청구법인은 64.2.18 개업하여 부산직할시 북구 OO동 OOOOOO에 본점을 두고 배합사료를 제조하던 법인사업자로 공장을 지방으로 이전하기 위하여 본점소재지의 위 공장용지등(이하 “쟁점공장용지등”이라 한다)을 OO건설주식회사에 16,022,000,000원에 매각하고 93.9.1 계약금 5,522,000,000원 및 93.12.1 중도금 2,500,000,000원을 수령하고 95.1.20 잔금 8,000,000,000원을 받기로 하였다.

처분청은 청구법인이 공장으로 사용하던 쟁점공장용지등을 양도하고도 부가가치세 신고납부를 하지 않은데 대하여 매매가액을 토지 및 건물의 장부가액으로 안분계산하고 매매가액중 93년 2기에 수령한 금액에 대한 건물의 공급가액을 계산하여 94.6.20 청구법인에게 93년 제2기 부가가치세 679,750,430원을 결정고지한 후 94.6.29 건물의 공급가액을 3,611,838,700원으로 재계산 경정결정하고 당초고지된 동 부가가치세에서 185,349,060원을 경정감액하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.7.25 심사청구를 거쳐 94.9.30 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 청구외 OO건설주식회사에 양도한 부동산은 공장용지만으로 지상건물은 청구법인의 책임하에 철거하고 멸실등기를 완료한 후에 95.1.25까지 명도키로 한 것이므로 처분청이 토지와 건물을 함께 양도한 것으로 보아 이 건 부가치세를 부과한 것은 부당하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 국세청장 의견

청구법인이 제시한 이 건 관련 매매계약서에 의하면 청구법인은 청구외 OO건설주식회사에게 청구인 소유의 공장용지 18,015㎡와 위 지상물 일체를 매매대금 16,022백만원에 양도키로 하는 내용의 계약을 93.9.1 체결하고 쌍방이 기명날인한 사실이 확인되고 있고,

청구법인이 기록보관하고 있던 장부상에는 양도일 현재 지상물중 공장건물의 장부가액은 1,407백만원, 구축물은 100백만원으로서 공장용지의 지상물전체의 양도가액 16,022백만원중에는 지상물의 가액이 1,507백만원이 포함되어 있었던 것이다.

청구인은 “부동산매매계약 변경합의서”를 제시하고 있으나 이는 이 건 처분일인 94.6.20 로부터 1개월후인 같은해 7.22에 약정한 것으로 그 신빙성을 인정하기는 어려운 것이며 양도자의 장부상에 공장용지나 동 지상 건축물 공히 청구법인의 자산으로 등재되어 양도대상물이 모두 재산적 가치가 있었음에도 불구하고 특정재산에 대하여는 대가를 포기하고 나머지 재산에 대하여만 선별적으로 대가를 받는다 함은 건전한 사회통념상에 비추어 볼때 납득하기 어려운 것으로 처분청이 공장용지와 그 지상건축물 및 지상구축물을 양도한 것으로 보아 이 건 결정한 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구법인이 양도한 부동산은 공장용지만인지 또는 그 지상의 건물 및 구축물이 포함된 것으로 보아 그 지상물에 대한 부가가치세를 과세할 수 있는지 여부를 가리고

(2) 건물의 공급가액을 장부가액으로 안분계산한 처분이 타당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 청구법인이 양도한 부동산은 공장용지만인지 또는 그 지상의 건축물이 포함되어 있다고 보아야 하는 지에 대하여 본다.

이 건 사실관계를 보면, 청구법인이 쟁점부동산의 매수자인 OO건설주식회사와 계약체결한 부동산 매매계약서에 의하여 보면 매매목적물은 부산직할시 북구 OO동 OOOOOO 공장용지 18,015㎡로 하고 비고란에 “위 지장물 및 지상물 일체”라고 기재되어 있고, 동 계약서 제5조 제2항에는 “매매목적물 지상에 존치한 건축물철거는 을(매수인)의 책임으로 하며 지상물 말소 행정인 허가는 갑(매도인)의 책임으로 한다”고 기재되어 있다.

