2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송비용 중 15%는 원고가 부담하고, 나머지 85%는 피고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 2011. 11. 4.에 한 2009년 귀속 양도소득세 0,000,000,000원(가산세 000,000,000원 포함) 및 농어촌특별세 00,000,000원 부과처분과 2011. 12. 1.에 한 2009년 귀속 양도소득세 000,000,000원 부과처분을 각 취소한다는 판결.

"가. 원고는 2009. 4. 23, 별지 목록 기재 9필지 토지 20,933㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다)와 위 지상 창고건물 3동 439,3㎡를 토지수용을 원인으로 하여 ○○군에 0,000,000,000원에 양도하고，양도가액 0,000,000,000원에서 취득가액 0,000,000,000원(토지취득가액 000,000,000원+자본적 지출액 000,000,000원)과 필요경비 0,000,000,000원을 공제한 양도소득금액 000,000,000원에 대하여 양도소득세 00,000,000원을 확정신고・납부하였다.",나. 피고는 서울지방국세청의 양도소득세 범칙조사 결과 통보에 따라 이 사건 토지의 실지거래가액을 확인할 수 없다는 이유로 이 사건 토지의 취득가액을 환산가액 0,000,000,000원으로 계산하고, 필요경비는 00,000,000원으로 인정하여 양도소득금액을 결정한 후 2011. 11. 4. 원고에게 2009년 귀속 양도소득세 0,000,000,000원(가산세 000,000,000원 포함) 및 농어촌특별세 00,000,000원을 부과하고, 감면세액 공제한도 착오가 발견되어 2011. 12. 1. 원고에게 2009년 귀속 양도소득세 000,000,000원을 추가로 부과하면서 농어촌특별세 00,000,000원을 감액하는 처분을 하였다(이하 위 각 양도 소득세 부과처분 및 감액되고 남은 농어촌특별세 부과처분을 합하여，'이 사건 처분' 이라고 한다).

다. 이에 대하여 원고가 2012. 1. 27. 국세청장에게 심사청구를 제기하면서 이 사건 토지의 실제거래가액 000,000,000원 및 취득세와 등록세 00,000,000원은 취득가액으로 공제하여야 하고，이 사건 토지 개발비용 0,000,000,000원은 자본적 지출액으로 필요경비로 공제하여야 한다고 주장하였고, 국세청장은 2012. 4. 6, "이 사건 처분은 원고 주장의 공사비 과목별 내역에 대한 실제 지출 여부와 자본적 지출에 해당하는지 여부를 재조사한 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다"고 결정하였다.

라. 서울지방국세청장은 2012. 6. 22.경 원고에게 양도소득세 재조사 결과 당초 고지 내용대로 결정되었다고 통보하였다.

인정근거 다툼 없는 사실，갑1-1，1-2, 2, 3호증, 을1, 2호증의 각 기재，변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 이 사건 토지를 취득하는데 있어 실지거래가액 000,000,000원을 포함한 총 000,000,000원을 지출하였으므로 이를 취득가액으로 공제하여야 하고，취득 후 7년의 공사기간 동안 이 사건 토지의 평탄 작업을 위해 측량, 화약공사，포크레인, 덤프트럭，토사처리，유류대，인건비 등으로 합계 0,000,000,000원을 지출하였으므로, 이를 자본적 지출액으로 공제하여야 한다.

3. 처분의 적법 여부

가. 인정사실

1) 원고는 2001. 3, 20. 이 사건 3 내지 9번 토지를 AAA로부터 0억 0천만원, 2001. 3. 24. 이 사건 1, 2 토지를 윤광선으로부터 0억 0천만원에 매수하였고, 이와 관된 취득세, 등록세로 00,000,000원을 납부하였다.

2) 원고는 지목이 임야이던 이 사건 토지들 중 4필지 14,550㎡에 대하여 산지전용허가를 받아 석산을 깎고 평탄화 작업을 하여 그 지목을 주차장(○○리 585-1, 585-2) 또는 창고용지(○○리 585-3, 585-4)로 변경하면서 아래와 같은 비용을 지출하였고, 그 결과 개별공시지가가 상승하였다.

<비용지출내역>(단위:천원)

2003

2004

2005

2006

2007

2008

2009

합계

덤프트럭

345,219

419,503

143,350

74,995

95,688

1,400

1,080,155

도급공사

456,490

535,500

294,700

1,286,690

포크레인

177,140

382,328

336,860

205,408

142,578

10,000

1,254,584

인건비

34,670

191,960

90,900

95,040

212,880

27,060

150,000

692,510

유류비

5,603

87,886

61,198

64,079

218,767

드릴

54,482

37,271

155,559

17,808

125,121

화약

54,076

45,906

13,652

4,803

118,467

잡비

11,094

14,160

33,457

17,040

68,318

7,924

152,295

민원처리

59,000

10,000

20,000

25,000

114,000

식대

12,134

15,621

22,332

15,460

7,944

73,491

자재비

679

14,534

766

560

6,539

합 계

5,122,621

※ 인건비 중 김명자 명의로 입금된 110,000,000원은 도급비용과 중복되어 제외함.

