가. 원고는 2013. 10. 15.부터 2014. 1. 7.까지 서울 강남구 대치동 622에 있는 ‘제일상가’ 및 같은 동 622-1에 있는 ‘한일상가’의 각 상가 및 그 부지(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득하면서 피고에게 4차례에 걸쳐 각 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 합계 1,486,012,900원을 신고납부하였다.

나. 그런데 피고는 원고가 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 지출한 ① 신탁수수료, 용역비, 지적측량비, 소유권이전 등기비용, 법률자문수수료, 감정평가수수료 및 금융자문수수료 합계 2,266,194,460원과 ② 매도인들이 관할세무서에 납부한 양도소득세 합계 4,150,000,000원도 이 사건 부동산의 취득가격에 포함시켜야 한다며 2014. 10. 15. 위 총합계 6,416,194,460원을 원고가 신고납부한 각 취득세 등의 각 과세표준 비율대로 나누어 각 과세표준을 그만큼 증액하는 방식으로 별지 <표> 중 각 ‘당초세액’ 란 기재와 같이 각 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세를 각 부과하는 처분을 하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2015. 1. 9. 조세심판원에 심판을 청구하였고, 조세심판원은 위 ①항 중 신탁수수료, 용역비, 법률 및 감정평가수수료 합계 1,575,983,160원의 40%에 해당하는 630,435,264원은 이 사건 부동산의 취득가격에 포함시킬 수 없다고 보고, 2015. 5. 14. 원고의 심판청구에 대하여 ‘피고가 원고에게 한 각 부과처분은 이 사건 부동산의 취득가격 합계 6,416,194,460원에서 630,435,264원을 빼는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 청구는 기각한다’는 결정을 하였다. 라.

피고는 2015. 6. 30. 원고에게 위 과세표준에서 제외되는 630,435,264원을 피고가 부과한 각 취득세 등의 각 과세표준 비율대로 나누어 각 과세표준을 그만큼 감액하는...