가. 청구인은 경기도 OOO에서부동산분양업을 영위하는 법인(2005.3.25. 설립)으로 2005.8.16. 위장소에 근린시설(현재 완공되었으며, 이하 “쟁점건물”이라 한다) 신축공사를 하기 위하여 OOO와 공급가액 45억원의 공사도급계약을 체결하여 공사를 진행하다가 2007.1.17. 위 공사금액을 4,992,214,155원으로 증액하는 변경계약을체결한 후 공사를 완료하여 2007.2.13. 경기도 OOO으로부터 사용승인을 받았으며, 위 공사대금 중 미수금 1,028,923,588원(공급가액)에상당하는 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 2007.9.28.OOO(주)로부터 교부받아 관련 매입세액을 공제하여 2007년 제2기 부가가치세 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인의 2007년 제2기 부가가치세 환급신청세액 100,912,104원에 대한 현지확인 조사결과, 쟁점세금계산서를 공급시기(쟁점건물 사용승인) 이후에 교부받은 것으로 보아 관련 매입세액102,892,358원을 불공제하고 이와 관련한 가산세(초과환급신고 및 납부불성실)를 적용하여 2008.2.1. 청구인에게 2007년 제2기 부가가치세12,328,302원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2008.3.7. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점건물을 신축·분양하기 위하여 OOO(주)와 공급대가 45억원의 공사계약(공사기간 2005.9.1. ～2006.9.1)을 체결하여 공사를 진행하던 중, 쟁점건물의 당초 사용승인기한이 지난 2007년1월초 OOO(주)에서 공사대금 중 잔금을 즉시 지급할 것과 함께 이를 담보하기 위하여 쟁점건물의일부(2층)에대한 소유권이이전되도록 분양계약서를 작성(공증)하여 줄 것을요구하는 한편,설계변경에 따른 계약변경을 요구하는 등 쟁점건물의사용승인에 차질을초래하여 부득이 2007.1.17. 공사대금 변경계약을체결하였고, 2007.2.13.쟁점건물이 사용승인됨에 따라 청구인이 OOO(주)에게 공사지연에 따른 지체상금 및 하자보수이행증권의교부를 요구하자, OOO(주)은 쟁점건물에 대하여 부동산가압류신청을하는 등청구인의 자금융통을 어렵게 하여 청구인은 2007.3.29. 위가압류신청의청구금액 1,181백만원을 법원에 공탁하였으며, 이에 OOO(주)이2007.4.6. 법원으로부터 부동산가처분금지가처분결정을받음(2007.4.18. 쟁점건물 2층에 대한 소유권이전청구의 소제기에 따른보전처분)에 따라 청구인은 법원으로부터 위 가처분결정을 취소하는 결정을 받는 등 OOO(주)과의 다툼이 계속되던 중 2007.9.28.비로소 OOO(주)과 합의하고 쟁점세금계산서를 교부받았는 바,이와 같이 청구인과 OOO(주)간의 다툼으로 공사잔금이 확정되지 아니하여 양당사자간 합의된 시점으로 세금계산서 교부시점이 지연되었을 뿐,조세회피 등의 의도가 없었으므로 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 교부받은 것으로 보아 매입세액을 불공제한 이 건 처분은부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점건물이 2007.2.13. 사용승인되었으나 쟁점건물에대한공사잔금이 OOO(주)과의 다툼에 의하여 2007.9.28. 확정되어동일자가 용역제공일에 해당되므로 쟁점세금계산서를 공급시기에정당하게 교부받은 것이라고 주장하나, OOO(주)과다툼의 주된내용은 공사계약금액에 대한 것이 아니라 당초 공사계약 및 변경계약시약정한 공사대금의 지급유무에 관한 다툼과 공사지연 등에 대한 다툼이라 할 것이고, 당초 공사도급계약서 및 변경계약서에 의하면 쟁점건물에 대한 공사대금이 계약 당시 확정되었음이 확인되는 바, 쟁점건물 공사대금 정산과 관련하여 청구인과 OOO(주)간에 대금지급시기에 관한 구체적인 약정이 없어 「부가가치세법」제9조에 규정하는바와 같이 “역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때”인 쟁점건물의 사용승인일(2007.2.13.)을 용역제공일로 보는 것이 타당하므로 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 교부받은 것으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서상의 공급시기가 사실과 다른 것으로 보아 관련매입세액을 불공제하고 가산세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제9조【거래시기】② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

제16조【세금계산서】① 납세의무자로 동록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리 할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1.(생 략)

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)으 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액(단서 생략)

(2) 부가가치세법 시행령

제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다.(단서 생략)

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3.제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

다. 사실관계 및 판단

(1)2005.8.16. 도급인인 청구인과 수급인인 OOO(주)이체결한 쟁점건물 공사도급계약의 계약서 사본에 의하면, 착공일은2005.9.1., 사용승인 예정일은 2006.9.1., 공사계약금은 4,950백만원(부가가치세포함)으로 하며, 선금은 4억원을 지급하고 기성부분금은 매월1회상호 협의하여 지급하는 것으로 기재되어 있다.

