가. 주식회사 미디어네트웍스(이하 “미디어네트웍스”라 함)는 2005.12.10. 개업하여 부산광역시 해운대구 중동 1768-4 웰비치오피스텔 1115호에서 부가통신업을 영위하는 법인사업자로 2008.7.11. 청구법인이 운영하던 인터넷 웹하드사이트인 ‘m-file'(이하 “엠파일”이라 한다)의 서비스 운영에 관한 모든 권한을 주식회사 와이즈휴먼네트웍스(이하 “와이즈휴먼”이라 한다)에 양도하는 ‘인터넷사이트양수도계약’(이하 “쟁점거래”라 한다)을 체결하고, 그 대가로 청구법인의주식을 1주당 90만원으로 평가하여 총 45억원을 지급받기로 하였다.

이에 따라 미디어네트웍스의 주주인 청구인, 장영철 및 김대영(이하 “청구인 등”이라 한다)은 와이즈휴먼과 주식매매계약을 각각 체결(2008.10.6.)하고 자신들이 보유한 미디어네트웍스의 전체 발행주식 5,000주(청구인 3,250주, 장영철 1,500주, 김대영 250주)를 1주당 90만원으로 평가하여 총 45억원(이하 “쟁점대가”이라 한다)에 와이즈휴먼에게 양도하고 2009.2.20. 각자 주식양도에 따른 증권거래세 및 양도소득세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 미디어네트웍스에 대한 법인세조사를 실시하여 쟁점거래가 주식매매거래가 아니라 엠파일에 대한 사업의 양도로 보아 쟁점대가를 미디어네트웍스의 수입금액으로 익금산입하여 2009.12.2. 미디어네트웍스에게 2008사업연도 법인세 1,521,747,660원을 경정·고지하고, 쟁점대가 중 미지급금 5억원을 제외한 40억원을 청구인 등 주주가 인출한 것으로 보아 2009.12.7. 상여로 소득처분하여 청구인에게 2008년 귀속 23억원, 2009년 귀속 6억 3,000만원 및 장영철에게 2008년 귀속6억원, 2009년 귀속 3억 7,000만원의 소득금액변동통지를 하고, 김대영에게배당으로 소득처분하여 2008년 귀속 1억원의 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.24. 이의신청을 거쳐 2010.6.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점거래는 사업의 양도가 아니라 주식의 양도이다.

① 처분청은 인터넷사이트 양수도계약을 체결한 2008.7.11. 엠파일이 와이즈휴먼에게 포괄적으로 양도되었고 이후 2008.10.6. 주식매매가 이루어졌다는 의견이나, 인터넷사이트 양수도계약서 제5조 제1항 단서에서 규정한 바와 같이 미디어네트웍스가 보유한 엠파일은 주식매매가 선행되지 아니하면 계약일(2008.7.11.)로부터 주식매매가 되지 아니한 날까지 와이즈휴먼에게 귀속되었던 엠파일의 수익은 미디어네트웍스에게 반환하고, 동 수익반환에 추가하여 와이즈휴먼의 귀책사유로 주식매매가 성사되지 아니할 경우 위약금(10억원)을 미디어네트웍스에게 지급하여야 하는 조건부 주식매매계약이 체결된 점으로 볼 때 주식매매가 선행되기 전에는 사실상 엠파일의 소유권이 미디어네트웍스에 있음을 알 수 있으며,

따라서, 형식상 엠파일이 와이즈휴먼에게 이전되었다고 하더라도 주식매매가 선행되지 아니한 상태에서는 미디어네트웍스가 엠파일로부터 발생되는 수익의 전부를 특정한 계약이나 위약금 부담없이 와이즈휴먼에게 언제든지 요구할 수 있다는 점에서 와이즈휴먼이 엠파일의 소유권을 독점적·배타적으로 행사할 수 없는 점을 감안할 때, 엠파일의 이전은 주식매매거래가 선행된 이후에 발생되는 부수적인 효과로 보아야 한다.

②엠파일 사업과 관련된 가장 중요한 영업재산인 엠파일 사이트는주식매매가 완료되지 아니하면 그 소유권을 와이즈휴먼이 독점적·배타적으로 향유할 수 없다는 점에서 주식매매가 선행되기 전까지는 엠파일 사이트가 와이즈휴먼으로 이전되었다고 볼 수 없고, 2008.7.11. 포괄적 사업양수도가 이루어졌다면 같은 날 이후에는 미디어네트웍스에서 엠파일 사업과 관련된 매출이 발생되거나 세금계산서를 발행하는 등의 행위가 없어야 함에도 계약체결일(2008.7.11.) 이후에도 검증기간동안 미디어네트웍스가 엠파일의 소유권을 유지하고 있어 엠파일 사이트에서 발생된 컨텐츠 매출액이 미디어네트웍스의 계좌로 입금되었고, 엠파일 사업과 관련하여 매입세금계산서의 수취가 계약체결일 이후에도 미디어네트웍스 명의로 지속적으로 이루어지고 있는 점을 볼 때 주식매매가 선행되기 전인 2008.7.11.을 기준으로 엠파일과 관련된 사업의 양도가 완료되지 아니하였다는 사실이 명백하다.

