처분청은 학교법인인 청구인이 2003.12.9. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○외 42필지의 토지 132,573㎡ 상에 건축물 13,445.39㎡ 증축허가를 받고 건축 중인 2005.3.10. 임시 사용승인을 받은 건축물 6,645.98㎡ 중 1,550.42㎡(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 같은날 ○○주식회사(대표이사 이○○)에 임대하여 식당을 운영토록 한 다음 2005.4.8. 이 사건 건축물의 취득가액(1,772,443,393원)에 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 35,448,860원, 농어촌특별세 3,544,880원, 합계 38,993,740원을 2005.4.8. 신고 납부하자 이를 같은날 징수결정 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 ○○대학교를 운영하는 학교법인으로서 재학생 6,500여명과 교직원 240여명이 이용할 수 있는 식당을 직접 운영할 경우 인건비 등의 예산이 많이 소요됨에 따라 부득이 예산절감과 양질의 급식을 제공할 목적으로 급식위탁대행업체인 청구외 ○○주식회사(대표이사 이○○)에 위탁운영토록하면서 책임감을 갖도록 임차보증금으로 50,000,000원의 보증보험증권을 받았으나 이는 임대료에 해당되지 아니하고 또한○○지방법원(2000구합○○ 2003.6.12.) 및 ○○고등법원(2004누○○ 2005.7.15.)에서 대학 내에 있는 식당 등의 시설은 그 구성원들의 필수적인 후생복지시설로서 대학이 전문성 부족으로 전문성이 있는 업체에 임대하고 그 임대료 명목으로 금전적인 대가를 받았다고 하더라도 이는 최소한의 시설유지 및 관리비용에 불과하므로 식당 등으로 사용하고 있는 건축물 등은 학교법인의 교육사업에 직접 사용하는 부동산에 해당되어 취득세 등이 비과세 된다고 판결하고 있으므로 이 사건 건축물에 대한 취득세 등은 비과세되어야 한다고 주장하면서 기 신고 납부한 이 사건 취득세 등의 환부를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 학교법인이 증축한 건축물 중 일부를 급식대행업체에 임대하여 식당을 운영하고 있는 경우 이를 수익사업으로 보아 취득세 등을 신고 납부한 것이 적법한지의 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조에서 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세를 부과한다라고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득이라고 규정하고 있으며 지방세법시행령 제78조의2제1항에서 같은법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 법인세법 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다라고 규정하고 법인세법 제3조제2항에서 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업이라고 규정하고 있으며 같은법시행령 제79조제1항에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다라고 규정하고 그 제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2005.3.10. 임시 사용승인을 받은 이 사건 건축물을 2005.3.10.부터 임차보증금으로 50,000,000원의 보증보험증권을 받고 청구외 ○○주식회사(대표이사 이○○)에 임대한 후 2005.4.8. 이 사건 건축물에 대한 취득세 등을 신고 납부한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 재학생 6,500여명과 교직원 240여명이 이용할 수 있는 식당을 직접 운영할 경우 인건비 등의 예산이 많이 소요됨에 따라 부득이 예산절감과 양질의 급식을 제공할 목적으로 급식위탁대행업체에 위탁운영토록 하면서 임차보증금으로 50,000,000원의 보증보험증권을 받았으나 이는 임대료에 해당되지 아니하고 더구나 ○○지방법원(2000구합○○ 2003.6.12.)과 ○○고등법원(2004누○○ 2005.7.15.)에서 대학 내에 있는 식당 등의 시설은 그 구성원들의 필수적인 후생복지시설이라는 사유로 취득세 등은 비과세되어야 한다고 판결하고 있으므로 이 사건 건축물에 대한 취득세 등은 비과세되어야 한다고 주장하고 있는반면 처분청은 청구인이 이 사건 건축물을 임대보증금으로 50,000,000원의 보증보험증권을 받고 청구외 ○○주식회사에 임대하여 사용·수익토록한 것은 청구인의 수익사업용재산에 해당된다고 주장하고 있으므로 이에 대해보면 구내 식당으로 이용하고 있는 이 사건 건축물은 청구인이 경영하는 ○○대학교의 캠퍼스 내에 위치하고 있고 인근주민들은 거의 이용하지 아니하며 6,500여명의 학생들과 240여명의 교직원들이 주로 이용하고 있을뿐만 아니라, 식당시설의 이용요금도 저렴(한식정식의 경우 학생 : 2,200원, 교직원 : 3,000원)하게 운영되고 있는 사실이 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있으므로 이 사건 건축물은 학생들과 교직원들의 후생복지를 위한 시설로서 교육사업에 사용되는 것으로 보아야 하므로(같은 취지의 판례, 대법원 2004두○○ 2006.1.13.) 처분청이 2005.4.8. 청구인으로부터 수납하여 징수 결정한 이 사건 취득세 등은 취소되어야 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2006. 2. 27.

행 정 자 치 부 장 관