<지목변경 및 개별공시지가 상승 내역>

지번

변경일

지목

개별공시지가(원)

면적(㎡)

변경전

변경후

전

후

○○리 585-1

2006.3.8.

임야

주차장

13,400

200,000

3,213

○○리 585-2

2006.3.8.

임야

주차장

16,800

200,000

6,687

○○리 585-3

2009.1.21.

임야

창고용지

67,200

216,000

1,039

○○리 585-4

2009.1.21.

임야

창고용지

15,100

216,000

3,611

3) 피고는, 이 사건 소송을 진행하면서 원고와 거래한 덤프트럭업자나 포트레인업자 등 거래 상대방들에 대해 원고와의 거래로 인한 수입금액과 관련하여 소득세, 부가가치세 등의 세금을 부과하는 처분을 하였다.

인정근거 다툼 없는 사실, 갑2, 4, 6, 7, 31, 37, 39 내지 67호증(가지번호 있는 경 우 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

나. 판단

1) 양도소득세 부분

양도소득세의 필요경비 계산에 관한 소득세법과 동 시행령에 의하면，취득가액은 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로 타인으로부터 매입한 자산의 경우 매입가액에 취득세，등록세, 기타 부대비용을 가산한 금액을 말하고, 자본적 지출액은 당해 양도자산의 용도변경・개량 또는 이용의 편의를 위하여 지출한 비용 등으로 이 사건 토지에 대한 자본적 지출이라 함은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 비용이라 할 것이다. 위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 토지를 실지거래가액 0억 0천만원에 매수하여 취득세, 등록세로 00,000,000원을 납부하였고, 또한 이 사건 토지의 석산을 깎고 평탄화작업을 하여 그 지목을 주차장 및 창고용지로 변경함으로써 그 가치를 현실적으로 증가시켰으며, 이러한 작업을 위하여 소요된 비용이 0,000,000,000원에 이른다. 그렇다면 취득가액 합계액 000,000,000원과 자본적 지출액에 해당하는 공사비용 0,000,000,000원은 각 필요경비로서 공제되어야 한다.

따라서, 원고가 납부하여야 할 양도소득세 합계액은 별지 세액계산표 중 '정당한 세액' 항목의 '총결정세액'란과 같이 000,000,000원이 되므로, 이 사건 처분 중 위 양도소득세 000,000,000원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 농어촌특별세 부분

한편 을1호증의 기재에 따르니, 원고는 조세특례제한법 제77조 소정의 공익사업용토지에 대한 양도소득세 감면규정에 따라 1억원의 세액을 감면받은 사실을 인정할 수 있으므로, 「농어촌특별세법」 제3조 제1호에 따른 농어촌특별세의 납세의무자로서 제5조에 따라 감면받은 세액 1억원에 대하여 100분의 20의 세율을 적용한 00,000,000원에 별지 세액계산표 기재와 같이 계산된 납부불성실가산세 00,000,000원을 가산하여 산정된 농어촌특별세 00,000,000원을 납부할 의무가 있다. 그런데 피고는 2011. 11. 14. 원고가 000,000,000원(≒산출세액 0,000,000,000원 × 20%)의 양도소득세를 감면받을 것을 전제로 원고에 대하여 농어촌특별세 00,000,000원{=(감면세액 000,000,000원 × 0.2) + 가산세 00,000,000원 - 기납부세액 000,000원}을 부과하는 처분을 하였다가, 원고에 대한 양도소득세 감면 한도액이 1억원이므로 원고에게 농어촌특별세 29,814,194원을 부과하여야 함에도 착오로 과다하게 부과하였음을 이유로 2011. 12. 1. 2009년 귀속 양도소득세 000,000,000원을 추가로 부과하면서, 위 정당한 세액 00,000,000원을 제외한 나머지 00,000,000원을 감액, 통지한 사실을 인정할 수 있다.

따라서, 피고의 감액처분에 따라 이 사건 처분 중 조세특례제한법 제77조에 의하여 감면되는 양도소득세액 1억원에 관하여 원고에게 00,000,000원의 농어촌특별세를 부과한 부분은 적법하다.

4. 결론

그러므로 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.