따라서, 인터넷사이트 양수도계약서의 체결일로부터 주식매매의 완료일까지는 와이즈휴먼이 청구인들이 제시한 주식의 가치를 확인하는 일종의 기업실사과정으로 보는 것이 타당하고, 설사 이러한 기업실사과정에서 매출액 등의 검증을 위하여 형식적으로 와이즈휴먼에게 엠파일 사이트가 이전되었다고 하더라도 주식매매가 완료되지 아니하였다면 당해 사이트로부터 발생된 수익을 미디어네트웍스가 특정한 제재나 위약금 부담없이 언제든지 와이즈휴먼에게 요구할 수 있다는 점에서 미디어네트웍스가 엠파일 사이트의 소유권을 사실상 유지하고 있다고 보아야 하므로 사업의 양도가 완료되었다고 보기는 어렵다.

③ 인터넷사이트 양수도계약서 제5조 제1항 단서에 주식매매가 이루어지지 아니한다면 계약체결일로부터 주식매매가 되지 아니하는 날까지의 와이즈휴먼으로 귀속되었던 엠파일로부터 발생된 수익은 미디어네트웍스에게 반환되고, 동 수익반환에 추가하여 와이즈휴먼의 귀책사유로 주식매매가 성사되지 아니할 경우 위약금(10억원)을 미디어네트웍스에게 지급한다고 규정되어 있는 바, 이러한 규정은 주식매매가 완료될 때까지는 주식의 가치는 주식매매가 완료될 때까지의 엠파일 사이트에서 발생되는 수익이 그대로 포함되어 있어 1주당 90만원의 주식가치를 그대로 유지하고 있는 것으로 봄이 타당하다.

따라서, 처분청은 미디어네트웍스가 와이즈휴먼에게 엠파일을 무상으로 양도한 이후 미디어네트웍스는 수익이 발생하지 아니하여 미디어네트웍스의 주식가치가 없는데도 1주당 90만원으로 평가한 것은 경제적 합리성이 결여된 거래라는 의견이나, 합리적인 경제인이라면 법인의 주식을 전부 보유하고 있는 주주가 당해 주식을 타인에게 매매하기 전에 아무런 조건없이 그 법인의 영업재산 전부를 타인에게 무상으로 양도한다는 것은 특수관계자간 거래가 아닌 이상 발생될 수 없는 거래임이 분명하므로 인터넷사이트 양수도계약서상의 거래는 와이즈휴먼과 청구인들간의 주식매매거래로 보는 것이 타당하며 엠파일 양도는 이러한 주식매매거래 이후에 발생되는 부수적인 효과로 해석하는 것이 타당하다.

④ 쟁점대가의 성격이 주식양도대가인지 아니면 사업양수도대가인지의 여부는 계약당사자간에 문서로 작성된 인터넷사이트 양수도계약서 및 동 계약서에 근거한 주식매매계약서의 내용에 따라 결정하여야 하는 바, 인터넷사이트 양수도계약서 제5조에 매매의 목적물을 미디어네트웍스의 주식으로 규정하면서 사이트 양수도대금이 아니라 1주당 주식가액을 90만원으로 명확히 표시하고 있는 점, 동 계약서 제5조, 제9조, 제12조 및 제14조에 근거하여 본 계약인 주식매매계약을 2008.10.6. 체결한 점, 계약의 당사자인 와이즈휴먼도 쟁점거래에 대한 거래사실확인서를 통하여 인터넷사이트 양수도계약서상의 거래는 주식을 매수하기 위한 계약이었음을 인정하여 계약 당사자간에 거래의 목적물이 주식이라는 것에 이견이 없다는 점으로 볼 때 쟁점대가는 사업양수도대금이 아니라 청구인들이 소유하고 있는 주식의 양도에 따른 주식매대대금이다.

⑤와이즈휴먼이 미디어네트웍스 소유의 엠파일과 관련된 사업을 취득하는경우 거래의 법적형식은 사업의 포괄적 양수도에 의하여 직접 취득하는방식과 엠파일과 관련된 사업을 소유하고 있는 법인 자체에대한 지배권을 취득할 수 있는 주식을 양수하는 방식으로 나눌 수 있는바, 당사자가 엠파일과 관련된 사업을 매도·매수하기 위하여 어느 방식을 취할 것인가의 문제는 그 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련비용의 부담 정도 등을 고려하여 스스로 선택할 사항이라고 할 것이며, 당사자들이 어느 한가지 방식을 선택하여 엠파일 사업의 양수도를 위한 법률관계(주식양수도 또는 사업양수도)를 형성하였다면, 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정된다 할 것이고, 서로 다른 거래의 궁극적 목적이 엠파일 사업의 양수도에 있다 하여 그 법적 형식의 차이에도 불구하고 그 실질이 같다고 하거나 조세법상 동일한 취급을 받는 것이라고 할 수 없는 것이다.

따라서, 계약당사자인 와이즈휴먼, 미디어네트웍스 및 청구인들(심명섭은 연대보증인으로, 장영철은 미디어네트웍스의 대표이사 자격으로)간에 체결된 인터넷사이트 양수도계약서의 경우 일부 사업양수도 거래로 오인할 수 있는 부적합한 문구가 있다고 하더라도 전체적인 거래구조, 거래의 내용, 당사자간의 거래사실확인서, 당해 계약서에 근거한 주식매매계약서 등으로 판단하여 볼 때 청구인들과 와이즈휴먼의 엠파일에 대한 거래는 주식거래라는 법률행위를 선택한 것이고, 동 법률행위에 따라 와이즈휴먼이 청구인들에게 지급한 쟁점대가는 주식양수도대금임이 분명하다.

