2. 피고가 2004. 4. 2. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 종합소득세 54,527,100원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송비용은 10등분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고는 2001. 6. 26. 의류 제조 및 판매업 등을 목적 사업으로 하여 설립된 주식회사 ○○○○○○○(이하 '소외 법인'이라고만 한다)의 대표이사로 취임하여 법인등기부상 2002. 9. 11.까지 재직하였고, 그 이후는 손○○이 대표이사로 재직하였다.

나. ○○세무서는 소외 법인에 대한 세금계산서 유통과정을 추적 조사한 결과 2002년 제1기 및 제2기 과세기간 중 실물거래 없이 가공세금계산서를 수취한 것으로 확인한 ○○어패럴 등과의 거래분 합계 796,228,000원 및 ○○세무서장으로부터 자료상으로 확정ㆍ고발된 주식회사 ○○물산(이하 '○○물산'이라고만 한다) 공급가액 143,000,000원(부가가치세 포함)을 소외 법인의 소득금액 계산상 손금불산입한 후, 사외유출된 금액의 소득처분에 있어서는 ○○어패럴, 주식회사 ○○교역, 주식회사 ○○○○○○○, ○○화학 거래분 합계 712,500,800원(부가가치세 포함)의 50%인 356,250,450원 및 ○○물산 거래분 143,000,000원을 원고에게 상여로 소득처분하고, 피고에게 그 사실을 통지하였다.

다. 피고는 ○○세무서로부터 위 통지를 받은 후 2004. 4. 2. 원고에게 2002년 귀속 종합소득세 208,869,102원을 부과ㆍ고지하였으나, 원고의 이의신청을 받아들여 원고의 소득금액 중 주식회사 ○○교역, 주식회사 ○○○○○○○, ○○화학 거래분에 해당하는 312,754,750원을 감액하여 2002년 귀속 종합소득세를 73,990,050원으로 감액하였다.

라. 원고는 ○○청장에게 심사청구를 하였고, ○○청장은 2005. 4. 22. 원고의 소득금액 중 ○○어패럴과의 거래분인 43,495,700원을 감액하는 것으로 하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구(○○물산 거래분인 143,000,000원)에 대하여는 기각한다는 취지의 결정을 고지하였다.

마. 그후 피고는 위 감액경정결정의 취지에 따라 원고의 2002년 귀속 종합소득세를 54,527,100원으로 감액경정(이하에서는 당초의 위 부과처분 중 감액경정으로' 인하여 취소되고 남은 나머지 처분을 '이 사건 처분'이라고 한다)하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 가산금의 취소를 구하는 부분에 대한 판단

직권으로 살피건대, 원고가 취소를 구하는 청구금액 중에는 이 사건 처분으로 인한 세액 외에도 가산금 7,102,190원(61,629,290원 - 54,527,100원)이 포함되어 있는데, 위 가산금은 원고가 위 종합소득세의 납부기한을 경과하여 이를 납부하지 아니함으로써 그 세액에 관한 지연이자의 의미로 법률상 당연히 발생, 확정되어 부과되는 부대세의 일종으로서 피고가 납세고지서에 그 내역을 기재하여 통지하였다 하더라도 이는 원고로 하여금 납기 내의 납부를 권장함과 동시에 원고의 납부편의를 위한 단순한 주의적 조치 내지 가산금의 존재를 알리는 관념의 통지에 불과하여 가산금의 납부독촉으로서의 징수처분이 있었다고 볼 여지가 있을 뿐, 원고에게 새로운 납세의무를 발생케 하는 가산금 부과처분을 하였다고 할 수는 없으므로, 이 사건 소 중 가산금의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 매입세금계산서는 원고가 소외 법인에 대표이사로 근무할 당시에 발행된 것들이 아니어서 그 공급가액 상당액을 소득처분에 의하여 원고의 소득금액에 귀속 시킬 수 없다. 그럼에도 피고가 이 사건 매입세금계산서가 원고의 대표이사 재직 당시에 발행되었다는 전제하에 그 공급가액 상당액을 원고의 소득금액에 귀속시켜 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

○ 법인세법 제67조 소득처분

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당˙ㆍ기타 사외유출 ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

○ 법인세법시행령 제106조 소득처분

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 종조 제4항의 규정에 의한 특수 관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 재배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출, 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제 135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 일반적으로 과세처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세 관청에 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방의 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

(2) 갑 2호증, 갑 3, 4호증의 각 1, 2, 갑 9호증의 1, 갑 10호증의 1~6, 을 4, 5호증의 각 1, 2의 각 기재, 증인 김○○, 신○○의 각 증언과 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있고 반증이 없다.

