2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

가. 원고는 과세사업과 면세사업을 겸영하면서 주사업장 총괄납부 승인을 받은 대형할인매장 운영사업자로서 전국 각지에 산재해 있는 원고의 각 매장에서 판매하는 물품의 물류저장창고 역할을 수행하는 사업장을 이천시에 두고 있는데(이하 이 사건 사업장이라 한다), 위 사업장을 부가가치세법 시행령 제4조 제1항 , 제3항 에 의한 부가가치세법상 사업장으로 등록하였다.

나. 원고는 2003. 10. 25.경 이 사건 사업장을 포함한 전체 사업장에 대한 2003년 제2기 부가가치세 예정신고를 하면서 매출세액을 104,108,337원, 매입세액을 9,682,573,370원, 납부세액(매출세액 - 매입세액)을 - 9,578,465,033원으로 신고하였다.

다. 원고는 위 부가가치세 예정신고 당시 이 사건 사업장의 총 공급가액에서 면세물품 공급가액이 차지하는 비율이 1.22%에 불과하다고 주장하면서 아래 표와 같이 이 사건 사업장의 운영과 관련하여 발생한 창고운영 등의 지출에 따른 공통 매입세액(과세사업과 면세사업에 공통으로 사용·소비되는 비용) 287,723,000원(이하 쟁점 매입세액이라 한다)을 부가가치세법 시행령 제61조 제3항 제1호 에 따라 전액 공제하고 신고하였다.

라. 피고는 2004. 5. 21. 다음과 같은 이유로 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 에 따라 쟁점 매입세액 287,723,000원 중 총괄납부 사업장 전체의 총 공급가액에서 면세물품 공급가액이 차지하는 비율인 19.99%에 해당하는 57,515,871원{= 287,723,000원(천원 이하 버림) × 0.1999}을 공제받지 못할 매입세액으로 판단하고 부가가치세 65,320,770원(가산세 9,168,800원 포함)을 결정·통지하였다.

(단위 : 천원, 천원 이하 버림)

(1) 이 사건 사업장이 전국에 있는 원고의 각 매장에 내부적으로 공급한 물품은 최종적으로 각 매장에서 판매되어 과세·면세 매출을 발생시키므로, 쟁점 매입세액을 이 사건 사업장에서 발생하는 과세매출만을 위한 비용으로 볼 수 없고 최종적으로 전국 매장 모두의 과세매출 및 면세매출과 관련된 비용으로 보아야 한다.

(2) 따라서 쟁점 매입세액을 이 사건 사업장 내에서의 과세물품 및 면세물품 공급가액이 차지하는 비율이 아닌 총괄납부 사업장 전체에서의 과세물품 및 면세물품 공급가액이 차지하는 비율에 따라 안분·계산하여야 한다.

[사실 인정의 근거 : 갑 1～4호증, 을 1~3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지]

2. 이 사건의 쟁점

가. 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용·소비되는 비용 중 그 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통 매입세액은 최종적으로 총공급가액에서 면세공급가액과 과세공급가액이 차지하는 비율에 따라 안분·계산하여야 하는데, 쟁점 매입세액을 이 사건 사업장에서 발생하는 매출만을 위한 비용으로 보아 이 사건 사업장의 총공급가액 등을 기준으로 하여 안분·계산하여야 하는지, 아니면 전국 각 매장 모두의 매출과 관련된 비용으로 보아 전국 모든 매장의 총공급가액 등을 기준으로 하여 안분·계산하여야 하는지(면세공급가액의 비율이 앞의 견해에 의하면 1.22%로 부가가치세법의 규정에 따라 원고가 주장하는 것처럼 매입세액 전액이 공제되는 반면, 뒤의 견해에 의하면 19.99%로서 쟁점 매입세액 중 19.99%를 공제받지 못하게 된다)

나. 원고가 제출한 세금계산서를 허위로 볼 수 있는지

3. 판 단

가. 인정사실

(1) 원고는 부가가치세법 제4조 제2항 에 규정된 주사업장 총괄납부제도에 따라 원고의 서울사무소를 주된 사업장으로 신고하고 서울사무소에서 부가가치세를 총괄 납부하고 있다.

(2) 원고의 서울사무소는 이 사건 사업장을 포함한 전 매장에 대하여 실질적인 경영관리업무를 총괄하고 있으며 그 결과 쟁점 매입세액 관련 비용에 대한 세금계산서도 원고의 서울사무소 명의로 수취하고 있다.

(3) 원고가 2003. 10. 25. 신고한 이 사건 사업장의 2003년 제2기 부가가치세 예정신고 기간의 매출액 및 그 구성내역은 다음 표와 같다.

(4) 피고는 2004. 5. 21. 위에서 인정한 바와 같이 원고가 신고한 이 사건 2003년 제2기 부가가치세 예정신고 중 원고가 공제하고 신고한 쟁점 매입세액 중 57,515,871원을 공제받지 못할 매입세액으로 계산하고, 가산세를 포함한 부가가치세 65,320,770원(납부세액 57,515,871원 + 가산세 7,804,903원, 십원 미만 버림)을 다음과 같이 결정·고지하였다.