⑥ 처분청의 의견은 아래와 같은 이유로 타당하지 아니한다.

㉠ 인터넷사이트 양수도계약서의 전체적인 내용이 주식매매가 아니라 엠파일 사이트에 대한 사업의 양수도만을 목적으로 하고있다는 의견에 대하여, 인터넷사이트 양수도계약서 제5조에 엠파일을주식으로 매매한다는 규정을 두고, 동 주식의 가치를1주당 90만원에 명확히 규정함으로써 청구인들과 와이즈휴먼이주식거래라는 법률형식을 선택하였음을 명확히 하였을 뿐만 아니라동 계약서에 근거하여 주식매매계약을 체결하였으므로이는 청구인들과 와이즈휴먼간의 주식매매거래는 인정되어야 한다.

㉡ 기업실사과정에서 미디어네트웍스와 와이즈휴먼이 매출과 매입을 정산하여 세금계산서를 발행할 이유가 없다는 의견에 대하여, 인터넷사이트 양수도계약서 체결일 현재로 사실상 경영권 이전을 전제로 실사가 진행되었고, 와이즈휴먼은 기업실사기간(검증기간) 종료 후기업인수가 완료될 경우 당해 계약서 체결일 현재로 소급하여 경영권이 인수되는 것이므로 기업실사 기간동안 미디어네트웍스가 소유하고 있는 엠파일에서 발생되는 수익에 대한 자금통제가 필요하였으므로 수익에 관한 조항을 요구한 것이고, 동 조항에 따라 정산을 한 것일 뿐이며, 반대로 미디어네트웍스는 제5조 제1항의 단서조항(수익반환 및 위약금 조항)을 요구한 것이므로 세금계산서를 수수한 것이다.

㉢ 와이즈휴먼이 인터넷사이트 양수도계약을 체결하면서 지급한 금액을 서버구입대금과 영업권을 장부에 계상하고 있다는 의견에 대하여, 와이즈휴먼은 쟁점거래가 주식거래이고 회계처리에 오류가 있었다는 사실을 인정하였는데도 쟁점거래를 와이즈휴먼의 잘못된 회계처리를 처분근거로 삼는 것은 부당하다.

㉣ 기업실사가 자산부채실사가 아닌 노하우를 전수받는 것을 목적으로 하고 있다는 의견에 대하여, 기업인수시 실사는 자산부채에 대한 회계실사, 인사·노무·소송·인허가 등의 법률실사, R&D·영업관련 데이터실사 등이 있으며 이러한 다양한 실사를 모두 할 수도 있고 중요성과 타이밍을 고려하여 특정부문만 실사하는 경우도 있는 바, 와이즈휴먼은 미디어네트웍스 주식가치의 산정시 채권·채무를 ‘0’을 기준으로 1주당 90만원으로 산정하였으므로 채권·채무실사는 중요하지 아니하였고 회원 및 엠파일 운영과 관련한 실사가 중요하였기 때문에 동 부문에 한정하여 실사를 한 것이다.

㉤ 주식매매계약서상의 특약사항에서 미디어네트웍스의 채권·채무를‘0’으로 하고 미디어네트웍스에 대한 소송이 2009.8.27. 종결된 이후인 2009년제2기 확정분부터는 매출·매입이 전혀 없다는 의견에 대하여, 채권·채무를 ‘0’으로 하는 규정은 압류되어 있는 채권이 해결되지 아니하여 미디어네트웍스가 해당 채권을 회수하지 못할 경우 대비한 주식매매대금의 정산규정일 뿐이며, 청구인들이 와이즈휴먼간의 사이트 이전거래를 함에 따라 2009년 제2기 확정분부터 매출액이 발생하지 아니한 것이고, 이러한 상황은 청구인들이 주식을 양도하면 그만이고 이후 쟁점거래를 청구인들이 통제하거나 개입할 수 있는 상황이 아니며 주식양도 후의 거래는 전적으로 미디어네트웍스와 와이즈휴먼간의 문제이다.

㉥ 미디어네트웍스가 경영권을 목적으로 한다면 와이즈휴먼의 주주인 주식회사 클루넷과 주식회사 미디어앤넷이 직접 주식을 인수하였을 것이나 와이즈휴먼을 새로 설립하여 엠파일의 운영권만 별도로 분리하여 이전할 이유가 없었다는 의견에 대하여, 주식의 이전(경영권 이전) 없이 엠파일의 운영권이 별도로 분리하여 이전될 수 없으며 주식의 취득을 주식회사 클루넷이 하든 주식회사 미디어앤넷이 하든 아니면 신설법인 와이즈휴먼이 하든 이는 인수자 측에서 선택할 사항이므로 인수자가 지배구조 등을 고려하여 신설법인을 설립하여 청구인들의 주식을 취득한 것을 두고 사업양도라고 하는 것은 부당하다.

㉦ 엠파일이 와이즈휴먼에게 이전된 시점부터 미디어네트웍스의 주식에대한 가치가 전혀 없고 와이즈휴먼도 미디어네트웍스의 주식을 인수한이후에 장부상 투자유가증권을 계상하지 아니하여 사실상 주식의 가치가 전혀 없다는 것을 인정하고 있다는 의견에 대하여, 엠파일은 주식양도가 이루어지기 전에는 분리하여 양도될 수 없고 청구인들과 와이즈휴먼간의 주식매매라는 법률행위를 통하여 와이즈휴먼이 엠파일을 인수하였다는 점에서 처분청의 의견은 타당하지 아니하고, 와이즈휴먼이 주식거래에 대한 회계처리 오류를 인정하고 주식매매대금이 투자유가증권이라는 확인서를 작성하여 투자유가증권에 대한 가치를 인정하고 있는데도 어떠한 근거도 없이 와이즈휴먼이 주식가치가 전혀 없다는 것을 인정하였다고 주장하는 것은 부당하다.

