2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1985. 5. 31. 자매인 B, C과 남양주시 D리(이하 ‘D리’로만 특정한다) E 임야 4,150㎡(이하 ‘1번 토지’라 한다), F 전 1,912㎡(이하 ‘2번 토지’라 한다), G 전 5,222㎡(이하 ‘3번 토지’라 한다), H 전 93㎡(이하 ‘4번 토지’라 한다), I 전 552㎡(이하 ‘5번 토지’라 한다), J 답 473㎡(이하 ‘6번 토지’라 한다), K 임야 734㎡(이하 ‘7번 토지’라 한다)를 공동으로 매수하여 1985. 6. 7. 1/3 지분씩 각 소유권이전등기를 마쳤다. 나. 원고는 2015. 6. 1. L지역주택조합(이하 ‘L 주택조합’이라 한다)에 1번 토지 중 1441/8473 지분(이하 ‘1번 토지 지분’이라 한다), 2번 내지 7번 토지 중 각 1/3 지분(이하 각 해당 순번 ‘토지 지분’이라 한다)을 3,255,329,740원에 매도하여 2015. 7. 31. 위 주택조합 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.

다. 원고는 2015. 9. 30. 위 각 토지 지분에 대하여 양도소득세를 신고하면서 1번, 7번 토지 지분에 대하여는 구 소득세법(2015. 7. 24. 법률 제13426호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항의 장기보유특별공제를 적용하여 2015년 귀속 양도소득세 1,105,741,270원을 신고ㆍ납부하였다. 라.

원고는 2015. 10. 30. 2번 내지 6번 토지(이하 ‘쟁점 토지들’이라 한다) 지분에 대하여 장기보유특별공제와 조세특례제한법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 양도소득세 467,369,540원을 환급하여 달라는 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다.

마. 이에 피고 소속 직원은 쟁점 토지들 지분 양도에 대하여 장기보유특별공제와 자경농지 양도소득세 감면을 적용할 수 있는지를 확인하기 위하여 현장출장과 관련 자료 수집 등 현장확인(이하 ‘이 사건 현장확인’이라 한다)을 한 후, 2015. 12. 23....

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