가. 원고는 2008. 4. 8. 설립되어 대전 B건물, 2층에 본점을 두고 고철가공 및 도매업 등을 영위하는 회사이다.

나. 원고는 2013년 제1기부터 2014년 제1기까지 각 부가가치세 과세기간에 총 461개의 매입처로부터 총 2,061회에 걸쳐 공급가액 합계 82,963,003,084원의 매입세금계산서를 수취하고, 그에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2013년 제1기 및 제2기, 2014년 제1기 부가가치세와 2013년 및 2014년 법인세를 신고하였는데, 그 중 C, 주식회사 D(이하 ‘D’이라 한다), E으로부터 교부받은 세금계산서의 내역은 다음과 같다.

과세기간 매입처 세금계산서 매수 공급가액 합계 2013년 제1기 C 10 91,476,750원 2013년 제2기 C 313,113,850원 D 12 349,158,300원 E 38 2,001,957,600원 2014년 제1기 E 14 351,256,650원

다. 대전지방국세청장은 중부지방국세청장, 화성세무서장, 수원세무서장으로부터 C, D, E에 대한 과세자료를 통보받아 2015. 7. 1.경부터 2015. 8. 31.경까지 조사를 실시한 결과, 원고가 C, D, E으로부터 교부받은 위 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단하고 피고에게 이를 통보하였다. 라.

이에 따라 피고는, 원고가 C, D, E으로부터 교부받은 위 세금계산서(그 중 D, E으로부터 교부받은 세금계산서를 통틀어 이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아, 해당 매입세액 공제를 부인하여 부가가치세 과세표준을 증액하고, 법인세 지출증명서류 미수취가산세(증빙불비가산세)를 적용하여, 2015. 11. 5. 원고에게 2013년 제1기분 부가가치세 14,177,870원, 2013년 제2기분 부가가치세 398,222,280원, 2014년 제1기분 부가가치세 50,595,000원, 2013년 귀속 법인세 50,000,000원, 2014년 귀속 법인세 7,727,640원을 각경정...