2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2000. 7. 25. 말레이시아 법인인 라부안법인로부터 CC엠닷컴 주식회사의 주식 21,911,622주(이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 매수하기로 하는 계약을 체결하였는데, 위 계약에 의하여 정해진 양도인별 매매내역은 아래와 같다.

나. BB세무서장은 2005. 8. 4. 이 사건 주식의 실질적인 양도인은 라부안법인이 아니라 모펀드의 출자자들이므로, 원고에게는 모펀드의 출자자들 중 대한민국과 조세협약을 체결하지 아니한 국가의 거주자인 출자자들에 대한 양도소득세를 법인세로서 원천징수할 의무가 있다고 보아 2000년 귀속 법인세 23,949,000,507원(원천징수분)의 징수처분을 하였다.

다. 원고는 위 징수처분에 불복하여 2005. 11. 2. 감사원에 심사청구를 하였고, 감사원은 2007. 9. 13.경 DDDD텔레콤의 주식 1주당 가액 390,000원을 매매계약이 최종적으로 확정된 2000. 7. 25. 증권거래소 종가인 346,000원으로 변경하여 징수세액을 경정하여야 한다는 취지의 결정을 하였다. BB세무서장은 위 심사 결정에 따라 당초 처분에 의하여 징수고지된 세액 중 835,312,290원을 감액경정하였다(이하 감액경정되고남은 부분을 '이 사건 종전 처분'이라고 한다).

라. ① 원고는 2007. 12. 7. 이 법원 2007구합0000호로 이 사건 종전 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 이 법원은 2009. 6. 10. 원고의 청구를 기각하는 내용의 판결을 선고하였다. ② 원고는 서울고등법원 2009누0000호로 항소하였는데, 위 법원은 2011. 1. 8. 이 사건 주식의 매수대금 중 DDDD텔레콤 주식의 양도 시기를 2000. 7. 26.로 보아 그 가치를 평가하여야 한다는 이유로 이 사건 종전 처분 중 22,980,797,624원을 초과하는 부분을 취소한다는 내용의 판결을 선고하였다. ③ 원고와 피고는 대법원 2011두0000호로 상고하였는데, 대법원은 2013. 7. 11. 설립 국가의 법령 내용과 단체의 실질에 비추어 모펀드를 우리나라의 사법상 단체의 구성원으로부터 독립된 별개의 권리・의무의 귀속주체로 볼 수 있는지 여부를 심리하여 이 사건 주식 양도소득의 실질적인 귀속자를 다시 판단하여야 한다는 취지로 원심판결을 파기환송하는 내용의 판결을 선고하였다. ④ 원고는 서울고등법원 2013누0000호로 파기환송심이 계속 중이던 2013. 12. 31. 항소를 취하하였다(이하 위와 같은 일련의 소송절차를 '이 사건 선행소송'이라고 한다).

마. 피고는 이 사건 주식 양도소득의 실질적인 귀속자(원천납세의무자)를 모펀드( 모펀드가 설립된 영국령 버뮤다 및 케이만 군도와 대한민국 사이에는 조세조약이 체결되어 있지 아니하다)로 보고, 2014. 6. 17. 원고에 대하여 2000년 귀속 법인세(원천징수분) 52,385,805,220원의 징수처분(이하 '이 사건 징수처분'이라고 한다)을 하였다.

2. 이 사건 징수처분의 효력 유무

가. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

나. 판단

1) 구 국세기본법(2000. 12. 29. 법률 제6299호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제27조 제1항은 '국세징수권은 이를 행사할 수 있는 때로부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다.'라고 규정하고 같은 조 제3항의 위임을 받은 구 국세기본법시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17036호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의4 제2항 제1호는 '원천징수의무자로부터 징수하는 국세에 있어서는 당해 원천징수세액의 법정납부기한의 다음 날을 국가의 권리를 행사할 수 있는 때로 한다.'라고 규정하고 있다. 한편 구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것) 제98조 제1항은 '국내사업장이 없는 외국법인에 대하여 국내원천소득을 지급하는 자는 지급액의 일정 비율을 각 사업연도 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할세무서 등에 납부하여야 한다.'라고 규정하고 있다. 갑 제1 내지 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 주식의 양도대금을 청산한 시점은 2000. 7. 26.인 사실을 인정할 수 있으므로 위 주식의 양도소득에 대한 원천징수세액의 법정납부기한은 2000. 8. 10.이고, 따라서 특별한 사정이 없는 한 위 주식 양도소득에 대한 국세징수권은 법정납부기한 다음날인 2000. 8. 11.부터 5년이 경과한 2005. 8. 11. 소멸시효가 완성되어 소멸하였다고 할 것이다.

