가. 원고는 2012. 7. 19. 주식회사 B(이하 ‘이 사건 집합투자업자’라 한다)와 사이에, 이 사건 집합투자업자는 ‘C’라는 명칭으로 구 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것)(이하 ‘구 자본시장법’이라 한다)상 집합투자기구에 해당하는 투자신탁을 설정하고, 신탁업자인 원고는 투자신탁재산을 보관, 관리하면서 이 사건 집합투자업자의 지시에 따라 투자대상자산을 취득ㆍ처분하되, 부동산을 주된 투자대상자산으로 하며, 수익자는 50인 미만으로 하고, 수익증권을 사모의 방법으로 발행하기로 하는 내용의 신탁계약을 체결하였다

(이하 위 신탁계약을 ‘이 사건 신탁계약’이라 하고, 위 투자신탁을 ‘이 사건 투자신탁’이라 한다). 나.

이 사건 집합투자업자는 이 사건 신탁계약 전에 이 사건 투자신탁의 수익증권을 발행하여 판매하였고, 이 사건 신탁계약 체결 당시 원고에게 수익증권 판매대금을 신탁원본으로 납입하였다.

다. 원고는 2012. 7. 19. 이 사건 투자신탁재산으로 서울 종로구 D 토지 등 12필지 토지 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득하였다. 라.

원고는 2012. 7. 19. 피고에게 이 사건 부동산이 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제4항 제2호(이하 ‘이 사건 감면규정’이라 한다)에서 정하고 있는 ‘구 자본시장법에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산’에 해당한다는 이유로 취득세 등 감면신청을 하였고, 피고는 2012. 7. 20. 원고에게 이 사건 감면규정에 따라 감면율 30%를 적용하여 취득세의 100분의 30에 상당하는 세액 등을 감면한다고 통지하였으며, 원고는...

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