㉧ 주식매매가 주된 거래라면 와이즈휴먼이 주식매매계약의 체결시점이 아닌 인터넷사이트 양수도계약의 체결시점에 쟁점대가 중 10억원을 청구인들이 아닌 미디어네트웍스의 통장으로 입금할 이유가 없고 미디어네트웍스에게 지급한 10억원의 성격도 계약이 잘못되었을 경우 위약금으로 본다면 그 위약금에 대한 소득의 귀속이 청구인들이 아니라 미디어네트웍스라는 의견에 대하여, 미디어네트웍스 등은 주식매매거래를 강제하기 위하여 위약금 조항을 두었고 인터넷사이트 양수도계약서의 체결시점에서 청구인들과 미디어네트웍스는 10억원을 미리 지급받은 것이며 만약 계약이 성사되지 아니할 경우에 대비하여 위약금 10억원을 확보한 것인 바, 이는 와이즈휴먼에게 주식매매계약을 강제하는 효과가 있고 주식매매계약이 성사될 경우에는 해당 금액은 청구인들이 주식양도대금으로서 가수금으로 처리한 것이고 만약 주식매매계약이 체결되지 아니할 경우 해당 금액은 청구인들의 기타소득이거나 미디어네트웍스의 잡이익이 될 것이다.

㉨ 쟁점거래의 당사자가 청구인들이 아니라 미디어네트웍스이므로 이에 대한 쟁점대가를 수령할 수 있는 권리도 미디어네트웍스에게 있다는 의견에 대하여, 쟁점거래의 당사자는 청구인들과 와이즈휴먼이고 비록 인터넷사이트 양수도계약서의 거래당사자로 청구인들과 미디어네트웍스 및 와이즈휴먼이 참여하고 있으나 당해 계약서 제5조에 엠파일을 주식매매라는 법률형식을 선택하고 주식의 매매가액을 1주당 90만원으로 확정한 이상 거래의 당사자는 청구인들과 와이즈휴먼이며, 최대주주인 심명섭은 연대보증인으로 참여하여 이러한 계약에 동의하였고 주주인 장영철 또한 미디어네트웍스의 대표이사로 계약에 참여한 것이다.

㉩ 와이즈휴먼이 엠파일을 인수하면서 미디어네트웍스는 청산하는 것을 목적으로 한다고 보이고 소득세 면탈을 위한 주식매매라는 의견에 대하여, 와이즈휴먼이 경영권을 인수한 후 미디어네트웍스를 청산하기 위한 사이트 이전거래는 단지 미디어네트웍스와 와이즈휴먼간의 거래일 뿐이며 이러한 거래가 청구인들과 와이즈휴먼간에 이미 체결된 주식매매거래(경영권 이전)에는 영향을 줄 수 있는 사항이 아니며, 청구인들이 세법 등에서 규정하고 있는 주식매매거래라는 법률행위를 통하여 엠파일을 와이즈휴먼에게 양도한 것은 합리적인 절세행위이며 이러한 행위가 궁극적으로 사업양수도거래와 동일한 효과가 있다고 하여 주식거래행위를 부인하고 사업양수도거래로 재구성하여 과세한 처분은 부당하다.

(2) 쟁점대가의 자산양도(엠파일 및 주식)가 실제적으로 이루어졌다고 한다면, 최소한 양도대상인 엠파일과 주식의 가치를 구분하여 처분청이 주장하는 엠파일의 양도대가와 주식의 양도대가에 상응하는 세금이 부과되도록 함이 타당하고 쟁점대가 중 5억원은 미수령한 상태이며 미디어네트웍스가 10억원을 수령하고 나머지 30억원은 청구인들이 수령한 것이고, 처분청은 쟁점대가를 엠파일의 양도대가와 주식의 양도대가를 구분하면서 주식의 가치를 ‘0’이라고 판단하여 쟁점대가 전부를 엠파일의 양도대가라고 주장하고 있으나, 주식의 가치가 ‘0’이라는 판단근거에 대하여는 조세법이나 유권해석 등의 어떠한 법률규정도 제시하지 못한 상황이며 타인의 회계처리 등을 기초로 판단하였음을 스스로 인정하고 있는 바,

대금지급 등의 제반상황을 반영한 거래실질가액 또는 최소한 「상속세 및 증여세법」제60조에 따라 주식의 가치를 계산하여 동 금액을 주식양도대가로 봄이 타당하므로 쟁점대가에서 청구인들이 수령한 30억을 주식양도대가로 보아 동 금액을 차감한 나머지 금액만 엠파일의 양도대가로 보아 관련 법인세 등을 부과하는 것이 타당하다.