(2) 2007.1.17. 쟁점건물 신축공사 변경계약과 관련하여 그 합의서 사본을 보면,당초 계약금액 45억원에서 492,214천원이 증가(토목공사추가분 230,159천원, 1차설계변경분 187,676천원 등)되어총 4,992,214천원으로 변경하는 것으로 합의한 사실이 확인된다.

(3)2007년 11월 청구인의 환급신청에 대한 처분청의 현지확인검토조서에 의하면, 쟁점건물은 2007.2.13. 경기도 OOO으로부터사용승인을 받고2007년 3월부터 식당·약국·노래방 등 임차인의영업이 개시된 것으로 확인하고 있다.

(4) OOO(주)은 2007.4.2. 쟁점건물 공사대금(잔액)을 확보하기 위하여 쟁점건물 2층에 대하여 처분금지가처분신청을 하는 한편,2007.4.18. 청구인에 대하여 쟁점건물에 대한 근저당권설정등기를말소하고, 공사잔금과 관련하여 청구인이 OOO(주)에게 한2007.1.18.자 대물변제약정을 원인으로 쟁점건물 2층에 대한 소유권이전등기 절차를 이행할 것을 구하는 소송을 제기한 사실이 OOO(주)의 소장사본 등 이건 심리자료에 의하여 확인된다.

(5)2007.9.28. 청구인과OOO(주)은 당초 공사계약 및 변경계약시 약정한 공사대금의지급, 공사지연에 따른 지체상금 등에 관한그 간의 다툼을 종료하고 법원결정에 따라 합의한 사실이 이 건 심리자료에 의하여 확인되는 바,그 합의내용에 의하면 청구인이 OOO(주)에게 쟁점건물의 공사대금 잔액 1,131,815,947원을 지급하는대신 OOO(주)은 위 금원 외에 청구인에게 청구하는모든금원과 쟁점건물 2층에 대한분양권을 포기하는 것으로 하고, OOO(주)은위 금액(1,131,815,947원)을 지급받는 즉시 청구인에게 세금계산서(쟁점세금계산서)를 교부하는 것으로 되어 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점건물에 대한 공사도급계약서 등에 의하면, 쟁점건물의 공사대금 정산과 관련하여 청구인과 OOO(주) 사이에 공사대금의 지급시기에관한 구체적인 약정이 없는 것으로 나타나므로 「부가가치세법」제9조,동법시행령 제22조 등 관련규정에 의하여 쟁점건물의 사용승인일을 용역의공급시기로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다. 한편, 청구인은 건설용역의 대가가 법원의 판결에 의하여 확정되는 경우 그 확정되는 때를위 건설용역의 공급시기로 본다는 취지의 국세청 예규OOO를제시하면서, 쟁점건물에 대한 공사잔금이 OOO(주)과의 다툼끝에 2007.9.28. 재판상 합의에 의하여 확정되었으므로이 건 건설용역의 공급시기는 쟁점건물의 사용승인일(2007.2.13.)이 아닌위 합의일(2007.9.28.)이라고 주장하나, 이 건의 경우 법원의 판결에의하여 대가가확정된 것이 아니며, 쟁점건물에 대한 공사대금은 당초4,500백만원이었다가 청구인과 OOO(주)이 합의(2007.1.17.)에의하여 이를 4,992백만원으로 변경한 후 위 공사대금을 변경한 사실이나타나지 아니하므로 이 건 공사잔금을 포함한 공사대금 전체가 위 합의일(2007.1.17.)에 이미 확정된 것으로 보인다. 또한, 청구인과 OOO(주)과의 다툼은 당초 공사계약 및 변경계약시 약정한 공사잔금의 지급여부 또는 공사지연 등에 의하여 발생한 것으로 보여이에 대한 청구인의주장을 받아들이기 어려우므로 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에교부받은 것으로 보아 부가가치세 관련 매입세액을 불공제하여 과세한이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.