청구법인은 이 건 부과처분일 이후인 94.7.22에 작성된 “부동산 매매계약 변경합의서”를 제시한 바 동 합의서에는 당초계약서의 표제부비고란을 “기 설치된 기계장비와 지상 건축물을 제외한 위 지장물 및 지상물 일체”로 변경 및 제2조(매매대금)에 단서조항으로 “상기금액은 전액 토지대금임”을 신설하고, 제5조(명도책임) 제2항의 “매매목적물 지상에 존치한 건축물 철거는 을(매수인)의 책임으로”를 “지상에 존치한 건축물 철거는 갑(매도인)의 책임하에 을(매수인)의 비용으로”변경키로 한다고 되어 있다.

위의 사실관계를 살펴보면, 이 건 청구시에 제출한 “부동산 매매계약 변경합의서”는 부과처분일 이후에 작성된 것이므로 실지계약내용을 판단하는데 효력이 없는 것이고, 따라서 당초 작성된 매매계약서의 내용만에 의하여 볼 때, 매매목적물에 공장용지를 기재하고 비고란에 위지장물 및 지상물 일체라고 하고 있고, 지상에 있는 건물등의 철거는 매수인의 비용과 책임하에 한다고 하였으므로 매수인이 지상건물등을 토지와 함께 취득하여 건물등을 임의로 처분하는 것이라고 보여지고 그렇다면 이 건 부동산 매매계약은 토지와 그 지상물 일체가 포함된 것이기 때문에 처분청이 건물의 공급가액에 대하여 부가가치세를 부과한 처분은 정당하고 청구주장은 이유없다.

다. 지상물의 일체를 포함하여 양도한 것으로 보는 경우 그 지상물의 공급가액을 얼마로 볼 것인지에 대하여 본다.

(1) 부가가치세법 제13조 제5항 및 같은법시행령 제48조의 2 제3항에서 “사업자가 토지와 그 지상에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에는 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”고 규정하고, 같은시행령 같은조 제4항에서 “제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 건축물의 실지거래가액으로 본다”고 하면서 그 제2호에서 “토지와 건물 및 기타 건축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다”고 규정하고 있다.

(2) 처분청에서는 청구법인의 토지 및 지상물의 장부가액이 93년도의 경우 토지가 787,468,003원, 지상물이 702,451,334원으로 되어 있어 지상물의 공급가액은 위 시행령 제48조의 2 제4항 제2호의 규정에 의거 총매매대금 16,022,000,000원을 위 장부가액에 의거 안분계산한 것인 바, 이 건 지상물은 주택을 신축할 목적으로 철거조건으로 양수인이 취득한 것이고, 뿐만 아니라 이 건 매매대금 16,022,000,000원은 OO평가법인이 작성한 감정가액에 근거하여 결정한 것인데 위 평가법인의 감정평가서에 의하면 위 감정가액은 지상물을 제외한 토지만의 가액이라 하고 있어 위의 사실들을 고려하면 처분청이 토지와 지상물의 가액을 비슷한 수준인 장부상가액으로 안분하였음은 타당하다 할 수 없고, 따라서 이 건의 경우는 토지와 건물이 각기 용도로의 사용을 전제로 한 것이 아니므로 영 제48조의 2 제4항 제2호에 의거 안분계산하면 부당한 결과가 초래되므로 적용할 수 없다 할 것이고, 그렇다고 지상물의 장부상가액이 93년 현재 702,451,334원이나 되어 매매대금에 전연 반영되지 아니하였다고 보기도 어려우므로 영 제48조의 2 제3항 단서의 규정에 의거 계약일 현재 지방세법에 의한 과세시가표준액에 의하여 안분계산한 지상물가액을 공급가액으로 하여 부가가치세를 과세함이 타당하다 할 것이다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.