(3) 미디어네트웍스가 수령한 10억원에 대하여 입금 및 출금시에 각각 가수금 입금 및 가수금반제로 회계처리를 하였다는 이유만으로 금융증빙과 상관없이 대표자에게 상여로 소득처분하였으나, 미디어네트웍스는 위 10억원을 주식양도소득으로 보았기 때문에 동 금액을 수령하면서 “보통예금/가수금(가수금입금)”으로 회계처리하고, 2008.7.18. 특수관계자인 주식회사 위드웹에게 동 금액 중 6억 6,860만원을 대여하면서 “가수금/보통예금(가수금반제)”으로 회계처리하였는 바, 동 사실은 주식회사 위드웹의 통장에 의하여 확인되므로 미디어네트웍스가 수령한 10억원 중 특수관계자인 주식회사 위드웹에게 대여한 6억 6,860만원을 대표자 상여처분에서 차감하고 차감된 금액만큼 수입이 증가하였는데도 단순한 회계처리(계정과목)만에 근거하여 10억원 전부를 대표자 상여로 소득처분한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점거래는 아래와 같은 사유로 사업의 양도이다.

① 미디어네트웍스와 와이즈휴먼이 체결한 인터넷사이트 양수도계약서(2008.7.11.)에 의하면, 제1조에 와이즈휴먼이 미디어네트웍스 소유의 엠파일 서비스 운영권을 인수하였고, 제2조에 인수대금은 엠파일을 인수하면서 지급하는 금액이며, 제4조에 엠파일의 영업과 관련한 제반 모든 권리(영업권)를 포함한다고 명시하여 당해 계약서의 내용은 엠파일에 대한 사업양수도임을 명시하고 있다.

② 와이즈휴먼은 엠파일의 인수와 관련하여 투자유가증권으로 장부상 계상하여야 하나, 2008.10.8. 담당자의 실수로 영업권으로 계상하였다는 거래사실확인서를 처분청에 제출하였고, 인터넷사이트 양수도계약서 제4조에 인수대상이 엠파일의 영업권을 포함한 미디어네트웍스가 소유한 영업재산의 전부임을 명시하고 있으며, 그에 따라 와이즈휴먼이 2008.7.14. 영업권을 40억원으로 계상한 것이므로 쟁점거래는 사업의 양도로 보아야 한다.

③ 미디어네트웍스는 인터넷사이트 양수도계약을 체결한 후 주식매매거래를 하기 전까지는 주식의 가치를 확인하는 기업실사과정이라고 주장하나, 당해 계약서 제3조 제5항에 계약금 지급일 이후 2008.7.14.부터 모든 매출액에 대해서는 와이즈휴먼에게 이관하기로 한다는 계약내용에 따라 미디어네트웍스와 와이즈휴먼이 상호 매출과 매입세금계산서를 발행하였고, 2008.7.14. 와이즈휴먼이 영업권 40억원 및 2008.7.17. 서버구입대금 10억원을 장부에 계상한 점, 미디어네트웍스와 와이즈휴먼이 연명하여 처분청에 제출한 소명서에 의하면, 미디어네트웍스가 인터넷사이트 양수도계약이 체결된 후 주식매매의 완료일 이전일까지인 2008.8.18.부터 2008.8.29.까지 미디어네트웍스와 와이즈휴먼이 직원을 상호파견하여 엠파일 사이트 운영에 대한 노하우를 와이즈휴먼에게 전수하였고, 미디어네트웍스와 같은 웹하드업체의 경우 노하우 및 사용자 데이터베이스가 가장 중요하여 웹기술만 있으면 100% 사업양수도가 가능한 것으로 확인하고 있는 점 등에 비추어 보아 쟁점거래는 주식매매를 하기 전에 주식의 가치를 확인하는 기업실사과정이 아니라 사업양도에 해당한다.

(2) 인터넷사이트 양수도계약서의 전반내용은 엠파일의 사업양도이나, 미디어네트웍스의 주주인 청구인들이 미디어네트웍스의 순자산양도에 따라 법인으로부터 분여받은 이익에 대하여 소득세를 신고·납부하여야 하는데도 미디어네트웍스의 가장 중요한 유·무형자산인 엠파일을 무상으로 양도한다고 계약하고, 그에 대한 대가는 와이즈휴먼이 미디어네트웍스의 주식대가로 미디어네트웍스의 주주인 청구인들에게 45억원을 지급하기로 주식매매계약을 별도로 체결한 것은 주식매매로 가장하여 미디어네트웍스에 대한 법인세와 개인소득세를 면탈하기 위한 것이므로 쟁점대가는 전부 사업의 양도대가이다.

또한, 미디어네트웍스는 쟁점대가 중 법인에게 입금된 10억원은 엠파일의 양도대가이고 와이즈휴먼에서 미수령금액인 5억원을 제외한 30억원은 주식양도대금으로 과세하거나 「상속세 및 증여세법」제60조에 따라 주식의 가치를 계산하여 별도로 주식양도소득세로 과세하여야 한다고 주장하나, 엠파일이 와이즈휴먼에게 이전된 시점부터 엠파일에 대한 수익은 와이즈휴먼에게 귀속되어 미디어네트웍스의 주식에 대한 가치가 없고, 와이즈휴먼이 미디어네트웍스의 주식을 인수한 후에 장부상 유가증권을 계상하지 아니하여 미디어네트웍스의 주식가치가 전혀 없다는 것을 인정하는 것이며, 미디어네트웍스의 주주인 청구인들에게 입금된 30억원도 미디어네트웍스의 엠파일 사업양도대가임이 분명하므로 쟁점대가는 전부 사업의 양도대가이고 주식의 가치는 ‘0’이다.