① 이 사건 매입세금계산서는 그 발행일자가 2002. 4. 30.자 공급가액 3,300만원 2002. 5. 11.자 공급가액 4,950만 원, 2002. 6. 11.자 공급가액 6,050만 원 합계 3장으로서, 소외 법인이 소위 자료상인 ○○물산으로부터 수취한 실물거래 없는 가공의 세금계산서들이다.

② 원고는 2002. 6. 30. 손○○, 김○○과 사이에 소외 법인의 사업양수도계약을 체결하였는데, 그 내용은 손○○ 등은 2002. 6. 30. 현재 원고의 장부상 양수도사업과 관련된 자산과 부채를 인수하고, 원고는 같은 날짜로 양수도사업과 관련된 모든 영업행위를 중단하며, 사업양수도계약서에 별첨으로 기재된 소외 법인의 채권ㆍ채무에 대해서만 손○○ 등이 책임을 지는 것으로 약정하였다.

③ 원고는 2002. 6. 30.까지 신○○ 전무를 통하여 소외 법인의 세금계산서 발행 등의 업무를 전담하게 함으로써 소외 법인의 업무에 관여하였으나 그 다음날부터 소외 법인의 업무에 관여하지 않았고, 대신에 소외 법인을 양수한 김○○ 부사장과 김○○ 이사가 소외 법인의 세금계산서 발행 등의 업무를 담당하였다.

④ 원고가 소외 법인을 양도하기 전인 2002. 6.경까지는 한○○ 회계사무소에서 소외 법인으로부터 제출받는 세금계산서 등의 기장 업무를 담당하였으나, 소외 법인이 양도된 이후인 2002. 6. 말경부터는 김○○ 등에 의하여 새로운 거래처로 지정된 허○○ 회계사무소에서 위와 같은 업무를 담당하였는데, 허○○ 회계사무소에서는 2002. 7. 25. 이 사건 매입세금계산서를 포함시켜 소외 법인의 2002년 제1기분 부가가치세 신고를 하여 소외 법인으로 하여금 5,771,893원의 매입세액을 환급받을 수 있도록 하였다.

(3) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 매입세금계산서는 모두 허위세금계산서이므로 그 기재된 발행일자와 상관없이 2002. 7. 1. 이후에도 부가가치세 신고 기한인 2002. 7. 25. 이전까지는 그 발행 일자를 소급하여 발행될 수 있는 것이어서 이 사건 매입세금계산서의 각 발행일자가 원고의 소외 법인 재직기간 중의 날짜로 기재되어 있다는 사정만으로 이 사건 매입세금계산서가 원고의 소외 법인 재직기간 중에 발행되었다고 추정할 수 없고, 달리 위와 같은 사실을 인정할 증거도 없으므로, 원고의 재직 중에 위 매입세금계산서가 발행되었다는 사실이 입증되지 않은 이 사건에 있어서 여전히 이 사건 처분의 과세요건사실에 대한 입증책임은 피고에게 있다고 할 것이나, 그 과세요건 사실을 입증할 증거가 없다.

오히려, 이와 같이 소외 법인을 원고로부터 양수한 김○○ 등이 소외 법인과 거래를 하였던 기존 세무사를 다른 새로운 세무사로 바꾼 다음 이 사건 매입세금계산서를 포함시켜 부가가치세 신고를 하여 상당한 액수의 매입세액을 환급받음으로써 위 매입세금계산서를 통한 이익을 향유한 점, 만약 원고가 그 재직 당시 이 사건 매입세금계산서를 수취하였다면 소외 법인을 양도한 이후에 위 매입세금계산서를 포함시켜 부가가치세 신고가 이루어질 것이라는 사정을 잘 알고 있었을 것이므로 위 매입세금계산서를 미리 제거하여 부가가치세 신고가 이루러지지 않도록 하였을 것임에도, 이를 제거하지 아니하여 원고에게 아무런 이익이 없는 위 매입세금계산서를 통한 매입세액의 환급을 받도록 하였을 합리적인 이유가 없는 점 등을 종합하면 김○○ 등이 소외 법인을 양수한 후 이 사건 매입세금계산서를 수취하여 매입세액 공제를 받았을 가능성이 커 보인다.

(4) 따라서 과세요건사실에 대한 입증이 없는 이 사건 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

4. 결 론

그렇다면 이 사건 소 중 가산금의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.