가. 원고는 2005. 12. 29.부터 시흥시 B에서 비철금속 도매업을 영위하는 법인사업자이다.

나. 원고는 2012년 제1기 부가가치세 과세기간부터 2013년 제1기 부가가치세 과세기간까지 동안 주식회사 C, 주식회사 D, 주식회사 E, 주식회사 F(이하 ‘C’, ‘D’, ‘E’, ‘F’이라고만 하고, 위 업체들을 합하여는 ‘이 사건 쟁점 매입처’라 한다)로부터 아래 표 기재와 같이 공급가액 합계 6,423,100,000원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 교부받아 그에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2012년 제1기부터 2013년 제1기까지의 부가가치세 및 2012년, 2013년 각 사업연도 법인세를 신고납부하였다.

매입처 과세기간별 매입금액(공급가액) 소계 2012년 제1기 2012년 제2기 2013년 제1기 C - 893,986,000 4,104,539,000 4,998,525,000 D 472,092,000 323,116,000 130,919,000 926,127,000 E 269,355,000 - - 269,355,000 F 229,093,000 - - 229,093,000 합계 970,540,000 1,217,102,000 4,235,458,000 6,423,100,000

다. 피고는 원고에 대한 세금계산서 거래질서 관련 조사를 실시한 결과 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 자료라고 보아 이 사건 각 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하여 2014. 10. 1. 원고에 대하여 2012년 제1기 부가가치세 177,647,640원, 2012년 제2기 부가가치세 216,059,940원, 2012년 법인세 48,128,120원, 2013년 1기 부가가치세 728,879,960원, 2013년 법인세 93,180,070원을 각 경정고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.

원고는 이에 불복하여 2015. 1. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2015. 12. 31. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 ① 원고는...