2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 재활용폐자원의 수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자로서 2005년 제2 기부터 2006년 제2기까지의 과세기간 중 미등록사업자 30인 등(이하 '이 사건 미등록 사업자들'이라 한다)으로부터 1,394,257,230원 상당의 고철을 매입한 후 그 매입대금에 관하여 조세특례제한법 제108조의 재활용폐자원 매입세액 공제특례규정을 적용하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 피고는 이 사건 미등록사업자들이 부가가치세법상의 간이과세자가 아닌 일반사업자에 해당된다고 판단하여 매입세액(2005년 제2기 1,754,648원, 2006년 제1기 79,091,321원, 2006년 제271 22,432,344원)을 불공제하고, 가산세를 부가하여 2008. 1. 10. 원고에게 청구취지 기재 각 부가가치세를 부과하였다.

다. 원고는 2008. 8. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2009. 4. 1. 다음과 같이 결정하였다.

〈결정주문〉

1) 피고가 2008. 1. 12. 원고에게 한 2005년 제2기 부가가치세 2,306,480원, 2006년 제1기 부가가치세 99,670,880원, 2006년 제2기 부가가치세 27,030,970원의 각 부과처분은 2005년 제2기 과세기간 중 이하일 등 4명으로부터 매입한 공급대가 23,687,750원과 2006년 제1기부터 제2기까지의 과세기간 중 원고에게 4,800만원 미만의 재활용폐자원을 공급한 윤☆☆ 등 20명의 공급대가 합계 791,616,790원(2006년 제1기 586,424,750원, 2006년 제2기 205,192,040원)은 대한 신고ㆍ납부불성실가산세를 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2) 나머지청구는기각한다.

라. 이에 피고는, 위 조세심판원의 결정에 따라 2005년 제2기 551,830원, 2006년 제1기 11,302,800원, 2006년 제2기 3,115,890원의 신고ㆍ납부불성실가산세를 취소하고, 2005년 2기 부가가치세 2,306,480원을 1,754,645원으로, 2006년 1기 부가가치세 99,670,880원을 88,368,080원으로, 2006년 2기 부가가치세 27,030,970원을 23,915,080 원으로 각 감액경정하였다(이하 위와 같이 경정되고 남은 부분을 '이 사건 부과처분'이라고 한다).

[인정근거] 갑 제1호증의 1 내지 3 갑 제3호증의 1 내지 3, 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제2호증의 1 내지 3의 각 기재 변론 전체의 취지

2. 2005년 2기 부가가치세 2,306,480원의 부과처분 중 1,754,645원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분과 2006년 1기 부가가치세 99,670,880원의 부과처분 중 88,368,080원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분 및 2006년 2기 부가가치세 27,030,970원 중 23,915,080원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분의 소의 적법 여부에 대한 판단 직권으로 살피건대, 앞서 본 바와 같이 피고는 당초 2005년 제2기 부가가치세 2,306,480원, 2006년 제1기 부가가치세 99,670,880원, 2006년 제2기 부가가치세 27,030,970원의 부과처분을 하였다가, 2005년 제2기 부가가치세는 1,754,645원으로, 2006년 제1기 부가가치세는 88,368,080원으로, 2006년 제2기 부가가치세는 23,915,080원으로 각 감액경정하였으므로, 위 각 부과처분 중 감액경정된 부분을 초과하는 부분은 존재하지 않게 되었고, 따라서 이 사건 소 중 위와 같이 존재하지 않는 각 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

3. 이사건부과처분의적법여부

가. 원고의주장

(1) 원고로서는 이 사건 미등록사업자들의 1역년 공급대가가 4,800만원을 초과하는지 여부를 확인할 수 없으므로, 이와 같이 세금계산서를 교부할 수 없는 미등록사업자들에게서 폐자원을 취득한 경우에는 매입세액공제특례규정이 적용되어야 한다.

(2) 원고에게 고철을 공급한 미등록사업자들의 1역년 공급대가가 4,800만원을 초과하여 매입세액을 공제할 수 없다고 하더라도 그 불공제시기는 부가가치세법 시행령 제74조의2 제1항에 따라 위 공급행위가 있었던 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간이 되어야 할 것이지 공급행위가 있었던 그 당해 불공제할 것은 아니다.

나. 관련법령 : 별지 기재와 같다.

다. 판단

조세특례제한법 제108조, 같은 법 시행령 제110조, 부가가치세법 제5조, 제25조, 같은 법 시행령 제74조, 제74조의2 등의 관계규정을 종합하면, 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자가 간이과세자로부터 재활용폐자원 등을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에 일정한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있는데, 간이과세자란, ① 직전 1역년의 재화공급에 대한 대가가 4,800만 원에 미달하는 개인사업자(이하 '일반 간이과세자'라 한다), ② 신규로 사업을 개시하는 날이 속하는 1역년의 공급대가의 합계액이 4,800만 원에 미달될 것으로 예상되어 관할세무서장에게 사업자등록과 함께 간이과세적용신고를 한 개인사업자(이하 '간이과세적용신고자'라 한다), ③ 사업을 개시한 날이 속하는 1역년의 공급대가의 합계액이 4,800만 원에 미달하는 미등록 개인사업 자(이하 '미등록 간이과세자'라 한다)를 말한다.

그런데 앞서 든 각 증거에 의하면, 이 사건 미등록사업자들은 모두 원고 및 다른 재활용폐자원 사업자들에게 공급한 1역년의 공급대가 합계액이 4,800만원을 초과하는 사람들로서 간이과세자가 아니고(위 미등록사업자들이 사업자등록을 하지 아니한 이상 이들을 일반 간이과세자나 간이과세적용신고자라고 할 수도 없다), 이 사건 미등록사업 자들이 세금계산서를 교부할 수 없는 사업자들이라고 하여 간이과세자가 아니더라도 위 매입세액 공제의 특례규정이 적용된다고 할 수도 없다.

또한, 부가가치세법 시행령 제74조의2에 의하면, 관할세무서장은 당해 사업자에게 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간 개시 20일 전 까지 그 사실을 통지하고 과세기간 개시전일까지 사업자등록증을 정정하여 교부하여야 하며, 간이과세자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 위 통지에 관계없이 해 당 과세기간에 간이과세자에 관한 규정을 적용하고 간이과세자에 관한 규정이 적용되지 아니하게 되는 사업자에 대하여는 위 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지 간이 과세자에 관한 규정을 적용하게 되어 있으나, 이러한 간이과세 및 일반과세의 적용시기에 관한 위 규정은 사업자등록을 마친 사업자로서 간이과세자에 해당되게 되었거나, 간이과세자에 해당되었다가 간이과세자에 해당되지 아니하게 되는 자에 대하여 적용되는 것이지, 사업자등록을 아예 하지 아니한 미등록사업자들에게 적용되는 것은 아니다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 2005년 2기 부가가치세 2,306,480원의 부과처분 중 1,754,645원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분과 2006년 1기 부가가치세 99,670,880원의 부과처분 중 88,368,080원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분 및 2006년 2기 부가가치세 27,030,970원 중 23,915,080원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 모두 각하하고, 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.