(3) 당초 조사시 미디어네트웍스의 사업양도대가 45억원에 대하여 미디어네트웍스의 주주인 청구인들의 주식지분비율대로 모두 상여 및 배당처분하였으나, 2010.4.12.～2010.4.23. 기간에 소득처분에 대한 재조사시 미디어네트웍스에게 입금된 10억원에 대하여 대표자에게 상여로 소득처분하였고, 미디어네트웍스는 와이즈휴먼으로부터 입급받은 10억원 중 미디어네트웍스의 예금계좌에서 대표자 심명섭이 영위하는 관계회사인 주식회사 위드웹의 예금계좌에 입금한 6억 6,860만원은 미디어네트웍스가 주식회사 위드웹에게 대여한 금액이라고 주장하나, 재조사시 미디어네트웍스와 주식회사 위드웹간에 금전대여에 대한 약정이 없는 등 미디어네트웍스가 금전을 대여한 사실을 확인할 수 없었으며, 비록 미디어네트웍스가 주식회사 위드웹에 계좌이체를 통하여 동 금액을 입금하였다고 하더라도 그 본질은 심명섭이 사업양도대금 중 일부인 10억원을 미디어네트웍스에 가수금으로 입금시켜 가수금반제를 통하여 개인적으로 주식회사 위드웹에게 대여한 것이지, 미디어네트웍스가 엠파일을 양도한 2008.7.14. 이후 수익이 발생하지 아니하였고 주식회사 위드웹과는 관계회사로 볼 수도 없는데도 주식회사위드웹에 6억 6,860만원이나 대여할 이유가 없으므로 미디어네트웍스가 주식회사 위드웹에 대여한 금액이 아니다.

따라서, 미디어네트웍스는 주식회사 위드웹에 계좌이체를 통하여 입금하였으므로 사외유출이라고 주장하나, 주식회사 위드웹은 대표자 심명섭이 사업양도대금 중 동 금액을 사용한 자금의 사용처일 뿐이므로 소득의 귀속자가 심명섭에서 주식회사 위드웹으로 변경되는 것은 아니며, 또한 위드웹에게 가수금 반제시 그 자금은 심명섭이 가져갈 것이고, 미디어네트웍스는 사업양도대금을 장부에 계상하지 아니하고, 10억원을 입금받을 때 대표자 가수금 적요란에 심명섭으로 기재하고 소득의 귀속이 대표자 심명섭임을 명확히 하고 있으며, 법인의 수익으로 장부에 계상되어야 할 금액은 가수금 거래의 상대방인 대표이사에게 귀속된 것으로 보아야 하므로 미디어네트웍스의 대표자 심명섭에게 상여로 소득처분한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점거래가 사업의 양도인지 아니면 주식의 양도인지 여부(주위적 청구)

(2) 쟁점거래를 사업의 양도로 본다 하더라도 쟁점대가 45억원을 모두 사업의 양도대가로 볼 수 있는지 여부(예비적 청구)

(3) 미디어네트웍스가 와이즈휴먼으로부터 일부 지급받은 쟁점대가 10억원 중 6억 6,860만원을 특수관계자인 주식회사 위드웹에게 대여한 금액으로 볼 수 있는지 여부(예비적 청구)

나. 관련법령

(1) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것)

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것)

제3조【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(3)법인세법시행령(2008.2.22. 대통령령 제20619호로 개정되기 전의 것)

제11조【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액[도급금액ㆍ판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다]. 다만, 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입금액은 금융기관의 정기예금이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 이자율(이하 “정기예금이자율”이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액

5. 고정자산에 대한 감가상각비

19. 제1호 내지 제18호 외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고， 「조세특례제한법」제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 미디어네트웍스(이하 “을”이라 하고, 당시 대표이사는 장영철)은 2008.7.11. 와이즈휴먼(이하 “갑”이라 하고, 대표이사는 한상호)에게 엠파일에 대한 사이트운영권을 1주당 90만원에 양도하기로 하고 인터넷사이트 양수도계약을 체결(연대보증인 : 주식회사 위즈솔루션 대표이사 김대중, 미디어네트웍스 이사 심명섭)하였는 바, 계약서 주요내용을 보면, 아래와 같다.

ㅇ 1조(목적) : 엠파일의 서비스 운영에 관한 모든 권한과 권리(이하 “서비스운영권”이라 함)를 대상으로 한다.

ㅇ 제3조(계약성립을 위한 필요조건)

- 2008년 6월 중 1～2회에 걸쳐 갑과 을의 대표자 및 실무자가 참석한 인수협의에서 을이 제시한 회원현황 및 매출현황 등에 대해 허위가 아님을 증명하기 위한 자료 제공한다.

- 갑이 을의 엠파일 프로그램 및 웹사이트 분석과 실사를 위해 DB서버 등 시스템 접근권한을 제공하고 파일 데이터 이전작업 등을 위해 최대한 지원한다.

- 갑의 계약금 지급 후 2008.7.14.부터의 모든 매출액에 대해서는 갑에게 이관한다.

ㅇ 제4조(인수대상 및 범위)

- 엠파일 운영과 관련된 무형자산 및 각종 계약서

- 이 외 엠파일의 영업과 관련한 제반 모든 권리(영업권)

ㅇ 제5조(계약조건) : 갑과 을은 엠파일 인수를 아래와 같은 조건으로 본 계약을 체결한다.

