 효력을 중도에 상실하는 사정이 없는 한 대가의 각 부분을 받기로 한 때에 공급시기가 도래하여 부가가치세 납부의무가 성립한다고 보아야 하고, 또한 실제로 그 대가를 받았는지 여부는 부가가치세 납부의무의 성립 여부를 결정하는 데 아무런 영향을 미칠 수 없다고 할 것이다OOO.

(8) 이 건의 경우를 살펴보면, 1차 약정서 및 추가약정서에 OOO이 쟁점건물의 신축과 관련된 일체의 업무를 책임지기로 하고 신축 건물의 소유지분은 50대 50으로 하기로 약정하였으며, 쟁점건물의 지분면적에 따라 분양수익을 배분하기로 약정을 하였고, 1차 약정서 및 추가약정서상으로는 청구법인과 OOO간의 지분(50:50)에 대한 합의만이 존재할 뿐 청구법인이 지급한 금액에 대한 대가의 공급시기에 대한 구체적인 합의가 존재하지 아니하였으며, 청구법인이 쟁점건물의 신축과정에서 중도금을 사전에 합의된 약정기일에 지급한 것이 아니라 헌금 등을 통해 자금이 마련되는데로 지급하였고, 청구법인의 자금사정으로 인하여 소유지분이 조정된 점 등을 고려해 볼 때 비록 청구법인이 계약금을 비롯하여 8차에 걸쳐 중도금을 납부한 것으로 OOO과 사이에 분양계약서를 작성하였으나 이는 일반적으로 분양 목적물 및 분양대금 지급일이 확정된 형태의 분양계약이라고 보기는 어려운 것으로 판단된다.

(9) 따라서, 비록 청구법인이 OOO에 쟁점건물에 대한 대가를 계약금 외 8회에 걸쳐 분할하여 지급하고 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월을 초과한다고 하더라도 청구법인이 OOO에 금액을 지급한 때에는 그에 대한 대가의 각 부분이 확정되지 아니하였고 이에 대한 구체적인 약정도 존재하지 아니하였으므로 처분청이 쟁점금액이 중간지급조건부로 지급된 것임을 전제로 하여 동 금액에 대한 매입세액을 불공제하여 환급을 거부한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.