청구인은 대전직할시내의 30개 OOOO조합의 연합회(이하 “OOOO조합연합회”라 한다)로서 대전직할시 서구 OO동 OOO외 65필지에 15층짜리 20개동 아파트 1980세대를 신축하면서 동 아파트단지내의 대지면적:3,248㎡, 지상에 건물(건물면적:12,308.6㎡ 지하 2층, 지상 5층, 이하 “쟁점상가”라 한다)을 신축하기 위하여 청구외 OO건설(주)에 도급을 주면서 분양에 관한 모든 업무를 위임하여 위 쟁점상가건물을 분양한 바 있다.

처분청은 위 OOOO조합연합회가 분양한 쟁점상가건물의 토지와 건물의 가격구분이 불분명하다 하여 지방세 과세표준금액의 비율로 토지와 건물의 가액을 구분산정하고 건물의 분양가액에 대하여 재화의 공급으로 보아 93.10.17 청구인에게 92년 2기분 부가가치세 35,150,040원과 93년 1기분 부가가치세 324,317,790원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복, 93.11.22 심사청구를 거쳐 94.3.9 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점상가건물을 분양하면서 토지와 건물의 가액을 명확히 구분하여 분양대금을 결정하였으나 처분청은 건물, 토지의 가격산정방법이 잘못이 있다 하여 부가가치세법에서 가격산정방법을 정하거나, 불분명할 때는 지방세 과세표준비율로 계산하라는 규정이 없음에도 불구하고 지방세과세시가표준비율에 따라 건물, 토지가격을 구분계산함은 부당하고 부가가치세법 제48조의2 제3항에 의하여 실지거래가액에 의하여야 하며, 또 분양가액에 차등이 있는 것은 건물의 구조나 건축자재의 좋고 나쁨이 아니고 영업에 유리한 위치에 따라 분양가가 다르고, 건물의 분양가액이 부당히 낮은가액에 공급하였다는 처분청의 주장에 대하여는 분양받은 양수인이 모두 사업자로 부가가치세를 공제받거나 환급받는 일반과세사업자이기 때문에 부당히 낮은 가액에 공급할 이유가 없으므로 이 건 분양계약서에 기재된 건물의 공급가액대로 하여 부가가치세를 결정하여야 한다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

청구인은 이 건 상가건물을 시공회사인 청구외 OO건설(주)에게 분양하도록 위임하였고 동 법인이 분양한 내용을 보면 점포별 공개경쟁입찰(최고가 입찰제)에 의하여 분양가액을 확정하고, 이 중 건물의 가액은 공사비 금액에 10% 상당액을 가산하여 결정하였으며, 나머지를 토지의 가액으로 하였다. 이에 따라 실제로 분양된 점포의 토지가액을 보면 상가 OO OOOO(제과점)의 경우 ㎡당 2,001,000원이고, 같은층 OOOO(약국)의 경우 ㎡당 토지가액이 14,587,000원으로 현저한 차이를 보이고 있다.

이상의 사실내용과 같이 건물의 가액은 일정하고 토지의 가액은 심한 차이를 보이고 있다면 이는 토지와 건물의 가액이 불분명하다고 보아야 하고, 또한 부가가치세 과세대상인 건물의 분양가액을 부당하게 낮은 대가를 받고 공급한 경우에 해당하므로 시가인 총분양가액을 기준으로 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분계산하여 건물부분의 양도에 대해 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 다툼은 쟁점건물의 토지와 건물의 가액이 불분명하다고 보아 지방세 과세시가표준액의 비율로 건물 및 토지의 가액을 구분계산하여 건물가액에 대하여 이 건 부가가치세를 과세한 당초처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

부가가치세법시행령 제48조의2 제3항은 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”고 규정하고 있다.

다. 이 건의 경우

(1) OOOO조합연합회는 대전직할시 서구 OO동 OOOOO외 65필지 지상의 직장주택조합아파트 1,980세대 단지내의 쟁점상가(OOOOO 프라자상가)를 분양함에 있어서 청구인은 위 주택조합연합회의 쟁점상가분양계약서를 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 제1호에 의한 분양계약서라고 주장하나 동 규정은 주택건설촉진법에 의한 국가·지방자치단체로 부터 사업승인을 얻어 실지가액으로 공급하는 주택의 경우에 적용되는 것으로 청구인의 경우에는 적용할 수 없다 할 것이며

(2) 청구인은 쟁점상가 분양시 건물 및 토지가액을 계산함에 있어 토지의 취득가액등에 의한 산출근거 없이 수요자를 상대로 입찰절차에 의해 결정된 쟁점상가 총분양가액에서 건축비상당액에 10%의 이윤을 가산한 금액을 건물분양가액으로 하고 나머지를 토지분양가액으로 임의 결정한 사실을 과세기록에 의하여 확인되고

(3) 또한 건물중 상가의 위치·층별·규모에 따라 건물의 실질가액에 차이가 있는 것이 거래관행임에도 이를 각 상가의 위치·층별·규모에의 차액이 없이 일정한 가액으로 볼 수 없다 할 것이며 특히, 각 상가의 가액의 차이가 있음에도 건물가액을 고정시키므로서 토지의 가액이 같은층 층간에도 차이가 있고 상대적으로 토지의 가액이 높게 산정하므로써 건물분 해당 부가가치세를 경감코자 한 사실을 부인하기는 어렵다 할 것이다.

(4) 따라서 분양계약서에 의한 토지 및 건물의 구분가액은 그 산출근거가 실지거래가액에 의한 거래라 볼 수 없으므로 당초 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항 단서의 규정에 따라 계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가 표준액에 따라 안분계산하여 결정한 당초처분은 정당한 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.