- 을은 갑에게 엠파일의 모든 운영 권한과 지적재산권 등의 권리와 영업권을 무상으로 양도하기로 하고 2008년 10월 이후의 미디어네트웍스의 주식으로 매매한다(단, 주식매매거래가 갑과 을 중 누군가의 책임으로라도 실행이 되지 않을 경우 계약한 날부터 주식매매가 되지 않을 때까지 엠파일로 인한 수익은 을에서 갑에게로 요구할 있으며, 또한 주식매매거래가 갑의 책임으로 인하여 거래가 체결되지 않을 경우에는 엠파일로 인한 수익과 별도로 위약금으로 10억원을 갑에서 을로 지급한다).

- 위 주식매매시 1주당 평가액은 90만원으로 하며, 합리적인 금액의 범위 내에서 상호합의하에 금액조정이 가능하며, 을은 을의 주주들이 해당 평가액으로 갑과의 주식매매가 정상적으로 이루어질 수 있음을 보장한다.

ㅇ 제9조(포괄계약서) : 본 계약서 이후 갑과 을은 상호합의하에 본 계 약에 근거하여 추가계약을 체결할 수 있다.

ㅇ 제12조(개별약정우선원칙) : 본 계약과 관련하여 본 계약체결 이후 체결되는 개별약정의 경우 개별약정우선원칙에 따라 본 계약에 우선하여 적용한다.

(나) 미디어네트웍스와 와이즈휴먼이 인터넷사이트 양수도계약을 체결(2008.7.11.)한 후 미디어네트웍스의 주주인 심명섭 등과 와이즈휴먼은 동일한 형태 및 내용으로 한 주식매매계약을 각각 체결(2008.10.6.)하고 명의개서를 완료(2008.12.29.)하였는 바, 계약서 주요내용을 보면,매매대금은 1주당 90만원으로 하고 대금지급은 계약금(계약시), 중도금(2008.12.29.), 잔금(2009.6.30.) 등 3회에 나누어 지급하기로 약정되어 있으며, 특약사항을 보면, 아래와 같다.

ㅇ2009.6.30. 미디어네트웍스는 채권과 채무가 ‘0’으로 하는 것을 원칙으로 한다.

ㅇ가압류로 인한 외상매출채권이 2009.6.30. 이전까지 해결되지 않았을 경우 외상매출채권이 해결된 시점을 기준으로 한다

ㅇ 2009.6.30. 미디어네트웍스에게 남게 되는 금액이 5억원 이상일 경우에는 을은 갑에게 5억원과의 차액금액을 환급한다.

ㅇ 2009.6.30. 미디어네트웍스에게 남게 되는 금액이 5억원 이하일 경우에는 갑은 을에게 5억원과의 차액금액을 배상한다.

(다) 와이즈휴먼의 예금계좌 및 거래처원장에 의하면, 와이즈휴먼이 인터넷사이트 양수도계약을 체결한 후 계약당일(2008.7.11.) 7억원, 2008.7.17. 3억원을 미디어네트웍스의 농협예금계좌로 입금하고, 거래처원장에 ‘엠파일 영업권 인수대금’ 명목으로 40억원과 ‘서버장비구입’ 명목으로 10억원 등 총 50억원을 장부상 미지급금으로 계상한 사실이 나타나고, 미디어네트웍스가 엠파일 양수도와 관련하여 심리일 현재까지 지급한 대금지급내역은 아래 <표>와 같이 미디어네트웍스 10억원, 심명섭 19억 3,000만원, 장영철 9억 7,000만원, 김대영 1억원 등 총 40억원을 지급하고 5억원은 미지급상태인 것으로 확인된다.

또한, 미디어네트웍스의 대차대조표를 보면, 미디어네트웍스가 와이즈휴먼으로부터 수령한 위 10억원을 주식의 양도대가로 보아 “보통예금/가수금(가수금입금)”으로 회계처리한 사실이 나타난다.

<표> 와이즈휴먼의 엠파일 관련 대금지급내역

(단위 : 백만원)

(라) 미디어네트웍스가 제시한 등기부등본 및 엠파일사이트에 의하면, 미디어네트웍스은 인터넷사이트 양수도계약을 체결한 이후인설립(2008.7.14.)되었으며, 주주는 주식회사 클로넷 40%, 정주형 20%로되어 있고, 심리일 현재 엠파일인터넷사이트 하단에 운영주체는 와이즈휴먼의 주주인 주식회사 미디어앤넷으로 표기된 사실이 나타난다.

(마) 미디어네트웍스의세금계산서 발행내역 및 손익계산서 등에 의하면, 미디어네트웍스는와이즈휴먼과 인터넷사이트 양수도계약을체결한 2008.7.11. 이후미디어네트웍스에서 발생하는 매출액과 매입액을상계하여 매월 와이즈휴먼의 매입액과 매출액으로 세금계산서를 발행하였고,와이즈휴먼이 미디어네트웍스와 2008.7.14.부터 2008.12.31.까지의 매출·매입정산내역은 아래 <표>와 같으며, 와이즈휴먼은 엠파일 운영과 관련하여 순수익이 4억 2,328만원이 발생한 사실이 나타난다.

<표> 매출·매입정산내역(2008년 7월～12월)

(단위 : 천원)

(바) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, 엠파일사이트의 실사과정(2008년 7월～2008년 9월) 중 미디어네트웍스의 매출 및 세금계산서 발행 내역은 아래 <표>와 같다.

<표> 미디어네트웍스의 매출 및 세금계산서 발행내역

(단위 : 천원)

(사)와이즈휴먼은 미디어네트웍스와의 거래내용을 확인하는 사실확인서(2009.10.8.)를 작성하였는 바, 확인서 내용은 아래와 같다.