과세표준액 : 1,041,083,369원

산출세액 : 104,108,336원(과세표준액 1,041,083,369원 × 0.1)

가산세 : 9,168,800원

기 납부세액 등 각종 공제세액 : 47,956,362원

납기 내 고지세액 : 65,320,770원(= 104,108,336원 + 9,168,800원 - 47,956,362원, 10원 미만 버림)

(5) 부가가치세는 원칙적으로 각 사업장별로 납부하는 것이 원칙이나, 다만 여러 개의 사업장을 가진 사업자의 경우 각 사업장별로 발생하는 납부 또는 환급액을 통산하여 납부하거나 또는 환급받을 수 있는 제도를 총괄납부제도라 하는데, 그 의미는 각 사업장의 과세표준과 매출세액 및 매입세액을 통산한다는 의미가 아니라 각 사업장별로 계산된 납부세액 또는 환급세액을 통산한다는 의미일 뿐이다.

[사실 인정의 근거 : 갑 1~4호증, 을 1~3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

나. 쟁점 매입세액에 대한 판단

피고는 이 사건 사업장의 유지비용 등의 지출에 따른 경제적 효과가 이 사건 사업장에만 미치는 것이 아니라 본점을 비롯한 전체 사업장에 미치므로 쟁점 매입세액 또한 이 사건 사업장 자체가 아닌 전체 사업장의 총공급가액에 대한 과세공급가액과 면세공급가액의 비율에 따라 안분·계산하여야 한다고 주장한다.

살피건대, 아래의 여러 사정 등에 비추어 볼 때 쟁점 매입세액의 안분·계산은 전체 매장이 아닌 이 사건 사업장의 총공급가액에 대한 과세공급가액과 면세공급가액의 비율에 따라 안분·계산하여야 하고, 면세공급가액의 비율이 5%를 넘지 아니하므로 부가가치세법 시행령 제61조 제3항 제1호 에 의하여 전액 공제되는 매입세액에 해당하는 것으로 보아야 한다.

(1) 부가가치세는 원칙적으로 각 사업장별로 납부하도록 되어 있을 뿐만 아니라 사업장 사이의 내부거래 또한 부가가치세법 상의 독립적인 재화와 용역의 공급으로 보고 있는 사정에 비추어 볼 때, 면세사업과 과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액인 공통매입세액 역시 당연히 각 사업장별로 계산하고 그 안분도 각 사업장별 총 공급가액에서 과세공급가액 및 면세공급가액이 차지하는 비율을 기준으로 하여야 한다.

(2) 한 사업자의 복수 사업장들이 행하는 경제적 거래는 어떤 식으로든 그 경제적 효과가 다른 사업장에 직·간접적으로 미칠 수밖에 없어 경제적 효과라는 개념을 도입하게 되면 사업장별 과세의 원칙이 붕괴될 수밖에 없으므로, 사업장별 과세의 원칙은 그 경제적 효과에 관계없이 해당 개별 사업장이 주체가 되어 공급한 가액과 공급받은 가액을 기준으로 그 사업장의 부가가치세 납부의무를 결정하는 것이 타당하다.

(3) 이 사건 사업장은 그 자체로서 원고의 다른 판매 사업장과 독립하여 독자적인 재화와 용역의 공급기능을 수행하고 있으며, 쟁점매입세액 또한 이 사건 사업장에서만 발생하고 이 사건 사업장을 유지하고 운영하기 위한 것으로서 장소적으로도 이 사건 사업장과 연관되어 공급된 것일 뿐만 아니라 그 귀속주체 또한 이 사건 사업장임이 명백하다.

(4) 대부분의 면세재화는 이 사건 사업장과는 무관하게 매매계약이 체결되어 이 사건 사업장을 거치지 않고 직접 각 매장으로 공급되므로, 이 사건 사업장의 업무와 무관하다.

다. 세금계산서의 허위 여부에 대한 판단

피고는 이 사건 사업장이 공급받은 창고 관련 용역에 대한 세금계산서를 이 사건 사업장이 아닌 원고의 서울사무소 명의로 교부받았으므로 위 세금계산서는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호 에 규정된 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당되어 쟁점 매입세액 뿐만 아니라 이 사건 사업장의 유지비용 지출에 따른 부가가치세 매입세액 전액이 불공제되어야 한다고 주장한다.

이 사건 사업장에서 제공받은 제반 용역에 대한 세금계산서를 원고의 서울사무소 명의로 교부받은 사실은 피고가 주장하는 바와 같다.

살피건대, 세금계산서 상의 공급자나 공급받는 자의 기재가 사실과 다른 경우 매입세액 불공제의 제재를 가하는 이유는, 과세관청이 세금계산서상의 기재를 통하여 매출자와 매입자의 연결고리를 파악하여 매출자로부터는 매출세액을 징수하고 매입자에게는 매입세액을 환급하여야 하는데 그 기재를 허위로 하는 경우에는 이러한 것들이 매우 어렵게 되어 자칫 매출세액은 징수하지 못하고 매입세액만 환급해 주는 결과가 생기는 것을 막기 위함이다.

그런데, 이 사건에서와 같이 하나의 사업자가 사업장을 여러 개 두고 있는 경우에는 한 사업장이 행한 재화나 용역의 공급을 다른 사업장이 행한 것으로 세금계산서상 기재한다고 하더라도 해당 사업자의 총매출세액에서 총매입세액을 공제한 차액을 부가가치세로 징수하는 데 아무런 장애가 발생하지 아니한다.

따라서 한 사업장에서 이루어진 공급에 대한 세금계산서를 다른 사업장이 자신의 명의로 수취하는 것이 사실과 다른 세금계산서라고 할 수는 없다 할 것이므로 피고의 위 주장은 이유 없다.

라. 소 결

쟁점 매입세액을 원고의 이 사건 사업장 자체가 아닌 전체 사업장의 총 공급가액에서 총 면세공급가액과 총 과세공급가액이 차지하는 비율에 따라 안분·계산한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

4. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 신동승(재판장) 김주식 마옥현

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