2) 가) 이에 대하여 피고는 이 사건 주식의 양도소득에 대한 국세징수권의 소멸시효는 이 사건 종전 처분 및 이 사건 선행소송에서의 응소로 인하여 중단되었다가 원고가 항소취하를 한 2013. 12. 31.부터 10년의 소멸시효기간이 다시 진행된다고 항변한다. 청구 부분이 특정될 수 있는 경우에 있어서의 일부 청구는, 청구를 하지 아니한 나머지 부분에 대한 시효중단의 효력이 발생하지 아니한다고 할 것이고 이 이치는 국가조세채권에 있어서도 달리할 바 아니라고 할 것이므로 납세고지에 의하여 시효가 중단되는 부분은 납세 고지된 부분 및 그 액수에 한정되고 남은 세액에 대한 조세징수권에 대하여는 시효가 중단됨이 없이 진행한다고 할 것인바(대법원 1985. 2. 13. 선고84누649 판결 참조), 2005. 8. 4.자 이 사건 종전 처분이 있었다고 하더라도 위 종전처분에서 고지된 부분 및 그 액수를 초과하는 세액에 대한 국세징수권에 관하여는 시효가 중단 없이 진행된다고 할 것이다. 또한, 갑 제9호증의 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 2008. 4. 25.에야 이 사건 선행소송에서 최초로 답변서를 제출한 사실을 인정할 수 있는바, 이 사건 선행소송에서 이 사건 종전 처분의 적법함을 주장하여 원고의 청구 기각을 구한 BB세무서장의 응소행위를 재판상 청구에 준하는 권리의 주장으로 본다고 하더라도, 피고가 응소한 2008. 4. 25.은 이미 이 사건 주식 양도소득에 대한 국세징수권의 소멸시효가 완성된 이후로서 소멸시효 중단이 문제 되지 아니한다. 따라서 이에 관한 피고의 주장은 모두 이유 없다.

나) 피고는 또한 징수처분의 경우에도 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 소정의 특례부과제척기간이 준용되어야 하는바, 이 사건 징수처분은 이 사건 선행소송에서 원고가 항소취하를 한 2013. 12. 31.부터 1년 이내에 이루어진 것이어서 적법하다는 취지로 주장한다. 앞서 본 사실 및 거시 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 국세부과권에 대한 특례제척기간을 규정한 구 국세기본법 제26조의2 제2항이 국세징수권에 관하여 적용 또는 유추적용된다고 볼 수 없다.

① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것인바, 구 국세기본법 제26조의2 제2항은 일정 기간이 지나면 과세관청이 더는 부과권을 행사할 수 없다는 내용으로 납세의무자에게 유리한 결과를 정하고 있는 같은 조 제1항에 대한 중대한 예외이므로 엄격하게 해석할 필요가 있다.

② 조세부과권의 제척기간은 조세법률관계를 신속히 확정짓기 위하여 부과권에 관하여 법률이 정한 존속기간으로서 소멸시효와는 달리 기간의 정지나 중단이 없는 반면, 조세징수권의 소멸시효는 징수권을 행사하지 않는 사실상태가 장기간에 걸쳐 계속되는 경우 그 사실상태를 그대로 권리관계로 인정하는 것으로서 시효의 정지나 중단이 인정된다. 이와 같이 조세부과권의 제척기간과 조세징수권의 소멸시효는 그 취지와 성격에 근본적인 차이가 있으므로, 조세부과권의 제척기간에 관한 규정이 조세징수권에 대하여도 준용될 수 있다고 보기는 어렵다.

"③ 구 국세기본법 제26조의2 제2항은 과세관청이 부과처분의 불복에 대한 결정 또는 판결이 있은 후 그에 따라 다시 부과처분을 하려는 시점에 이미 제척기간을 도과하였다고 하여 그 결정이나 판결의 결과에 따른 부과처분조차 할 수 없게 된다면 그 결정이나 판결은 무의미하게 되어 과세관청에 가혹하고, 또한 과세관청이 제척기간의 만료를 염려하여 재차 부과처분을 하게 되면 납세의무자에게 부담을 가중하는 것이 되므로 일정한 예외를 두자는 취지에서 비롯된 것인 반면, 국세징수권의 경우 구 국세기본법 제28조에서 일정한 경우에 시효의 중단과 정지를 인정하고 있어 그 필요성을 같이 볼 수 없다. 가사 이와 달리 보더라도 구 국세기본법 제26조의2 제2항의 문언 상 과세권자로서는 당해 판결 등에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 등이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 판결 등에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니며, 또한 위 법 조항 소정의판결'이란 그 판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 행하지 않으면 안 되는 판결, 즉 조세부과 처분이나 경정거부처분에 대한 취소판결 등을 의미하는 것이고, 원고의 청구를 기각하는 판결이나 소를 각하하는 판결은 여기에 해당하지 않는다고 할 것인바(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 참조), 이 사건 선행소송의 결과는 원고의 청구를 기각하는 내용의 것이어서 구 국세기본법 제26조의2 제2항 소정의 '판결'이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라 이 사건 징수처분은 이 사건 종전 처분보다 그 세액이 증가된 것이어서 판결 등에 따른 적법한 재처분이라고도 할 수 없다. 따라서 피고의 위 주장도 이유 없다.",3) 결국 이 사건 징수처분은 징수권의 소멸시효가 완성된 후에 이루어진 위법한처분으로 그 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.