가. 원고는 숙박업, 레스토랑업, 호텔업, 주차장업 등을 영위하는 법인으로, 프레이져 플레이스 호텔 남대문, 프레이져 플레이스 호텔 센트럴, 호텔 섬오름 등의 호텔을 운영하고 있다.

나. 원고는 캐나다에 있는 A(A., 이하 ‘이 사건 회사’라 한다)가 운영하는 B 호텔(이하 ‘이 사건 호텔’이라 한다)에 자금을 투자하여 이 사건 호텔을 실질적으로 취득하고자 하였다.

다. 원고는 2010. 6. 11. 국내 회계법인인 삼정 KPMG Advisory(이하 ‘삼정’이라 한다)와 자문용역 계약을 체결하였고, 삼정은 2010. 7. 5. 위 자문용역 계약에 따른 자문용역(이하 ‘제1 자문용역’이라 한다)을 제공하였으며, 원고는 그 무렵 제1 자문용역의 대가로 삼정에게 1억 700만 원(이하 ‘제1 수수료’라 한다)을 지급하였다.

원고는 제1 수수료에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하고 납부하였다. 라.

원고는 캐나다 법무법인인 Borden Lander Gervais LLP(이하 ‘캐나다 법무법인’이라 한다) 및 캐나다 회계법인인 Canada KPMG LLP(이하 ‘캐나다 회계법인’이라 한다)와 각 자문용역 계약을 체결하였고, 캐나다 법무법인과 캐나다 회계법인은 위 각 자문용역 계약에 따른 자문용역(이하 통틀어 ‘제2 자문용역’이라 한다)을 제공하였으며, 원고는 제2 자문용역의 대가로 합계 총 1억 3,700만 원(이하 통틀어 ‘제2 수수료’라 한다)을 지급하였다.

마. 피고는, 제1 수수료는 주식의 취득과 관련하여 지출된 것으로서 원고의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당한다는 이유로 제1 수수료에 대한 매입세액을 매출세액에서 불공제하고, 제2 수수료에 대한 부가가치세에 관해서는 원고에게 대리납부 의무가 있다고 보아, 2013. 8. 1. 별지...