같은 취지에서 국세기본법은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있는바, 그와 같이 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고, 나아가 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보아야 한다.

구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제1항 , 제2항 규정의 문언과 체계, 재조사를 엄격하게 제한하는 입법 취지, 그 위반의 효과 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 이는 과세관청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다.

1. 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 는 제1항 에서 “세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.”라고 규정하고 있다. 이어 제2항 에서 “세무공무원은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”라고 규정하면서, 그 각호에서 재조사가 허용되는 경우로 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’( 제1호 ), ‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’( 제2호 ), ‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’( 제3호 ), ‘이의신청이나 심사청구 또는 심판청구가 이유 있다고 인정되어 필요한 처분의 결정을 하여 그 결정에 따라 조사를 하는 경우’( 제4호 ), ‘그 밖에 제1호 부터 제4호 까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우’( 제5호 )를 들고 있다.

세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서만 행하여져야 하고, 더욱이 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있다.

같은 취지에서 국세기본법은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있는바, 그와 같이 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고, 나아가 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보아야 한다.

이러한 관련 규정들의 문언과 체계, 재조사를 엄격하게 제한하는 입법 취지, 그 위반의 효과 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 이는 과세관청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니다.

2. 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 2004. 10. 12. 이 사건 부동산을 경매로 취득한 후, 2012. 2. 26. 아영중공업 주식회사(이하 ‘이 사건 양수회사’라고 한다)에 양도하였다.

나. 원고는 2012. 4. 27. 양도소득세를 신고하면서, 2004. 11. 1.부터 2005. 6. 1.까지 사이에 이 사건 부동산 중 건물에 대한 리모델링 공사(이하 ‘이 사건 공사’라고 한다)를 하여 시공업체에 공사비 285,000,000원을 지급하였고, 그 외에 전기승압공사비 26,500,000원을 지급하였음을 이유로 위 비용들을 필요경비로 신고하였다.

다. 강동세무서장은 2012. 10. 4.부터 2012. 10. 23.까지 원고에 대하여 세무조사를 하였고, 원고가 이 사건 공사에 대한 공사계약서 및 공사내역서, 금융거래내역서, 이 사건 양수회사가 2006. 12. 19. 이 사건 부동산을 임차할 당시 리모델링 공사가 되어 있었다는 취지의 이 사건 양수회사 대표자 소외 1의 확인서를 제출하자 이 사건 공사비에 한하여 필요경비로 인정하는 것으로 세무조사를 종결하였다.

라. 그 후 국세청은 강동세무서에 대한 업무감사를 실시하여, 시공업체가 공사비에 대한 세금계산서를 발급하지 않았고 원고가 제시한 공사비 지급내역도 수취자 미확인 등으로 신빙성이 없다는 이유로, 이 사건 공사가 실제 진행되었는지를 검토하여 원고에 대한 양도소득세를 재경정하도록 시정지시를 하였다.

마. 이에 강동세무서의 조사담당 공무원은 2014. 7. 23.부터 2014. 7. 25.까지 이 사건 공사여부를 확인하기 위해 이 사건 부동산을 현장 방문하여, 이 사건 양수회사의 대표자 소외 1과 직원 소외 2를 만나서 소외 1 명의의 확인서가 위조되었고 실제는 이 사건 공사가 이루어지지 않았다는 취지의 진술서와 관련 장부를 제출받은 후, 이 사건 공사가 실제로 이루어지지 않았다고 보아 이 사건 공사비를 부인하였다(이하 ‘이 사건 재조사’라고 한다). 원고의 주소지를 관할하는 피고는 2014. 10. 1. 원고에 대하여 2012년 귀속 양도소득세 161,811,470원(가산세 포함)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

3. 위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 재조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 각호 에서 정한 재조사가 예외적으로 허용되는 경우에 해당한다고 볼 수 없어 같은 항에 따라 금지되는 것이었으므로, 이 사건 재조사에 기한 이 사건 처분은 이 사건 재조사로 얻은 과세자료를 근거로 삼았는지 또는 이를 배제하고서도 가능한지를 따질 것도 없이 위법하다.

4. 그럼에도 원심은 이와 달리 피고가 이 사건 재조사로 얻은 과세자료를 판단의 근거로 삼지 않았고, 그 과세자료를 제외하더라도 이 사건 처분이 가능하였다는 이유로 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 중복세무조사금지의 원칙에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

5. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.