ㅇ 미디어네트웍스가 보유한 웹하드 및 기술력을 배타적으로 운용하기 위해 미디어네트웍스의 주식 전부를 매수하기로 결정한다.

ㅇ 당시 미디어네트웍스의 주식가치를 확인할 수 없고 엠파일의 회원내용을 알 수 없어 당사의 직원과 미디어네트웍스의 기술진이 합동으로 실사 및 시험운영에 착수한다.

ㅇ 시험운영기간 중 수익은 당사의 수익으로 인식하되 대금입금은 미디어네트웍스의 계좌로 입금한 후 추후 주식가치를 결정한 후 정산하기로 합의하고 시험운영한 후 주식매수를 이행한다.

ㅇ 미디어네트웍스의 주식을 매수하면서 계류된 저작권 관련 소송이 있음을 알고 소송전체가 종료될 때까지 대표자는 미디어네트웍스의 심명섭이 계속 대표자로 재직할 것을 요청한다.

ㅇ 또한, 당사는 미디어네트웍스의 주식을 인수하고 인수절차를 종료하였으나 담당자의 착오로 투자유가증권으로 계상하여야 할 미디어네트웍스의 주식인수가액을 영업권으로 착오기장하였으며, 동 착오분에 대하여 수정신고할 예정이다.

(아) 미디어네트웍스와 와이즈휴먼은 인터넷사이트 양수도계약에 따라 상호 파견근무를 하였다는 확인서를 연명으로 작성하였는 바, 확인서에는 와이즈휴먼 직원 5명이 2008.7.14.～7.18. 기간동안 미디어네트웍스에 파견근무하였고, 미디어네트웍스 직원 12명은 2008.8.1.부터 8월 중순까지, 2명은 2008.8.18.부터 2008.8.29.까지 와이즈휴먼에 파견근무를 하고 급여도 와이즈휴먼으로부터 수령하였다는 내용이 기재되어 있다.

(자)미디어네트웍스의 예금계좌 및 주식회사 위드웹의 예금계좌에 의하면, 미디어네트웍스의 예금계좌로부터 주식회사 위드웹의 예금계좌로 6억 6,860만원이 아래 <표>와 같이 송금되고, 미디어네트웍스의 가수금계정별원장에 의하면, 미디어네트웍스는 위 6억 6,860만원을 주식회사 위드웹에게 지급하면서 “가수금/보통예금(가수금반제)”로 회계처리한 사실이 나타난다.

<표> 주식회사 위드웹에게 송금한 내역

(단위 : 천원)

(차) 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 처분청은 쟁점거래가 주식의 양도가 아니라 사업의 양도라는 의견이나, 인터넷사이트 양수도계약서 및 주식매매계약서에 의하면, 미디어네트웍스의 주식매매가 선행되지 아니한 상태에서 엠파일을 별개로 분리하여 와이즈휴먼으로 이전이 불가능하므로 주식매매가 선행되기 전에는 와이즈휴먼이 엠파일의 소유권을 독점적·배타적으로 행사할 수 없었다는 점, 인터넷사이트 양수도계약 체결일 현재 사실상 미디어네트웍스의 경영권이 와이즈휴먼에게 이전되었고 엠파일 매출에 대한 검증기간이 종료되어 주식매매거래가 성사된 이후에 와이즈휴먼의 의사결정에 따라 엠파일이 이전된 점, 쟁점거래의 최종 양도 목적물이 주식임이 분명하고 엠파일의 무상이전이란 의미는 사실상 기업실사과정이라는 점 등을 고려할 때 미디어네트웍스의 주식가치에는 하등의 영향이 없어 1주당 90만원으로 평가하여 양도한 것은 경제적 합리성에 부합되는 거래인 점, 와이즈휴먼이 미디어네트웍스와의 인터넷사이트 양수도계약은 주식거래이고 장부에 쟁점거래를 영업권이라고 명시한 사실에 대하여 회계상의 오류라고 시인한 점, 계약당사자간에 어떠한 계약내용을 당사자간의 이견없이 문서인 서면으로 작성한 경우에 문언의 객관적인 의미가 명확하다면 특별한 사정이 없는 한 문언대로 의사표시의 존재와 내용은 인정되어야 한다(대법원 2000두963, 2001.8.21. 같은 뜻)는 점 등에 비추어 볼 때, 인터넷사이트 양수도계약이 형식적으로는 엠파일의 양도형태로 되어 있으나, 실질적으로는 쟁점거래가 주식거래라는 법률형식을 취하고 있고, 인터넷사이트 양수도계약에 근거하여 주식매매계약을 체결한 것으로 보아 당해거래는 사업의 양도가 아니라 주식의 양도로 보는 것이 타당하다고 하겠다.

따라서, 쟁점거래를 사업의 양도로 보아 쟁점대가 중 미지급금 5억원을 제외한 40억원을 청구인 등이 인출한 것으로 보아 청구인에게 상여로 소득처분하여 2008년 귀속 23억원, 2009년 귀속 6억 3,000만원의 소득금액변동통지를 한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(2)쟁점(1)에서 쟁점거래를 주식의 양도로 보았으므로 쟁점(2) 및 (3)은 별도 심리할 만한 실익이 없으므로 생략하기로 한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2010. 12. 29.

주심조세심판관 이 효 연

배석조세심판관 박 종 성

박 요 찬

안 경 봉